現在，必須強調，維吾爾族是中國獨有的民族這一曆史與現實的命題，中國數千年的民族形成、人口與地域特點造就了維吾爾族，在中國之外，世界任何地方都不存在維吾爾族群。
翻開中國古籍，人們不難發現這樣一個事實，中國古代北方民族要麼南下與中原民族融合，要麼由東及西，聚會與于中國古代的西域即今日中國新疆，在西域完成民族融合。西域是中國古代絲綢之路途經的重要地段，承擔着東西文明交流的曆史重任，自西而來的一些商隊因為中國文明的輝煌與繁榮，久居中國，不願再回本國本土，與絲路沿線特别是新疆的民族有過一些交融，但這種交融在民族史上是微不足道的，談不到改變中國民族構成，曆史上的波斯人、阿拉伯人都沒能改變這一事實，因而，中國也沒有波斯族、阿拉伯族。
同樣，翻開曆史，人們會發現，在2000多年前，大漢王朝的軍隊就能穿過今新疆南疆盆地的大漠戈壁，至今烏茲别克斯坦費爾幹納盆地的大宛國。大宛在帕米爾西麓，錫爾河上、中遊，原始居民以中國古籍裡的塞種人為主。在古希臘時代，亞曆山大東征，于錫爾河畔之俱戰提（今塔吉克斯坦列甯納巴德）興建“極東亞曆山大城”塞琉古王朝時改建為安條克城，均未東向深入大宛境内。大夏最盛時，尤其在歐提德姆斯北征時，則占有了該地，并按希臘方式在各村鎮修建塢堡，但東面的帕米爾依然讓其望而卻步。
後來的曆史也是這樣的，波斯人、阿拉伯人等等，除了與中國人做生意、進行文化層面的交流，其軍隊都未能越過帕米爾來到中國西域，與這裡的民族進行大規模的融合，對中國在這一區域民族生成的影響非常有限。相反，是中國人一直由西域向西，完成自身實力的提升與文化的向西開拓。
漢代，李廣利率領遠征軍攻打大宛，在得到大宛馬、另立大宛王的同時，也讓大宛服屬于漢朝，接受西域都護府管轄。此前，根據《漢書》記載：“公元前155年左右，大月氏在被烏孫的昆莫獵驕靡擊敗後，往西南遷移并經過大宛，于巴克特利亞北方的妫水北建立王庭定居，使大宛與希臘化的大夏聯系被切斷，之後大月氏更往南擴張，于前125年左右消滅大夏王國，于印度建立貴霜帝國。”現在無論是從曆史和人文的角度看來，月氏人都應該屬于中國古代少數民族與部落之一。
唐朝在打敗西突厥之後，曾在波斯設定波斯都督府，管理波斯東北，波斯成為大唐屬國，甚至，波斯王子也來到唐朝做人質。根據《舊唐書》記載，阿拉伯人在公元661年入侵波斯薩珊王朝之時，波斯王子俾路斯遠赴長安向當時統治中國的大唐要求提供軍事協助。大唐于是在波斯疾陵城（今伊朗紮博勒）設波斯都督府，任命卑路斯為都督，隸屬安西大都護府。
公元662年，李治廢除波斯都督府，封卑路斯為波斯王，使當時中亞所有城邦無一例額外都變成了唐朝的羁縻州府，這讓阿拉伯非常頭痛，但唐朝的實力讓他們覺得中國人并不是紙老虎，繼續遣使與唐朝友好往來，卑路斯的疾陵城暫時維持了十多年。在此前或此後，一些波斯人來到中國，并在中國史上留下了自己的姓名，被稱作漢化了波斯人，如曾擔任過拂林國諸蕃招慰大使的阿羅喊、中唐名将李元諒、五代十國詩人李珣、前蜀後主王衍的昭儀李舜弦等等。
公元675年，阿拉伯人攻下疾陵城，卑路斯和兒子泥涅師一路奔波逃到了長安，679年，裴行儉護送泥涅師回國就封，其時，碎葉城（唐朝大詩人李白的故鄉，位于中亞今吉爾吉斯斯坦首都比什凱克以東，楚河流域的托克馬克市附近。與龜茲、疏勒、于阗并稱為唐代“安西四鎮”）還駐守着唐王朝的軍隊，這也是唐王朝最西邊的駐軍了，再向西雖還是唐朝領土，但已都是羁縻之地了。
唐朝安西都護府的軍隊與阿拉伯帝國的穆斯林、中亞諸國聯軍終極較量是怛羅斯之戰。戰場在蔥嶺（今帕米爾高原）以北，但具體位置還未完全确定。時間在公元751年7月-8月間，由于葛邏祿突然叛變，導緻唐軍失利，也便成了阿拉伯與大唐幾次邊境沖突中唯一一次打勝安西軍的戰役。戰役過後，唐朝仍然控制西域，阿拉伯阿拔斯王朝（黑衣大食）立即派人來與唐朝講和，阿拉伯人已經沒有實力再向東擴張，而唐朝也似乎沒有了向西開拓的能力。
這就是曆史，在上述過程中，人們可以看到，隻有中國人越過帕米爾努力向西，保障着連接配接東西方文明的絲綢之路的暢通，而西方人卻被高聳入雲的帕米爾高原阻隔了。中國人的這種努力，同時導緻了中國古代北方民族大規模向西遷移，從塞人、月氏人到匈奴人、柔然人（鮮卑人的一支，最高統治部落郁久闾氏本部，源于鮮卑。最鼎盛時期在約公元410年—425年，其勢遍及大漠南北：北達貝加爾湖畔，南抵陰山北麓，東北到大興安嶺，與地豆于相接，東南與西拉木倫河的庫莫奚及契丹為鄰，西邊遠及準噶爾盆地和伊犁河流域，并曾進入塔裡木盆地，使天山南麓諸國服屬。在柔然的發展過程中，逐漸融合了其他民族成分。公元八世紀中葉由亞洲遷到歐洲的柔然人，并在今巴伐利亞東部建立阿瓦爾汗國），突厥人均是如此。其後中國史上的契丹、蒙古民族也都是這樣的。
就這樣，古老而文明的絲綢之路把新疆變成了一個民族融合的熔爐，中國古代史上的各個民族均在這裡風雲際會，你唱罷我登場，反反複複地成為了中國古代史上多個民族的他鄉和故鄉，留下的民族生成了新的民族，西行的也隻能唱着留戀的歌兒遠去了。如果以唐末為界，不難看到，生活在這裡的民族無非是：古羌人、塞種人、白氏人（俗稱吐火羅人）、匈奴人、鮮卑人、突厥人以及貫穿始終的漢族先民和漢族人。這些人在今日新疆進行了一個其他地域無法完成的民族融合，也讓今日新疆的民族在遠古時期就有了中國特色。
要說清民族，就必須解決民族主源問題。主源問題是非常科學的，它是根基、是主流，是方向也是民族發展和生成的必須。解決和研究不好這個問題，有時會鬧出一些笑話，犯一些非常低級的錯誤。如同某一族群中，某一天忽然來了一個不同這個族群的男人或女人，就把這個男人或女人說成這個族群的祖先。
維吾爾族的族源，可以追溯到公元前3世紀遊牧于我國北方和西北貝加爾湖以南、額爾齊斯河和巴爾喀什湖之間的丁零（丁靈、丁令）。也有人認為，維吾爾族的先世與匈奴有血緣關系。公元前3世紀，丁零生活在山地森林和蒙古草原的北部邊緣，以狩獵和畜牧為生，相繼受草原上的匈奴、鮮卑和柔然汗國的奴役。也就是說，丁零的血液裡也流淌着匈奴、鮮卑和柔然人的民族融合。
公元前3世紀，丁零生活在山地森林和蒙古草原的北部邊緣，以狩獵和畜牧為生，相繼受草原上的匈奴、鮮卑和柔然汗國的奴役。4世紀以後，丁零又被稱為鐵勒、鐵曆、赤勒或敕勒，分布于西起伏爾加河，東至興安嶺的東西萬餘裡的歐亞北方大草原上。由于他們使用的車輪高大，又被稱為高車。活動于貝加爾湖一帶的被稱為東部鐵勒，其中的袁纥部，在5世紀時成為高車諸部之首，也就是7世紀時鐵勒諸部中的韋纥。
這段曆史是中國人熟知的，如果抹去具體的細節，将它變成一首歌，中國的小孩子們大約都會背，它就是：敕勒川，陰山下。天似穹廬，籠蓋四野。天蒼蒼，野茫茫。風吹草低見牛羊。被寫進了國小國文課本的《敕勒歌》。在當年的中國北方，敕勒人吟誦着它，歌詠北國草原的富饒、壯麗，抒發了他們對養育他們的水土、對遊牧生活無限熱愛之情。這中間當然也有着他們中的一些人南下與中原民族融合後，對于故鄉的眷戀。
5世紀中葉，在準噶爾盆地東部出現了一個以阿史那氏為核心的鐵勒部落，被稱為突厥。552年，阿史那氏建立了包括整個蒙古草原和準噶爾盆地的突厥汗國，使其他一些鐵勒部落成為它的屬部。突厥貴族殘酷的統治激起了各鐵勒部落的反抗。為了與突厥貴族相抗衡，韋纥、仆固、同羅、拔野古等東部鐵勒中較大的九個部落結成地域性的回纥部落聯盟，被稱為九姓鐵勒，簡稱九姓。
這就是維吾爾族的曆史源頭了，他們不是突厥人，而是面對突厥殘酷的統治的反抗者。統一九姓鐵勒各部的人叫骨力裴羅，也是九姓鐵勒的第一代可汗。公元744年，骨力裴羅可汗率領的回纥聯盟在唐朝大軍的配合下，推翻突厥汗國，建立起漠北回纥汗國。這是站在維吾爾族的曆史源頭上的第一個汗國，骨力裴羅可汗接受唐朝冊封為懷仁可汗，回纥汗國由此成為唐朝的屬國。随着汗國的強盛，疆域包括貝加爾湖以南，陰山以北，興安嶺以西和阿爾泰山以東的蒙古草原地區，而汗國統治之下的臣民開始以回纥自居，後來改稱回鹘，為回旋輕捷如鹘之意。
鹘也叫鹘鸠，宋代王欽若等編修《冊府元龜》卷七百八十·博識中說，鹘或為雕和鷹之類的猛禽，從中可以看到維吾爾族先祖和北方草原上其他民族一樣，非常喜愛鷹雕的飛禽。9世紀中葉，回鹘汗國為黠戛斯所敗。回鹘諸部紛紛離散，有的被黠戛斯所俘，有的南遷至内地，還有一些到達甘肅西部，投奔了吐蕃，但大部分遷到西域，進入安西都護府轄地和于阗以西的地方。這是維吾爾族主源族群回鹘，進入今日新疆之始。
回鹘當年從漠北西遷的線路主要有兩條：一是漠北翻越今蒙古國的戈壁阿勒泰山，到過今内蒙古額濟納旗一帶，沿黑河而上，進入河西走廊西端，在此停留了一部分，後來形成了今天的裕固族。另一部分由此進入今新疆哈密、吐魯番一帶。二是翻越阿勒泰山，大約由今新疆奇台縣的北塔山一帶，進入奇台、吉木薩爾。由于當時奇台、吉木薩爾水草不足，回鹘遷徙人口群衆，是以，在此并非做太多停留，而是進入哈密、吐魯番一帶，并由哈密、吐魯番向西進入南疆盆地及中亞草原地區。
西遷的回鹘人在新疆及中亞建立起了兩個政權，一是高昌回鹘王國，二是喀拉汗王朝。高昌回鹘王國在西州、北庭、輪台一帶，即今哈密、吐魯番、吉木薩爾、烏魯木齊一帶；喀喇汗王朝極盛時期，據有東起庫車，東南起羅布泊，西至鹹海、花剌子模，南臨阿姆河，北至巴爾喀什湖、七河流域的廣大區域，版圖囊括當代的烏茲别克斯坦、吉爾吉斯斯坦、塔吉克斯坦、哈薩克斯坦南部以及中國新疆中西部。大體為“唐朝的安西和北庭兩都護府所轄的大部地區”。
汗國政權的建立，意味着回鹘人與此前當地原住居民的不斷融合，大約包括前文中所說的古羌人、塞種人、白氏人（俗稱吐火羅人）、匈奴人、鮮卑人、突厥人以及貫穿始終的漢族先民和漢族人等等各族群及其融合的裔。尤其是喀拉汗王朝所屬的民族成分更為複雜，除了回鹘人本身，還有樣磨、葛邏祿、處月等等，這可能就是今天維吾爾族的長相與方言，哈密、吐魯番一帶與南疆地區略有不同的原因之一。喀拉汗王朝因為信仰了伊斯蘭教，最終與信仰佛教的高昌回鹘王國打打殺殺、兄弟相殘。
12世紀初，部分契丹人在耶律大石的率領下，從東北西遷至中亞，先後征服了喀拉汗王朝和高昌回鹘王國，建立了契丹人的政權，史稱西遼。西遼末期，蒙古強盛。高昌回鹘決定依靠蒙古汗國來擺脫西遼統治。他們設計除掉了西遼派來的少監，并宣布脫離西遼，歸順成吉思汗。高昌回鹘王國成為蒙古汗國的屬國。這之後，“回鹘”被“畏兀兒”逐漸替代。
曆史在此時，為“畏兀兒”給出了這樣一樣定義，即：西遷後定居西域的回鹘，既融合了早就分布在天山以北和西部草原遊牧的突厥語各部，又融合了兩漢以來移居這裡的漢人，他們同原來就居住在南疆廣大地區操焉耆、龜茲、于田語的人民以及後來遷來的吐蕃人、契丹人、蒙古人等長期相處，繁衍發展，到16世紀初形成維吾爾族。
在維吾爾族形成的漫長曆程裡，人們不難發現這樣一個事實，在今中國新疆的民族構成與族群形成中，由西而來的民族基本是沒有的，是完全可以忽略不計的，是以，維吾爾族便成了中國的特有、獨有民族，與中國境外其他國家民族、族群沒有任何實質性關聯。同時，新疆南疆獨特的地形構造，也非常有力地說明了這一點：當由天山山脈和昆侖山山脈相夾而成的塔裡木盆地在西端被帕米爾高原封堵，塔裡木盆地的民族融合來源也隻能是今日中國的青藏高原、河西走廊，以及古代中國的北方——漠北——中國北方沙漠、戈壁以北的廣大地區，今蒙古國及其以北。
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