从元末时期开始，由于日本政局的急剧动荡，再加上明朝的海禁政策，以至于日本浪人与汉人走私集团勾结，频繁侵扰朝鲜和明朝沿海地区，倭寇之乱日趋严重，并在明朝嘉靖年间达到巅峰，然而作为明朝一大外患的倭寇，却在清朝时期基本绝迹，这又是为什么呢？个人认为，应该主要源于以下四点原因。
原因之一：明后期武力清剿加隆庆开关，内地倭患基本得以解决
众所周知，明朝的倭寇分为“真倭”和“假倭”，其中“真倭”自然是指那些日本倭寇，而假倭则是指一些混入倭寇，甚至假扮倭寇的汉人，例如福建的萧显、邓文俊、林碧川、沈门，广东的何亚八等，以及部分海盗的部下，例如汪直部下徐海。
明朝由于长期禁海，为了生存发财，有部分人从事了走私贸易，部分人结伙成群变成了海盗，更有部分人加入倭寇或者作为向导引领倭寇袭击内地，这部分便是“假倭”，而他们的数量和危害甚至要远超“真倭”。
就“假倭”而言，其实大致也可分为两类，一类是居于沿海地区，平日里与百姓无异，但却会在关键时刻给倭寇提供情报并引路；另一类便是海盗，他们平日里盘踞海岛打劫过往船只，时常也会扮成倭寇，或者与倭寇合作劫掠内地。对于前者，往往只能交给地方官府仔细甄别抓捕，而对于后者，明朝则以打击为主。
明朝嘉靖年间，沿海倭患日益严重，已经到了朝廷不得不解决的时刻。于是，明廷先是和海盗汪直合作，消灭了陈思盼、卢七、沈九等海上武装势力，此后汪直与明朝政府保持了一段蜜月期，直到俞大猷、胡宗宪先后到任，汪直与明朝政府开始决裂，并最终被诱杀。此后，沿海大型武装海盗虽然被消灭，但被打散的海盗却也导致倭患呈迅速蔓延之势。
于是，从嘉靖四十年（1561年）开始，戚继光率领戚家军开始大肆清剿倭寇，因此时海盗和倭寇尚未再度形成庞大集团，因此戚继光先是九战九捷歼灭台州倭寇，之后又与俞大猷联手肃清福建、浙江倭寇。到嘉靖四十四年（1565年）后，随着广东、南澳的林道乾、林阿凤等倭寇被消灭，东南沿海倭寇基本荡平。
由于当时倭患实在太过严重，导致朝廷对于是否继续坚持“海禁”再次展开讨论，当时有不少有识之士看到了“海禁”与海寇之间的关系，极力主张开放“海禁”，例如福建巡抚谭纶便积极倡导开海，请求朝廷允许福建商民在近海与外通商。于是，便有了“隆庆开关”，随着沿海百姓有了生路，“假倭”数量大为减少，因而内地倭患基本得以消灭。
原因之二：日本战国后局势趋于平缓，闭关锁国导致“真倭”减少
除了大量的“假倭”之外，明朝倭患的另外一个源头，便是来自日本的大量“真倭”。在中原处于明朝统治的两百多年间，日本则长期处于战乱之中，国内局势的动荡导致大量日本人只能出海谋生，而这便是日本倭寇的主要源头。
从元末时期日本镰仓幕府倒台之后，日本先是处于南北对立时期，之后又因应仁之乱而进入战国时期，长期的混乱导致大量武士失业，他们只能选择出海谋生。此外，一些大名为了获得战争资源，也选择暗中支持日本海盗帮助自己掠取财富，再加上一些走私商人的铤而走险，这便组成了大量活跃于明朝沿海的“真倭”。
十六世纪末，日本战国进入末期，国内局势逐渐趋于稳定，而为了维护自身的统治，日本国内也开始严厉打击倭寇，再加上丰神秀吉颁布八幡船禁止令（海盗行为禁止）的影响，由日本武士组成的真倭开始逐步减少，再加上失去了明朝内应的原因，倭寇劫掠现象开始逐步减少。
传教士在日本传教
与此同时，随着西方列强开始向东亚地区渗透，大量传教士开始进入日本，这些传教士最初并未引起当时日本的统治者丰臣秀吉的注意，但随着日本多次起义背后都浮现出西班牙传教士的身影，尤其是德川家康统一日本期间的多次起义，最终导致江户幕府先后多次颁布锁国令。
当然，最初的锁国令只是针对西班牙的天主教传教士，而德川家康与英国、荷兰等新教国家的关系尚且友善。不过，随着德川家康的去世，由于其后世统治者难以区分新教和天主教，导致德川秀忠和德川家光时期开始全面推行锁国政策，结果导致日本本国人难以出海谋生。
如上，由于日本政局的逐渐稳定，以及日本国内对“真倭”的限制和清剿，导致日本国内倭寇失去了生存根基，再加上德川幕府以后实行严格的闭关锁国，日本国民很难出海求生，“真倭”数量自然急剧减少。
原因之三：清朝严格推行迁界禁海，导致倭寇失去打击目标
清朝建立之后，出于统治需求，再度推行闭关锁国政策，甚至在清朝初期实行“迁界禁海”政策，将沿海百姓全部迁入内地，即便倭寇侵入沿海地区，也根本找不到可以劫掠的目标，久而久之自然也就没有倭寇再来袭扰。
顺治十八年（1661年）温州迁界示意图
清朝入主中原后，虽然很快便消灭了内陆的抗清力量，但东南沿海郑成功抗清力量仍在，为了隔绝沿海百姓与台湾郑氏的联系，防范百姓集聚海上，因而下令严禁沿海百姓出海。顺治十二年（1655年）六月，闽浙总督屯泰更是奏请对沿海省份实行“无许片帆入海”的严厉海禁，违者立置重典。
到了康熙年间，为了断绝台湾郑氏的补给，更是在沿海地区划定了一个濒海范围（从濒海三十里到两三百里不等），设立界碑，乃至修建界墙，强制迁徙范围内的沿海居民迁移内地，直接在沿海地区人为制造了一个无人区。
由于“禁海令”和“迁海令”的大力推行，导致东南沿海三十至五十里内一片荒凉，不仅百姓出海根本毫无可能，就连倭寇也失去了袭击目标，如此一来倭寇自然大为减少。
台湾郑氏被消灭后，清廷于康熙二十三年（1684年）七月撤销“禁海令”和“迁海令”，一定程度开放了海禁。
不过，到了乾隆年间，清廷却再度开启海禁，而原因便是日趋频繁的洋人贸易，朝廷担心洋人与汉人联合起来反对清朝，于是在乾隆二十四年（1759年）颁布了《防范外夷条规》，只允许官方许可的商人组成“公行”与洋人来进行贸易（广东十三行因此形成），沿海百姓和商人仍然难以出海谋生。
之后，清廷又于嘉庆十四年（1809年）和道光十五年（1835年）分别颁布《民夷交易章程》和《防夷八条》，虽然一定程度开启了海洋贸易，但对于洋人与清朝贸易，以及沿海百姓出海经商，都进行了严格的规定。
由于清朝严格的闭关锁国政策，导致东南沿海除了少数通商口岸之外，其余地区经济受到了灾难性打击，这也是“真倭”和“假倭”减少的一个重要原因。
原因之四：西方列强向东南亚渗透，倭寇减少但海盗却兴起
从十六世纪末开始，西方列强开始大肆向东南亚渗透，东南亚海洋贸易日渐兴起，如此一条流淌着黄金的贸易线，自然滋生了海盗的产生。因此，清朝虽然少了倭寇，但海盗活动却极为猖獗，而清朝时期最为出名的海盗，恐怕就当属郑一嫂了。
早在康熙收复台湾之后，郑成功的部分残兵便来到了珠江口为盗，并演变为清初红、黄、蓝、白、黑、紫六帮。到了嘉庆年间，浙江、福建和广东沿海地区百姓，因为生活所迫与官府展开斗争，结果不少被通缉者都出海流亡东南亚海域，结果导致该地区海盗日益猖獗。
这时，在红旗帮首领郑一及其妻子郑一嫂的努力下，红旗帮与广东海盗组成联盟，由郑一担任盟主，到嘉庆九年（1804年）时，这个联盟已经发展的极为壮大，已经成为当时首屈一指的海盗舰队，被称为“红旗队”。三年后，郑一去世，其妻郑一嫂遂成为红旗帮领袖。
在郑一嫂的统领下，以香港大屿山为主要基地的红旗帮，一度拥有大小船只五六百艘，部众多达三四万人，不仅有自己的造船工厂，甚至还装备了相当数量的西洋武器，实力极为强劲。
然而，由于当时活跃于东南沿海和东南亚的主要为西方列强，因此红旗帮很少与清廷水师交手，反而与西方列强交战不止。不仅曾经重创葡澳舰队，且将澳门围困得几近断粮，而且还在嘉庆十四年（1809年），痛击广州内河的英国船只，杀死数十英军，俘获一艘英军战舰。
当时，不论是六旗联盟，还是活跃于广东沿海和内河水道的华南海盗，他们更喜欢干的就是劫掠过往商船和绑架外国商人。例如郑一嫂便曾绑架了东印度官员Richard Glasspoole，其在被赎返回伦敦后，还写了一本叫作《可怕的海盗》的回忆录，结果使得郑一嫂名扬海外。
如上，由于西方列强向东南亚的渗透，由于海洋贸易的日渐兴起，相较于劫掠内地和沿海百姓而言，打劫过往商船和绑架过往商人不仅利益更大，而且威胁相对更小，只是他们更多以海盗形式存在罢了。不过，也正是由于列强的渗透，在清廷和列强的围剿下，海盗们的生存空间也被压缩的极为厉害，他们要么最终被双方联手围剿消灭，要么最终迫于形势选择了接受招安。
综上所述，由于明朝和日本对倭寇的大肆清剿，日本国内政治局势的缓和，再加上清朝的迁界禁海政策和海洋贸易的兴起，曾在明朝横行无忌的倭寇，到了清朝却已经基本绝迹。