自從辛亥革命推翻清王朝建立中華民國以來，政治體制變動頻繁，政權也多經更疊，以至于我們現在提起中華民國，大多數時候想到的就是北洋政府和一直被稱為委員長的蔣介石，幾乎不知道中華民國在相當長的一段時間裡，尚有着國民政府主席這一職位。
自從1916年袁世凱稱帝的美夢破碎，在舉國的聲讨中黯然離世，北洋政府随即分崩離析，中國陷入曠日持久的軍閥混戰之中，最終這種混亂的局面由于二次北伐的完成，東北易幟，中國在形式完成統一而大體終結。
在北伐戰争的前一年，也就是1925年的7月1日，廣州國民政府宣布成立，遵從孫中山先生聯俄聯共的遺志，積極準備北伐。
剛剛組建的廣州國民政府為委員制，設定國民政府主席，後來成為大漢奸的汪精衛當選廣州國民政府第一任主席，任期從1925年的7月1日到1926年3月23日。
1926年初，北伐戰争的準備進入關鍵時刻，但是國民黨内相當一部分資深黨員的反共思想越來越嚴重，雙方沖突開始激化，當年3月，蔣介石制造了“中山艦事件”，汪精衛是以被迫辭去國民政府主席，出走法國。
汪精衛被迫辭職之後不久，譚延闿于當月30日成為廣州國民政府代理主席，4月任中央政治委員會主席。7月又代理國民黨中央黨部主席。在次年3月11日，譚延闿辭去國民政府主席的職位。
與此同時，北伐軍攻克上海、南京，但是在此關鍵時刻，以蔣介石為首的國民黨右派掀起了反共的高潮，實行清黨，并于4月18日成立南京國民政府，以胡漢民我南京國民政府主席，任期到1928年2月7日，此後到1928年10月10日，譚延闿又再度成為南京國民政府主席。
但是顯而易見的，這時候的國民政府主席，實為國家元首，總覽全國政權，但是實際上不過是蔣介石的傀儡，虛有其表而已。
1928年10月10日，蔣介石取代譚延闿稱為國民政府的主席，國民政府主席也終于開始掌握實權，并且可以兼任海空軍總司令，隻因為當時南京國民政府真正的實權人物蔣介石稱為了主席，自然一切大開友善之門。
1931年，國民黨四屆一中全會召開，由于各方面的壓力，蔣介石于12月15被迫下野，辭去國民政府主席、陸海空軍總司令、行政院院長之職，國民黨元老林森稱為國民政府主席。
但是與此同時，國民政府組織法第六次修訂，主席不負實際政治責任，而且不得兼任其他職務，林森也就成為了一個毫無權力的，隻能看管主席大印的所謂的主席，也是一直被人們遺忘的一個國民政府主席。
而蔣介石此時的親信已經遍布國民政府，是以蔣介石實質上還是國民政府掌控者，1932年，蔣介石再度成為陸海空軍總司令，并且擔任國民革命軍軍事委員會委員長，徹底成為中華民國的最高領袖。
林森則成為國民政府成立以來任期最長也是最沒有實權的一任國民政府主席，他的任期1931年12月15日開始，直到1943年8月1日林森因車禍（沒有任何證據能證明這時一場暗殺，是以應該為意外）去世。
林森因車禍去世之後，蔣介石再次成為國民政府主席，直到1948年5月20日，國民政府進入行憲時期，此時國民政府主席被中華民國總統所取代，而總統正是蔣介石。