在康熙皇帝在位的六十一年中，有几件颇令其引以为傲的功绩，如擒鳌拜、平三藩等，而亲征准噶尔汗国的噶尔丹，则是在这其中最让康熙皇帝自豪的功绩之一。
从康熙二十九年（公元1690年）到康熙三十五年（公元1696年），康熙皇帝先后三次亲率大军，征讨准噶尔汗国，最终在康熙三十五年的昭莫多之战中，彻底将其击败。前后历时七年，曾经不可一世的准噶尔汗国在康熙打击下连连败退，其大汗噶尔丹也在兵败次年后身亡，猛一看，似乎康熙在征讨噶尔丹的过程中，赢得十分轻松。
但实际上并非如此，康熙的三征噶尔丹，一次比一次艰难，能获胜是因为有多种意外因素存在，而在康熙去世后，准噶尔汗国依旧存在，以至于耗费了雍正和乾隆两代帝王的精力，才最终彻底将其平定。之所以噶尔丹这么顽固难打，主要是其实力一点都不比清朝弱，甚至还要强。
噶尔丹的崛起，源于康熙九年的一次暗中行刺事件。康熙九年（公元1670年)，噶尔丹的哥哥，也就是蒙古准噶尔部的僧格台吉（台吉是旧时蒙古王公的爵位名号）被对立派的车臣台吉派人暗中杀害。这次行刺，给准噶尔部带来的巨大的混乱，一时间，部落中人人惶恐不已。关键时刻，僧格台吉的弟弟噶尔丹挺身而出，召集僧格的残部，由其亲自率领，前往阿尔泰征讨车臣台吉，据史料记载，噶尔丹“独当先，跃马挺枪，最深入，斩杀百十骑，溃其军”，最终将车臣台吉击败。而车臣台吉本人，也在混战中被杀，其部落人口等，均落入了噶尔丹的手中。
此时的噶尔丹，原本已经是藏区十分有名的活佛，他自幼的志向也在这上面，因此在其年少时，就推掉了父亲原本想传给他的台吉之位，但部落经此大变，噶尔丹在娶了哥哥的妻子阿努可敦后，正式成为准噶尔部的台吉。在此之后，准噶尔部在噶尔丹的带领下，开始走上了强势崛起的道路。之所以噶尔丹能够崛起，这与他在主政部落之初，所采用的策略有很大关系，据记载，当时噶尔丹一改旧习，并对外主张“招徕归附，礼谋臣“，对内则是”课耕牧，修明法令，信赏罚“，同时，不断发展战攻器械等设备，如此一来，让准噶尔部迅速开始强大。
而准噶尔部的逐渐强大，也吸引了周边不少部落前来投靠，如在康熙十二年，和硕特部的丹津洪台吉就率众归靠，类似于他的这种主动投靠，在当时比比皆是。对此，噶尔丹秉承来者不拒的原则，毕竟自幼生长在草原的他深刻知道，人口的多寡，决定着实力的高低，因此，在这种思想的影响下，准噶尔部的综合实力也越来越高。
与此同时，噶尔丹所控制的疆域扩大后，自然而然地就与当时的沙俄接壤并打上了交道，对于沙俄，噶尔丹废除了其父兄所制定的不允许俄国人进入领地的禁令，转变为主动通商、友好互市，也正是因为如此，沙俄才会在之后噶尔丹对抗清朝时在背后不断出力。通过这一系列动作，以及不断发动四处扩张的战争后，到了康熙十七年，整个漠西地区，基本上全部被噶尔丹所掌控，他也因此成为了当时该地区的"丹津博硕克图汗”（持教受命王）。
到了这个时候，噶尔丹已经今非昔比，他也不再满足于仅仅是统治漠西地区，而是把目光投向了更远的地方。就在数百年前，噶尔丹的先祖成吉思汗，带着数万蒙古骑兵，战金国、灭西夏，最终建立了大蒙古国，而在成吉思汗之后的历代蒙古大汗，则是将大蒙古国的版图，扩大到了极致。而噶尔丹想实现的，就是他祖上的荣光，他要再次建立统一的大蒙古国。
当然，重建大蒙古国并非一朝一夕的事，在此之前，噶尔丹还需要做很多事情，因此，从康熙十八年到康熙二十二年，噶尔丹用了数年的时间，将周边势力逐一平定，最终，其势力范围达到了一个空前广阔的地步。北至鄂木河，西抵巴尔喀什湖以南哈萨克人的游牧地，东达鄂毕河，整个天山南路的南疆地区，全部被噶尔丹纳入囊中。而拥有了这种实力之后，噶尔丹开始盯上了蒙古的喀尔喀部落。蒙古喀尔喀是清朝初期，清政府最坚定的盟友之一，早在努尔哈赤时期，其就与还叫做后金的清政府关系密切。
之后，历经清军入关以及顺治时期，蒙古喀尔喀更是在清朝的地位逐渐上升。换句话说，当时的喀尔喀，就相当于清朝的小弟，而噶尔达打喀尔喀的主意，无疑就是不给大清朝面子。但这可并不是噶尔丹要考虑的，他所考虑的，就是如何统一蒙古，而喀尔喀则是这条道路上的一个绊脚石。因此，在康熙二十七年，噶尔丹经过筹备之后，亲率大军进犯喀尔喀，由于其来势凶猛，喀尔喀部的土谢图汗等人猝不及防，最终大败。
与此同时，一直怀有野心的沙俄也嗅到了机会，派人与噶尔丹取得联系，表示愿意出兵协助，因此，这就更让噶尔丹信心大涨，在康熙二十九年再次调集数万大军，准备一举拿下喀尔喀。小弟受欺负，作为老大的清政府自然不能坐视不理，在喀尔喀部的诸多王公贵族恳求下，康熙皇帝决定发兵，正面迎战如日中天的噶尔丹。这便是康熙三征噶尔丹的第一征，著名的乌兰布通之战，就发生在这个时期。不少史料中都描述乌兰布通之战是清军大胜，但实际上，清军获胜不假，但其获胜的方式，并非是依靠军事实力，而是靠着兵多将广，粮草后援丰厚，硬生生的把弹尽粮绝的噶尔丹给耗输了。
据史料记载，当时康熙皇帝发兵十万，并委任哥哥福全为大将军，前去征讨噶尔丹，之后，康熙皇帝不放心，又亲自去到前线，但噶尔丹当时用骆驼组成了一个“驼城”，让清军费时良久，才将这个“骆城”攻破。而在攻破之后，生性狡猾的噶尔丹，又利用假投降的计策，骗过了福全，最终率领余部逃回了自己的领地。所以说，康熙第一次亲征噶尔丹，其战略目的并没有达到，也就是放噶尔丹损失了一部分兵马，他的本身实力，并没有被撼动。
逃回去之后，噶尔丹又遭遇了后院起火，他的侄子策妄阿拉布坦趁他举兵东进之时，抄了他的老家，让噶尔丹失去了根据地。但即使在这种情况下，噶尔丹的野心依旧没有消停，到了康熙三十一年，实力得以恢复的噶尔丹，居然大言不惭地上书康熙，提出了“圣上（指康熙）君南，我长北方”的要求。这种无理的要求，康熙皇帝自然是坚定拒绝，并且，由此康熙皇帝也深刻明白，噶尔丹是一个巨大的隐患，不消灭他自己就睡不安稳。因此，在康熙三十三年，康熙皇帝下令，再从发兵征讨噶尔丹。
这次征讨，清军做了极为充分的准备，比如在兵力上，先后投入了十六万，另外，为了维持粮草供应，仅运输粮食的大车，就多达6000余辆。一切都说明，康熙对噶尔丹这个对手，不仅十分重视，也相当的谨慎。而噶尔丹这边，则是再次联系上了沙俄人，提出要沙俄出兵，帮助其共同对抗清军，同时他还对外扬言，说沙俄将派来六万名鸟枪兵助其反击。
为了破灭噶尔丹的野心，同时也为了震慑沙俄，康熙皇帝本人在康熙三十四年，又一次来到前线，并坐镇中路军。有了康熙的居中策应，清军几乎是玩了命的在阵前杀敌，当年年末，清军在经过几次小胜之后，又于次年五月，与噶尔丹的主力部队遭遇。说是主力部队，其实当时噶尔丹也就只有两千来人，就是靠着这两千多人，噶尔丹与清军打得难分难解，双方均损失不少人马。若不是后来大将费扬古采取了分兵攻打噶尔丹两翼的策略，估计噶尔丹还会坚持一段时间，但即使是侧翼被打乱后，噶尔丹还是在康熙皇帝的眼皮子底下逃走。由此可见，噶尔丹以及其部下的战斗实力，着实不容小觑，这也正是康熙皇帝为何在攻打他时，如临大敌一般。
而在此战之后，噶尔丹的综合实力遭到了严重的摧毁，他本人再也没有能力组织起对清朝的反击，最终在康熙三十五年，噶尔丹在拒绝了康熙皇帝的招降后，在布颜图河边病亡。不过，噶尔丹虽说身死，但准噶尔部却仍没有彻底平定，在噶尔丹死后，其侄子策妄阿拉布坦登上准噶尔汗国大汗的宝座。而在他和他的儿子噶尔丹策零统治时期，准噶尔汗国时不时的就要给清朝来一下子，总之就是始终让清朝不得安生。包括雍正皇帝继位后，令清军损兵折将甚多的和通泊之战，就是在噶尔丹策零执政时期发生的。
真正完全平定和收复准噶尔的，还是乾隆登基之后的事情，但乾隆之所以能收复，除了清军当时本身拥有的实力之外，最主要的是在乾隆十五年，准噶尔上层发生的内乱，正是这次内乱，让几个准噶尔贵族投奔的清廷，因此，借助这个机会，乾隆才得以最终平定了准噶尔。若没有准噶尔的内乱，那么清朝平定和收复准噶尔，不知道还要等多久。这也就是为何要说清廷大败噶尔丹和准噶尔并不是一件很容易的事情，历时三代帝王，多次发重病征讨，并且还是在多种因素和机缘之下，才得以将其彻底消灭。而准噶尔之所以这么难打，也是有原因的。
其一，本身实力强横。前文讲过，准噶尔在崛起后，其实力是相当强横的，极盛时期，其疆域面积多达四百多万平方公里。并且，准噶尔的邻居沙俄，最初曾多次与准噶尔交手，但每次入侵，都被其击败，这一点，就更说明准噶尔的强横。并且，噶尔丹在位时期，还对准噶尔内部进行了一系列的改革，包括文字和各种政策，皆是让准噶尔强大的推力。而清朝自康熙皇帝到雍正皇帝，对此对准噶尔的用兵也说明了这一点，若是其实力不济，早就被消灭了。也就是后来发生了内乱，才让乾隆有了机会消灭准噶尔。
其二，地理优势。准噶尔的疆域比较偏西，这里是清军不熟悉的地方，因此，从这一点上来讲，清军就不占据优势。毕竟在不熟悉的区域作战，很容易迷失方向，或者是遭遇埋伏，但对于生长在这里的准噶尔部，那就是一种得天独厚的优势了。并且，准噶尔部所在地区的气候，也是考验清军的一种，昼夜温差大，水资源匮乏，还有时不时来一场沙尘暴的威胁，这些无一例外的，都让清军的作战更为艰难。可能一个小小的失误，就会让清军全军覆没。
还有，就是沙俄的推波助澜。沙俄在打不过准噶尔之后，就转而开始进行支持，之所以支持，无非是想获取一定的利益，包括在准噶尔对抗清朝期间，沙俄就没少给准噶尔提供武器装备。在上述几个因素之下，清朝消灭准噶尔真的一点都不容易，也就是在康熙、雍正、乾隆三代人的努力下，并借助各种资源和因素，才最终将其歼灭。