自从辛亥革命推翻清王朝建立中华民国以来，政治体制变动频繁，政权也多经更迭，以至于我们现在提起中华民国，大多数时候想到的就是北洋政府和一直被称为委员长的蒋介石，几乎不知道中华民国在相当长的一段时间里，尚有着国民政府主席这一职位。
自从1916年袁世凯称帝的美梦破碎，在举国的声讨中黯然离世，北洋政府随即分崩离析，中国陷入旷日持久的军阀混战之中，最终这种混乱的局面由于二次北伐的完成，东北易帜，中国在形式完成统一而大体终结。
在北伐战争的前一年，也就是1925年的7月1日，广州国民政府宣布成立，遵从孙中山先生联俄联共的遗志，积极准备北伐。
刚刚组建的广州国民政府为委员制，设置国民政府主席，后来成为大汉奸的汪精卫当选广州国民政府第一任主席，任期从1925年的7月1日到1926年3月23日。
1926年初，北伐战争的准备进入关键时刻，但是国民党内相当一部分资深党员的反共思想越来越严重，双方矛盾开始激化，当年3月，蒋介石制造了“中山舰事件”，汪精卫因此被迫辞去国民政府主席，出走法国。
汪精卫被迫辞职之后不久，谭延闿于当月30日成为广州国民政府代理主席，4月任中央政治委员会主席。7月又代理国民党中央党部主席。在次年3月11日，谭延闿辞去国民政府主席的职位。
与此同时，北伐军攻克上海、南京，但是在此关键时刻，以蒋介石为首的国民党右派掀起了反共的高潮，实行清党，并于4月18日成立南京国民政府，以胡汉民我南京国民政府主席，任期到1928年2月7日，此后到1928年10月10日，谭延闿又再度成为南京国民政府主席。
但是显而易见的，这时候的国民政府主席，实为国家元首，总览全国政权，但是实际上不过是蒋介石的傀儡，虚有其表而已。
1928年10月10日，蒋介石取代谭延闿称为国民政府的主席，国民政府主席也终于开始掌握实权，并且可以兼任海空军总司令，只因为当时南京国民政府真正的实权人物蒋介石称为了主席，自然一切大开方便之门。
1931年，国民党四届一中全会召开，由于各方面的压力，蒋介石于12月15被迫下野，辞去国民政府主席、陆海空军总司令、行政院院长之职，国民党元老林森称为国民政府主席。
但是与此同时，国民政府组织法第六次修订，主席不负实际政治责任，而且不得兼任其他职务，林森也就成为了一个毫无权力的，只能看管主席大印的所谓的主席，也是一直被人们遗忘的一个国民政府主席。
而蒋介石此时的亲信已经遍布国民政府，所以蒋介石实质上还是国民政府掌控者，1932年，蒋介石再度成为陆海空军总司令，并且担任国民革命军军事委员会委员长，彻底成为中华民国的最高领袖。
林森则成为国民政府成立以来任期最长也是最没有实权的一任国民政府主席，他的任期1931年12月15日开始，直到1943年8月1日林森因车祸（没有任何证据能证明这时一场暗杀，所以应该为意外）去世。
林森因车祸去世之后，蒋介石再次成为国民政府主席，直到1948年5月20日，国民政府进入行宪时期，此时国民政府主席被中华民国总统所取代，而总统正是蒋介石。