在清軍入關後，鄭氏集團一直是清朝的眼中釘、肉中刺，趁你病要你命才是正常操作。之是以清軍沒有在鄭成功收複台灣時發動進攻，那是暫時沒有這個力量。
廈門庚子海戰中被鄭成功集團的水軍和陸師暴打，導緻清軍水師元氣大傷
這場大規模海戰發生在順治十七年（1660年）五月，即鄭成功着手收複台灣的前九個月。由于這場會戰估計是被打慘了些，清朝的各方史料竭力掩蓋真相，才鮮有人知道。最典型的就是《清世祖實錄》裡隻字未提，而在清方戰役總指揮達素的傳記中也未提及戰役的情況。隻有在另一位指揮官宗室賴塔的傳記中提及此次戰役由于清軍不擅長水戰以失利而告終。《清史列傳·卷五·達素》記載：“達素奏請進剿成功于廈門，得旨俞允，遂領所部兵由江、浙赴福建。”《清史列傳·卷七·賴塔》說：“明年，賴塔同都統索渾剿賊廈門，官軍不習水戰，失利。”
清軍之是以發動此次海戰，就是要利用鄭成功在順治十六年（1659年）在南京受挫的有利時機，一舉消滅鄭氏集團，清廷非常重視這次海戰，就拿這次戰役的兩位主要統帥來說，總指揮達素是鑲黃旗人，而護軍統領賴塔則出身于正白旗，同屬上三旗，以《從征實錄》觀之，此次出征之水軍滿八旗的比例不小，應屬八旗精銳。而戰船數則為400餘艘。《從征實錄》說：“報漳港虜船三百餘号，限五月初一日祭江出師會 。頭疊系真滿披挂，船 俱漆紅；二疊系滿漢，船 俱漆烏。”
鄭成功
此次戰役清軍兵分兩路，一路由漳州進攻廈門；另外一路由同安渡海，進攻高崎。鄭成功則做出相應部署：指令右虎衛陳鵬守高崎，阻擊同安方向的清軍，而自己則親率主力屯駐海門打擊漳州方向的清軍，經過激烈戰鬥，兩路清軍全被擊退并損失重大。
在此次戰役中最大問題就是清朝在沒有充分準備下，強行發動海上大決戰，以己之短攻人之長，在不熟悉海戰的情況下想強行來一場意志的勝利，結果吃了大虧。鄭成功于當年三月得知清軍正組織水師出兵攻己時，就料定此次清軍乃是千裡送人頭，必敗無疑。《從征實錄》說：“虜欲舍弓馬長技，以與我争衡于舟楫波濤之間，以寥寥船隻驅叛兵殘卒而嘗試之。主客之形既不相如，水陸之勢又甚懸絕，其勝敗固已瞭若指掌矣。”
在具體作戰過程中，清軍對海戰一無所知的缺陷被無限擴大，尤其是參與此次會戰的滿族官兵也失去了以往在陸戰中的威風。
就比如說在從漳州進攻廈門的清軍一開始占據了上風上流，鄭軍反而處于不利的地位，于是鄭成功指令待風潮轉向有利于自己一方才能向清軍進攻，“侯潮平風順有令，方準駕駛沖殺”，清軍本應該抓住有利時機奮勇沖殺，但是清軍除了與兩艘來不及撤走的鄭軍船隻交戰以外，對停泊在遠處的鄭軍船隻隻敢以炮矢擊打，直到風潮轉向有利于鄭軍後，局面再也無法收拾，場面變成了一邊倒屠殺。
這隻是戰術上的失策，兩隻水軍的海戰訓練水準也相差太大，鄭軍水師由于有豐富的航海經驗，早已适應海上的風潮氣候，一旦作戰，“一海皆動，踏浪如飛”，而參與此次會戰的清軍，不管是滿兵也好、漢軍也罷，大多數都是北方人，對海戰極其不适，産生了劇烈的生理反應，對戰鬥力影響極其嚴重。《小腆紀年附考》記載：“北人不谙水性，眩暈颠仆嘔逆不成軍，遂大敗，僵屍滿海。”
在進攻高崎的赤山坪登陸戰，以往滿八旗身穿重型甲胄直前搏殺的戰術也水土不服，宣告破産，滿八旗的重裝步兵一登島嶼，便陷入了泥沼中，不得脫身，被鄭軍幾乎悉數殲滅。《從征實錄》說：“其先登岸之虜，大半在水泥中，被我師所殺及淹死者不計。”《小腆紀年附考》也說：“我兵被重铠，退陷于淖，十死六七。”
而且此次清軍的船隻品質，也比鄭軍低劣，鄭成功在作戰前就已經知道了“虜無大船”的情況，說明在海船性能上清軍也處于下風。
在廈門庚子海戰中，清軍各方面被無情碾壓，清軍損失實錄未載，也無法估計。據《小腆紀年附考》記載：“王師死者千六百人，首領哈喇土星被擒”，此次戰役之後，清朝“竟成功之世，無敢言覆島者”。可見，清朝之是以不在鄭成功收複台灣島的時候背後一擊就是這場戰役起了重大作用，給予清朝物質和心理上的重擊讓清軍不敢妄動。
清朝在大陸局勢不穩，其人力、物力的大部分都忙于消滅永曆朝廷
衆所周知，要建立一支強大的水軍或者海軍，離不開大量資金的投入，其消耗實非陸軍可比。而在順治年間，清廷的财政可謂是全時段捉襟見肘，就沒有寬裕的時候，如順治十二年（1655年），工科給事中王命嶽就指出一年國庫收入僅1841萬餘兩，每年支出2261萬餘兩，一計算赤字就達447萬兩。而在順治十三年（1656年）之後，扣除基本的政府運轉經費，全部用于攤派軍費，赤字常年在400萬兩以上。
愛新覺羅·福臨
順治十七年（1660年）和順治十八年（1661年）是剿滅永曆政權的關鍵兩年，據魏源《聖武記》記載，由于滿、漢大軍在雲、貴地區聚集，清廷支付給三藩的費用加起來大約就是2000多萬兩。“至順治十七年，部臣奏計雲南省俸饷歲九百餘萬，加以閩、粵二藩，歲需二千餘萬。”
那麼順治十七年（1660年）清朝收入多少呢？以《清世祖實錄》載之是2566萬兩，被軍費一減根本沒剩下多少，哪有餘錢建立一支強大的船隊去打擊鄭成功，事實上在政局不穩，國家不富的情況下建立一支強大的海上力量無異于癡人說夢。是以，康熙皇帝之是以能在他登基後的二十二年收複台灣，就是因為清廷消滅了三藩，經濟狀況好轉，可以撥出大量錢款來支援建設福建水師，對鄭氏取得了壓倒性的優勢，再加上由熟悉海戰的水師提督施琅率領，消滅鄭氏集團不就水到渠成了嘛！
是以，為何清軍不背刺鄭成功，一是清軍水師被一戰打得元氣大傷，短時間無法恢複。二是當時清軍以完全攻滅永曆政權為首要任務，大部分人力物力都投向了西南戰場，自然就沒有餘力搞背後偷襲了。