蒙古人鼎盛時期建立了元朝與四大汗國（欽察汗國、察合台汗國、窩闊台汗國、伊利汗國），元朝被明朝滅亡後，元朝殘餘勢力逃到了漠北草原上，使得草原上的蒙古人及其附屬力量錯綜複雜，明朝時期北方草原主要有瓦剌與鞑靼，到了清朝初年，北方草原主要有蒙古三大部，分别是：漠南蒙古、漠北蒙古、漠西蒙古。
漠南蒙古主要部落有：科爾沁、巴林、翁牛特、紮魯特、土默特、敖漢、奈曼、喀喇沁、鄂爾多斯等等，其遊牧區域主要在今天的内蒙古地區和蒙古國南部，明末清初，後金軍大敗漠南蒙古林丹汗，之後，整個漠南蒙古被清朝征服。
元朝與四大汗國
漠北蒙古是成吉思汗十五世孫達延汗的後裔，也被稱為喀爾喀蒙古，其主要部落有：車臣、土謝圖、三音諾顔、劄薩克圖等，其北面是布裡亞特蒙古，南邊是漠南蒙古，東邊是東三省，西邊一直到新疆阿爾泰山，喀爾喀蒙古在清初與清朝保持了藩屬關系，後來直接投靠了清朝。
漠西蒙古部落主要有：準噶爾部、和碩特部、土爾扈特部、杜爾伯特部、輝特部等，其區域包括今天的新疆、西藏、蒙古國的西部及中亞一帶，距離清朝最遠，今天講的就是漠西蒙古的準噶爾部。
準噶爾部是明朝瓦剌部後裔，被清朝稱為衛特拉，準噶爾部貴族是元朝大臣孛罕裔的後人，瓦剌沒落後，到明末清初，準噶爾部與和碩特部、土爾扈特部、杜爾伯特部組成一個松散的部落聯盟，被稱為厄魯特四部或者衛特拉四部。
清朝與蒙古三部
四部以和碩部首領為盟主，因為和碩部貴族的祖先是成吉思汗的弟弟哈布圖哈薩爾，是以和碩部最為尊貴，當時的準噶爾部遊牧在新疆到中亞的伊犁河流域（今新疆伊犁地區到中亞一帶），和碩部遊牧在新疆烏魯木齊一帶，土爾扈特部遊牧在塔爾巴哈台（今新疆塔城市一帶），杜爾伯特部遊牧在新疆到中亞的額爾齊斯河兩岸（今新疆阿勒泰地區到中亞一帶）。
十七世紀二三十年代，準噶爾部首領哈喇忽剌勢力開始強大起來，開始與和碩部相抗衡，哈喇忽剌去世後，其子巴圖爾成為準噶爾部的首領，準噶爾部繼續強大，成為厄魯特四部實際上的盟主。
但是四部在此時隻是一個松散的聯盟，四部各有首領，定期舉行首領會議，四部盟主也由會議推舉而出，當時的盟主還是和碩部首領，但實力已經是準噶爾部最強，準噶爾部經常仗着實力強大欺負其他部落，這一行為導緻土爾扈特部和杜爾伯特部開始逐漸西遷到中亞的伏爾加河一帶，而和碩部則南征青海，後進入西藏，和碩部的另一部分向東遷到河套以西的阿拉善地區遊牧。
準噶爾逐漸成為漠西蒙古的盟主
這樣一來，準噶爾部獨占了原來四部的牧場，勢力進一步擴張，準噶爾部還向西邊的哈薩克族開戰，将勢力擴充到中亞的楚河（今吉爾吉斯斯坦境内）、塔拉斯河流域（今吉爾吉斯斯坦西部、哈薩克斯坦南部），巴圖爾上司下的準噶爾還兩次擊敗沙俄對新疆的入侵。
準噶爾部首領巴圖爾去世後，其子僧格繼位為首領，這時準噶爾内部因為争奪首領之位發生内讧，内戰持續了數年，僧格被他的兩個異地母哥哥車臣和卓特巴巴圖爾所殺，這一年是公元1670年，也就是中原的康熙九年。
僧格有個同母弟弟叫噶爾丹，當時在中國西藏學習佛法，噶爾丹12歲時就被父親巴圖爾送到中國西藏跟着班禅與達賴一起學習佛經，在聽到兄長僧格被殺後，噶爾丹請求還俗，迅速從西藏回到新疆，收集僧格的舊部，打敗并殺死了異母兄長車臣，迫使卓特巴巴圖爾逃到了青海，噶爾丹便成為準噶爾部的首領，他是巴圖爾的第六個兒子。
準噶爾汗國首領噶爾丹
不久，噶爾丹上疏清朝，其首領地位也得到清朝的正式承認，随後，噶爾丹帶領準噶爾部開始四處擴張，1676年，噶爾丹打敗了和碩部，獨占了原來四部的遊牧地，1680年，噶爾丹滅亡了察合台汗國後裔建立的葉爾羌汗國，其地在今中國新疆的莎車、吐魯番、哈密、塔裡木盆地一帶，并建立了準噶爾汗國，此至，準噶爾實力達到巅峰期。
準噶爾巅峰期控制的區域為：最南邊到西藏的西北地區、最北邊到唐努烏拉山（今俄羅斯與蒙古國邊境），與當時的沙俄交界，最東邊到今新疆與甘肅的交界處，最西邊到帕米爾高原，與哈薩克汗國交界，包括整個中國新疆、蒙古國西部、中亞的一部分以及中國西藏北部。
噶爾丹上司下的準噶爾勢力到達巅峰期後，仍然持續不斷對外擴張，公元1688年，噶爾丹率領3萬騎兵攻打漠北的喀爾喀蒙古的土謝圖部、車臣部、紮薩克圖部，三部相繼被噶爾丹擊敗，喀爾喀蒙古一潰千裡，1690年，噶爾丹在沙俄的支援下，繼續進攻喀爾喀蒙古各部，而喀爾喀蒙古各部開始向清朝求援，清朝把喀爾喀蒙古各部安置在蘇尼特、烏珠穆沁、烏喇特等地遊牧。
準噶爾周邊形勢
噶爾丹繼續進犯，追擊喀爾喀蒙古的土謝圖部到内蒙古錫林郭勒盟的烏珠穆沁草原，進入了清朝的控制區，當時康熙皇帝當然不可能坐視不理，于是派出清軍與準噶爾軍進行了一場會戰，雙方在今内蒙古克什克騰旗烏蘭布通大戰，準噶爾軍大敗，幾乎全軍覆沒，噶爾丹隻帶了一千多騎兵逃走。
經此一戰，準噶爾元氣大傷，實力衰減，噶爾丹逃到了科布多（今蒙古吉爾格朗圖），原準噶爾大學營伊犁河地區已經被噶爾丹的侄子策妄阿喇布坦（僧格之子）占領，六年後，清朝在昭莫多之戰中大敗噶爾丹，殲滅其主力，随後不久，噶爾丹病逝。
噶爾丹失敗有以下幾個原因：
1、兵力不足。
噶爾丹此次遠征的總兵力隻有三萬人，從噶爾丹入侵喀爾喀蒙古開始，就一直是這麼多人，噶爾丹入侵清朝時的戰争持續了幾個月時間，準噶爾的士兵是死一個少一個，雖然準噶爾士兵骁勇善戰，但是兵力遠遠不如清朝。
準噶爾騎兵
此戰清朝發兵約十萬人，而且清初士兵的戰鬥力也是相當強悍的，兵力又是三倍于準噶爾，準噶爾沒有任何優勢，再加上清朝又是以逸待勞，準噶爾失敗也是在所難免，康熙帝原本是要圍殲噶爾丹的，但因為理藩院尚書阿喇尼擅自出擊，才讓噶爾丹有機會逃走，要不然就是殲滅戰了，隻有兵力多才能打殲滅戰。
2、後勤無補給。
噶爾丹此次入侵清朝的行軍路程幾乎穿越了整個外蒙古，長達數千公裡，雖然蒙古人的補給是自給自足，但是長時間的戰争也是需要補給的，當時的戰争已經進入熱兵器時代了，有火炮和鳥槍，據說沙俄支援了噶爾丹滑膛槍，槍支是需要彈藥的，這需要補給。
但是，噶爾丹幾乎不可能得到補給，他已經深入清朝的内蒙古地區了，離準噶爾的老巢有數千裡，離當時的沙俄也非常遠，如此遠的距離想要後勤補給，都不是一件容易的事，即使有，後勤補給線随時也會被清朝切斷，沒有補給無法長時間作戰，隻适合短期戰争。
清朝旗兵
相對來說，清朝是主場作戰，後勤補給友善多了，對比之下，準噶爾的失敗就在所難免了。
3、準噶爾勢單力孤，并且内部也分裂了。
當時的沙俄雖然支援噶爾丹，并且出兵烏丁斯克（今俄羅斯烏蘭烏德），攻打喀爾喀土謝圖汗部，當準噶爾與沙俄軍隊相距甚遠，無法合力，戰争還得準噶爾自己來打，因為準噶爾的四處擴張，周邊幾乎都是他的敵人，比如清朝、喀爾喀蒙古、烏茲别克汗國、葉爾羌汗國都是準噶爾的敵人，準噶爾就是孤軍作戰。
雖然準噶爾一時強大，但不斷的對外戰争就是窮兵黩武，就在噶爾丹入侵清朝之時，他的大學營被其侄子策妄阿喇布坦奪取，策妄阿喇布坦不僅占領了噶爾丹的老巢，而且俘虜了噶爾丹的妻子兒女及部衆，然後取代了噶爾丹，自立為準噶爾汗國的大汗，并向清朝臣服，這說明準噶爾内部也并非鐵闆一塊。
清準戰争
種種原因之下，準噶爾就是強弩之末了，失敗是不可避免的。
4、戰術失敗。
清朝與準噶爾的關鍵之戰發生在今内蒙古克什克騰旗烏蘭布通，當時噶爾丹采取的是駝城戰術，所謂的駝城戰術就是用駱駝充當掩護，當然也是運輸工具，噶爾丹讓手下把駱駝蹄子綁起來，讓駱駝隻能卧倒在地上，在駱駝的背上扛着覆寫毛毯的木箱，然後把駱駝環繞成圓圈結成營地，準噶爾軍就以為堡壘，依靠駱駝與其背上的木箱作為掩護，在間隙處射箭和開槍。
這種戰術并不高明，當時已經是熱兵器時代的開端了，清朝打敗準噶爾的辦法是用重炮轟擊準噶爾營地，清朝的火炮在明朝末年就有了，還有著名的紅衣大炮，連城牆都能轟倒，更不用說駱駝和木箱，完全就是送死的，是以清軍一戰就打敗了準噶爾。
駝城戰術
5、康熙的能力不是噶爾丹能比的。
清準之戰是康熙在幕後指揮的，康熙原計劃是先穩住了噶爾丹，等到各種清軍到達後圍殲對方，但由于阿喇尼沉不住氣，先攻擊對方，造成準噶爾有所防備，留好了後路，但是戰争最終的結果也是大敗準噶爾，差一點全殲對方。
康熙20歲時就開始指揮平定三藩之亂的戰争，用了8年時間平定了三藩之亂，與準噶爾開戰時，康熙36歲了，這種軍事才能不是噶爾丹能比的，三藩之亂的難度遠高于與準噶爾的戰争，康熙的能力也遠超噶爾丹，此戰中，康熙都準備禦駕親征，想一次性解決準噶爾，因為感冒才放棄了，要不然噶爾丹根本就逃不了。
康熙親征準噶爾
6、清朝的實力遠超準噶爾。
打仗也是需要實力的，準噶爾的實力不及清朝十分之一，無論是人口、控制區、戰鬥力、政治制度、軍事制度、經濟能力，清朝都遠超準噶爾，雙方不是一個量級的對手，準噶爾沒有叫闆清朝的實力，失敗也就是必然的。
種種原因之下，準噶爾輕松被清朝打敗，并不是很奇怪的事，噶爾丹去世之後，清朝又用了幾十年時間滅亡了準噶爾汗國。