從元末時期開始，由于日本政局的急劇動蕩，再加上明朝的海禁政策，以至于日本浪人與漢人走私集團勾結，頻繁侵擾北韓和明朝沿海地區，倭寇之亂日趨嚴重，并在明朝嘉靖年間達到巅峰，然而作為明朝一大外患的倭寇，卻在清朝時期基本絕迹，這又是為什麼呢？個人認為，應該主要源于以下四點原因。
原因之一：明後期武力清剿加隆慶開關，内地倭患基本得以解決
衆所周知，明朝的倭寇分為“真倭”和“假倭”，其中“真倭”自然是指那些日本倭寇，而假倭則是指一些混入倭寇，甚至假扮倭寇的漢人，例如福建的蕭顯、鄧文俊、林碧川、沈門，廣東的何亞八等，以及部分海盜的部下，例如汪直部下徐海。
明朝由于長期禁海，為了生存發财，有部分人從事了走私貿易，部分人結夥成群變成了海盜，更有部分人加入倭寇或者作為向導引領倭寇襲擊内地，這部分便是“假倭”，而他們的數量和危害甚至要遠超“真倭”。
就“假倭”而言，其實大緻也可分為兩類，一類是居于沿海地區，平日裡與百姓無異，但卻會在關鍵時刻給倭寇提供情報并引路；另一類便是海盜，他們平日裡盤踞海島打劫過往船隻，時常也會扮成倭寇，或者與倭寇合作劫掠内地。對于前者，往往隻能交給地方官府仔細甄别抓捕，而對于後者，明朝則以打擊為主。
明朝嘉靖年間，沿海倭患日益嚴重，已經到了朝廷不得不解決的時刻。于是，明廷先是和海盜汪直合作，消滅了陳思盼、盧七、沈九等海上武裝勢力，此後汪直與明朝政府保持了一段蜜月期，直到俞大猷、胡宗憲先後到任，汪直與明朝政府開始決裂，并最終被誘殺。此後，沿海大型武裝海盜雖然被消滅，但被打散的海盜卻也導緻倭患呈迅速蔓延之勢。
于是，從嘉靖四十年（1561年）開始，戚繼光率領戚家軍開始大肆清剿倭寇，是以時海盜和倭寇尚未再度形成龐大集團，是以戚繼光先是九戰九捷殲滅台州倭寇，之後又與俞大猷聯手肅清福建、浙江倭寇。到嘉靖四十四年（1565年）後，随着廣東、南澳的林道乾、林阿鳳等倭寇被消滅，東南沿海倭寇基本蕩平。
由于當時倭患實在太過嚴重，導緻朝廷對于是否繼續堅持“海禁”再次展開讨論，當時有不少有識之士看到了“海禁”與海寇之間的關系，極力主張開放“海禁”，例如福建巡撫譚綸便積極倡導開海，請求朝廷允許福建商民在近海與外通商。于是，便有了“隆慶開關”，随着沿海百姓有了生路，“假倭”數量大為減少，因而内地倭患基本得以消滅。
原因之二：日本戰國後局勢趨于平緩，閉關鎖國導緻“真倭”減少
除了大量的“假倭”之外，明朝倭患的另外一個源頭，便是來自日本的大量“真倭”。在中原處于明朝統治的兩百多年間，日本則長期處于戰亂之中，國内局勢的動蕩導緻大量日本人隻能出海謀生，而這便是日本倭寇的主要源頭。
從元末時期日本鐮倉幕府倒台之後，日本先是處于南北對立時期，之後又因應仁之亂而進入戰國時期，長期的混亂導緻大量武士失業，他們隻能選擇出海謀生。此外，一些大名為了獲得戰争資源，也選擇暗中支援日本海盜幫助自己掠取财富，再加上一些走私商人的铤而走險，這便組成了大量活躍于明朝沿海的“真倭”。
十六世紀末，日本戰國進入末期，國内局勢逐漸趨于穩定，而為了維護自身的統治，日本國内也開始嚴厲打擊倭寇，再加上豐神秀吉頒布八幡船禁止令（海盜行為禁止）的影響，由日本武士組成的真倭開始逐漸減少，再加上失去了明朝内應的原因，倭寇劫掠現象開始逐漸減少。
傳教士在日本傳教
與此同時，随着西方列強開始向東亞地區滲透，大量傳教士開始進入日本，這些傳教士最初并未引起當時日本的統治者豐臣秀吉的注意，但随着日本多次起義背後都浮現出西班牙傳教士的身影，尤其是德川家康統一日本期間的多次起義，最終導緻江戶幕府先後多次頒布鎖國令。
當然，最初的鎖國令隻是針對西班牙的天主教傳教士，而德川家康與英國、荷蘭等新教國家的關系尚且友善。不過，随着德川家康的去世，由于其後世統治者難以區分新教和天主教，導緻德川秀忠和德川家光時期開始全面推行鎖國政策，結果導緻日本本國人難以出海謀生。
如上，由于日本政局的逐漸穩定，以及日本國内對“真倭”的限制和清剿，導緻日本國内倭寇失去了生存根基，再加上德川幕府以後實行嚴格的閉關鎖國，日本國民很難出海求生，“真倭”數量自然急劇減少。
原因之三：清朝嚴格推行遷界禁海，導緻倭寇失去打擊目标
清朝建立之後，出于統治需求，再度推行閉關鎖國政策，甚至在清朝初期實行“遷界禁海”政策，将沿海百姓全部遷入内地，即便倭寇侵入沿海地區，也根本找不到可以劫掠的目标，久而久之自然也就沒有倭寇再來襲擾。
順治十八年（1661年）溫州遷界示意圖
清朝入主中原後，雖然很快便消滅了内陸的抗清力量，但東南沿海鄭成功抗清力量仍在，為了隔絕沿海百姓與台灣鄭氏的聯系，防範百姓集聚海上，因而下令嚴禁沿海百姓出海。順治十二年（1655年）六月，閩浙總督屯泰更是奏請對沿海省份實行“無許片帆入海”的嚴厲海禁，違者立置重典。
到了康熙年間，為了斷絕台灣鄭氏的補給，更是在沿海地區劃定了一個瀕海範圍（從瀕海三十裡到兩三百裡不等），設立界碑，乃至修建界牆，強制遷徙範圍内的沿海居民遷移内地，直接在沿海地區人為制造了一個無人區。
由于“禁海令”和“遷海令”的大力推行，導緻東南沿海三十至五十裡内一片荒涼，不僅百姓出海根本毫無可能，就連倭寇也失去了襲擊目标，如此一來倭寇自然大為減少。
台灣鄭氏被消滅後，清廷于康熙二十三年（1684年）七月撤銷“禁海令”和“遷海令”，一定程度開放了海禁。
不過，到了乾隆年間，清廷卻再度開啟海禁，而原因便是日趨頻繁的洋人貿易，朝廷擔心洋人與漢人聯合起來反對清朝，于是在乾隆二十四年（1759年）頒布了《防範外夷條規》，隻允許官方許可的商人組成“公行”與洋人來進行貿易（廣東十三行是以形成），沿海百姓和商人仍然難以出海謀生。
之後，清廷又于嘉慶十四年（1809年）和道光十五年（1835年）分别頒布《民夷交易章程》和《防夷八條》，雖然一定程度開啟了海洋貿易，但對于洋人與清朝貿易，以及沿海百姓出海經商，都進行了嚴格的規定。
由于清朝嚴格的閉關鎖國政策，導緻東南沿海除了少數通商口岸之外，其餘地區經濟受到了災難性打擊，這也是“真倭”和“假倭”減少的一個重要原因。
原因之四：西方列強向東南亞滲透，倭寇減少但海盜卻興起
從十六世紀末開始，西方列強開始大肆向東南亞滲透，東南亞海洋貿易日漸興起，如此一條流淌着黃金的貿易線，自然滋生了海盜的産生。是以，清朝雖然少了倭寇，但海盜活動卻極為猖獗，而清朝時期最為出名的海盜，恐怕就當屬鄭一嫂了。
早在康熙收複台灣之後，鄭成功的部分殘兵便來到了珠江口為盜，并演變為清初紅、黃、藍、白、黑、紫六幫。到了嘉慶年間，浙江、福建和廣東沿海地區百姓，因為生活所迫與官府展開鬥争，結果不少被通緝者都出海流亡東南亞海域，結果導緻該地區海盜日益猖獗。
這時，在紅旗幫首領鄭一及其妻子鄭一嫂的努力下，紅旗幫與廣東海盜組成聯盟，由鄭一擔任盟主，到嘉慶九年（1804年）時，這個聯盟已經發展的極為壯大，已經成為當時首屈一指的海盜艦隊，被稱為“紅旗隊”。三年後，鄭一去世，其妻鄭一嫂遂成為紅旗幫領袖。
在鄭一嫂的統領下，以香港大嶼山為主要基地的紅旗幫，一度擁有大小船隻五六百艘，部衆多達三四萬人，不僅有自己的造船工廠，甚至還裝備了相當數量的西洋武器，實力極為強勁。
然而，由于當時活躍于東南沿海和東南亞的主要為西方列強，是以紅旗幫很少與清廷水師交手，反而與西方列強交戰不止。不僅曾經重創葡澳艦隊，且将澳門圍困得幾近斷糧，而且還在嘉慶十四年（1809年），痛擊廣州内河的英國船隻，殺死數十英軍，俘獲一艘英軍戰艦。
當時，不論是六旗聯盟，還是活躍于廣東沿海和内河水道的華南海盜，他們更喜歡幹的就是劫掠過往商船和綁架外國商人。例如鄭一嫂便曾綁架了東印度官員Richard Glasspoole，其在被贖傳回倫敦後，還寫了一本叫作《可怕的海盜》的回憶錄，結果使得鄭一嫂名揚海外。
如上，由于西方列強向東南亞的滲透，由于海洋貿易的日漸興起，相較于劫掠内地和沿海百姓而言，打劫過往商船和綁架過往商人不僅利益更大，而且威脅相對更小，隻是他們更多以海盜形式存在罷了。不過，也正是由于列強的滲透，在清廷和列強的圍剿下，海盜們的生存空間也被壓縮的極為厲害，他們要麼最終被雙方聯手圍剿消滅，要麼最終迫于形勢選擇了接受招安。
綜上所述，由于明朝和日本對倭寇的大肆清剿，日本國内政治局勢的緩和，再加上清朝的遷界禁海政策和海洋貿易的興起，曾在明朝橫行無忌的倭寇，到了清朝卻已經基本絕迹。