在康熙皇帝在位的六十一年中，有幾件頗令其引以為傲的功績，如擒鳌拜、平三藩等，而親征準噶爾汗國的噶爾丹，則是在這其中最讓康熙皇帝自豪的功績之一。
從康熙二十九年（公元1690年）到康熙三十五年（公元1696年），康熙皇帝先後三次親率大軍，征讨準噶爾汗國，最終在康熙三十五年的昭莫多之戰中，徹底将其擊敗。前後曆時七年，曾經不可一世的準噶爾汗國在康熙打擊下連連敗退，其大汗噶爾丹也在兵敗次年後身亡，猛一看，似乎康熙在征讨噶爾丹的過程中，赢得十分輕松。
但實際上并非如此，康熙的三征噶爾丹，一次比一次艱難，能獲勝是因為有多種意外因素存在，而在康熙去世後，準噶爾汗國依舊存在，以至于耗費了雍正和乾隆兩代帝王的精力，才最終徹底将其平定。之是以噶爾丹這麼頑固難打，主要是其實力一點都不比清朝弱，甚至還要強。
噶爾丹的崛起，源于康熙九年的一次暗中行刺事件。康熙九年（公元1670年)，噶爾丹的哥哥，也就是蒙古準噶爾部的僧格台吉（台吉是舊時蒙古王公的爵位名号）被對立派的車臣台吉派人暗中殺害。這次行刺，給準噶爾部帶來的巨大的混亂，一時間，部落中人人惶恐不已。關鍵時刻，僧格台吉的弟弟噶爾丹挺身而出，召集僧格的殘部，由其親自率領，前往阿爾泰征讨車臣台吉，據史料記載，噶爾丹“獨當先，躍馬挺槍，最深入，斬殺百十騎，潰其軍”，最終将車臣台吉擊敗。而車臣台吉本人，也在混戰中被殺，其部落人口等，均落入了噶爾丹的手中。
此時的噶爾丹，原本已經是藏區十分有名的活佛，他自幼的志向也在這上面，是以在其年少時，就推掉了父親原本想傳給他的台吉之位，但部落經此大變，噶爾丹在娶了哥哥的妻子阿努可敦後，正式成為準噶爾部的台吉。在此之後，準噶爾部在噶爾丹的帶領下，開始走上了強勢崛起的道路。之是以噶爾丹能夠崛起，這與他在主政部落之初，所采用的政策有很大關系，據記載，當時噶爾丹一改舊習，并對外主張“招徕歸附，禮謀臣“，對内則是”課耕牧，修明法令，信賞罰“，同時，不斷發展戰攻器械等裝置，如此一來，讓準噶爾部迅速開始強大。
而準噶爾部的逐漸強大，也吸引了周邊不少部落前來投靠，如在康熙十二年，和碩特部的丹津洪台吉就率衆歸靠，類似于他的這種主動投靠，在當時比比皆是。對此，噶爾丹秉承來者不拒的原則，畢竟自幼生長在草原的他深刻知道，人口的多寡，決定着實力的高低，是以，在這種思想的影響下，準噶爾部的綜合實力也越來越高。
與此同時，噶爾丹所控制的疆域擴大後，自然而然地就與當時的沙俄接壤并打上了交道，對于沙俄，噶爾丹廢除了其父兄所制定的不允許俄國人進入領地的禁令，轉變為主動通商、友好互市，也正是因為如此，沙俄才會在之後噶爾丹對抗清朝時在背後不斷出力。通過這一系列動作，以及不斷發動四處擴張的戰争後，到了康熙十七年，整個漠西地區，基本上全部被噶爾丹所掌控，他也是以成為了當時該地區的"丹津博碩克圖汗”（持教受命王）。
到了這個時候，噶爾丹已經今非昔比，他也不再滿足于僅僅是統治漠西地區，而是把目光投向了更遠的地方。就在數百年前，噶爾丹的先祖成吉思汗，帶着數萬蒙古騎兵，戰金國、滅西夏，最終建立了大蒙古國，而在成吉思汗之後的曆代蒙古大汗，則是将大蒙古國的版圖，擴大到了極緻。而噶爾丹想實作的，就是他祖上的榮光，他要再次建立統一的大蒙古國。
當然，重建大蒙古國并非一朝一夕的事，在此之前，噶爾丹還需要做很多事情，是以，從康熙十八年到康熙二十二年，噶爾丹用了數年的時間，将周邊勢力逐一平定，最終，其勢力範圍達到了一個空前廣闊的地步。北至鄂木河，西抵巴爾喀什湖以南哈薩克人的遊牧地，東達鄂畢河，整個天山南路的南疆地區，全部被噶爾丹納入囊中。而擁有了這種實力之後，噶爾丹開始盯上了蒙古的喀爾喀部落。蒙古喀爾喀是清朝初期，清政府最堅定的盟友之一，早在努爾哈赤時期，其就與還叫做後金的清政府關系密切。
之後，曆經清軍入關以及順治時期，蒙古喀爾喀更是在清朝的地位逐漸上升。換句話說，當時的喀爾喀，就相當于清朝的小弟，而噶爾達打喀爾喀的主意，無疑就是不給大清朝面子。但這可并不是噶爾丹要考慮的，他所考慮的，就是如何統一蒙古，而喀爾喀則是這條道路上的一個絆腳石。是以，在康熙二十七年，噶爾丹經過籌備之後，親率大軍進犯喀爾喀，由于其來勢兇猛，喀爾喀部的土謝圖汗等人猝不及防，最終大敗。
與此同時，一直懷有野心的沙俄也嗅到了機會，派人與噶爾丹取得聯系，表示願意出兵協助，是以，這就更讓噶爾丹信心大漲，在康熙二十九年再次調集數萬大軍，準備一舉拿下喀爾喀。小弟受欺負，作為老大的清政府自然不能坐視不理，在喀爾喀部的諸多王公貴族懇求下，康熙皇帝決定發兵，正面迎戰如日中天的噶爾丹。這便是康熙三征噶爾丹的第一征，著名的烏蘭布通之戰，就發生在這個時期。不少史料中都描述烏蘭布通之戰是清軍大勝，但實際上，清軍獲勝不假，但其獲勝的方式，并非是依靠軍事實力，而是靠着兵多将廣，糧草後援豐厚，硬生生的把彈盡糧絕的噶爾丹給耗輸了。
據史料記載，當時康熙皇帝發兵十萬，并委任哥哥福全為大将軍，前去征讨噶爾丹，之後，康熙皇帝不放心，又親自去到前線，但噶爾丹當時用駱駝組成了一個“駝城”，讓清軍費時良久，才将這個“駱城”攻破。而在攻破之後，生性狡猾的噶爾丹，又利用假投降的計策，騙過了福全，最終率領餘部逃回了自己的領地。是以說，康熙第一次親征噶爾丹，其戰略目的并沒有達到，也就是放噶爾丹損失了一部分兵馬，他的本身實力，并沒有被撼動。
逃回去之後，噶爾丹又遭遇了後院起火，他的侄子策妄阿拉布坦趁他舉兵東進之時，抄了他的老家，讓噶爾丹失去了根據地。但即使在這種情況下，噶爾丹的野心依舊沒有消停，到了康熙三十一年，實力得以恢複的噶爾丹，居然大言不慚地上書康熙，提出了“聖上（指康熙）君南，我長北方”的要求。這種無理的要求，康熙皇帝自然是堅定拒絕，并且，由此康熙皇帝也深刻明白，噶爾丹是一個巨大的隐患，不消滅他自己就睡不安穩。是以，在康熙三十三年，康熙皇帝下令，再從發兵征讨噶爾丹。
這次征讨，清軍做了極為充分的準備，比如在兵力上，先後投入了十六萬，另外，為了維持糧草供應，僅運輸糧食的大車，就多達6000餘輛。一切都說明，康熙對噶爾丹這個對手，不僅十分重視，也相當的謹慎。而噶爾丹這邊，則是再次聯系上了沙俄人，提出要沙俄出兵，幫助其共同對抗清軍，同時他還對外揚言，說沙俄将派來六萬名鳥槍兵助其反擊。
為了破滅噶爾丹的野心，同時也為了震懾沙俄，康熙皇帝本人在康熙三十四年，又一次來到前線，并坐鎮中路軍。有了康熙的居中策應，清軍幾乎是玩了命的在陣前殺敵，當年年末，清軍在經過幾次小勝之後，又于次年五月，與噶爾丹的主力部隊遭遇。說是主力部隊，其實當時噶爾丹也就隻有兩千來人，就是靠着這兩千多人，噶爾丹與清軍打得難分難解，雙方均損失不少人馬。若不是後來大将費揚古采取了分兵攻打噶爾丹兩翼的政策，估計噶爾丹還會堅持一段時間，但即使是側翼被打亂後，噶爾丹還是在康熙皇帝的眼皮子底下逃走。由此可見，噶爾丹以及其部下的戰鬥實力，着實不容小觑，這也正是康熙皇帝為何在攻打他時，如臨大敵一般。
而在此戰之後，噶爾丹的綜合實力遭到了嚴重的摧毀，他本人再也沒有能力組織起對清朝的反擊，最終在康熙三十五年，噶爾丹在拒絕了康熙皇帝的招降後，在布顔圖河邊病亡。不過，噶爾丹雖說身死，但準噶爾部卻仍沒有徹底平定，在噶爾丹死後，其侄子策妄阿拉布坦登上準噶爾汗國大汗的寶座。而在他和他的兒子噶爾丹策零統治時期，準噶爾汗國時不時的就要給清朝來一下子，總之就是始終讓清朝不得安生。包括雍正皇帝繼位後，令清軍損兵折将甚多的和通泊之戰，就是在噶爾丹策零執政時期發生的。
真正完全平定和收複準噶爾的，還是乾隆登基之後的事情，但乾隆之是以能收複，除了清軍當時本身擁有的實力之外，最主要的是在乾隆十五年，準噶爾上層發生的内亂，正是這次内亂，讓幾個準噶爾貴族投奔的清廷，是以，借助這個機會，乾隆才得以最終平定了準噶爾。若沒有準噶爾的内亂，那麼清朝平定和收複準噶爾，不知道還要等多久。這也就是為何要說清廷大敗噶爾丹和準噶爾并不是一件很容易的事情，曆時三代帝王，多次發重病征讨，并且還是在多種因素和機緣之下，才得以将其徹底消滅。而準噶爾之是以這麼難打，也是有原因的。
其一，本身實力強橫。前文講過，準噶爾在崛起後，其實力是相當強橫的，極盛時期，其疆域面積多達四百多萬平方公裡。并且，準噶爾的鄰居沙俄，最初曾多次與準噶爾交手，但每次入侵，都被其擊敗，這一點，就更說明準噶爾的強橫。并且，噶爾丹在位時期，還對準噶爾内部進行了一系列的改革，包括文字和各種政策，皆是讓準噶爾強大的推力。而清朝自康熙皇帝到雍正皇帝，對此對準噶爾的用兵也說明了這一點，若是其實力不濟，早就被消滅了。也就是後來發生了内亂，才讓乾隆有了機會消滅準噶爾。
其二，地理優勢。準噶爾的疆域比較偏西，這裡是清軍不熟悉的地方，是以，從這一點上來講，清軍就不占據優勢。畢竟在不熟悉的區域作戰，很容易迷失方向，或者是遭遇埋伏，但對于生長在這裡的準噶爾部，那就是一種得天獨厚的優勢了。并且，準噶爾部所在地區的氣候，也是考驗清軍的一種，晝夜溫差大，水資源匮乏，還有時不時來一場沙塵暴的威脅，這些無一例外的，都讓清軍的作戰更為艱難。可能一個小小的失誤，就會讓清軍全軍覆沒。
還有，就是沙俄的推波助瀾。沙俄在打不過準噶爾之後，就轉而開始進行支援，之是以支援，無非是想擷取一定的利益，包括在準噶爾對抗清朝期間，沙俄就沒少給準噶爾提供武器裝備。在上述幾個因素之下，清朝消滅準噶爾真的一點都不容易，也就是在康熙、雍正、乾隆三代人的努力下，并借助各種資源和因素，才最終将其殲滅。