明清兩朝，被判死刑的犯人照例要在秋後問斬，地點多在菜市口。清代對死刑犯的稽核是十分嚴格的，要經過“三審三決”（地方督撫、刑部、朝審），最後由皇帝禦筆勾決後方能問斬。
這裡以清代為例，來仔細講一講菜市口行刑的基本流程和一些比較冷門的知識。
被判斬首的死刑犯都是統一從刑部大牢中押解到菜市口問斬的，集中在同一天行刑。實際上，清代每年被皇帝勾決的犯人并不多，一般也就幾個到二三十個，比如康熙皇帝比較仁慈，每年勾決的犯人平均下來不到10個。
行刑的當天，步軍統領衙門要派出馬步軍數百人，圍嚴了法場，監斬官員是刑部或大理寺的司官，在菜市口東北角會搭起一座土台，三面用大油布圍着。按規矩，行刑之日，監斬官員要供上閻王爺的神龛，擺上香爐祭品，這是自古以來的規矩，表明斬首犯人要選擇吉利的日子。
刑場的中間，埋着十個粗大的樹墩，為何是十個呢？這代表着陰曹地府的十殿閻羅，行刑時犯人就将頭放在上面，隻等劊子手一刀落下。不過奇怪的是，這十個樹墩都是給男犯人準備的，至于女犯則在不遠的西南方向，也同樣有幾個不大的樹墩，而這些樹墩，在平日裡竟是商販賣肉剁排骨和殺雞宰魚的地方。
清代斬首犯人為何要選在菜市口呢？因為這個地方尤為豁亮，是個三岔路口，随着年積月累，附近的小販日漸繁多，刑部隻要在此張貼行刑告示，周圍的商鋪便會擠滿了人等着看熱鬧。不用說，朝廷的用意就是想借用這個地方，來宣示法律的威嚴。
古人做事向來都有成例，斬首犯人同樣也是如此。行刑前，一定要讓犯人吃飽喝足，即便是成了鬼，也不會是餓死鬼，一旦“餓死鬼”多了，世道就會變亂，若再無人祭奠或送錢的孤魂野鬼，那将危害人間與江山社稷。
人犯進入法場受刑前，即正午之前，計算時辰的監斬差役就會不停地喊着：
“午時未到，吃飽吃好，陽世有來生，陰世轉陽早。”
喊聲一過，馬上就有刑部常年雇傭的飯館夥計們，端着酒壇、炖肉，挨個給犯人倒酒上肉。
犯人也都知道這個規矩，這是他們在陽間最後一段飯，是以也不會反抗，規規矩矩吃完這頓斷頭飯。喝完最後一口酒後，犯人們将酒碗摔得粉碎，照例也會來上一句
“十八年後又是一條好漢”
、
“不枉此一生，雁過也留聲”
一類的話。據說，這都是刑部大牢牢頭們叮囑的，隻要這樣喊，才能走得安生，也能轉世投胎為人。
午時三刻時辰一到，劊子手拿着鬼頭大刀砍下，隻一刀便人頭分離。清代的劊子手是個神秘的行業，民間都說他們和閻王爺是朋友，因為隻有他們家裡供着閻王爺。從事這一行當的，大多是漢人，旗人是不被法律允許的。
劊子手不是朝廷的正式編制，一年到頭就營業一天，雖然也有家屬送點銀兩，但基本上不夠開支。不過他們與刑部的常有來往，是以平日裡也做些生意，大多是保镖一類的事，但雇主一般都不知道他們的真實身份。
在很多影視作品中，經常提及一個詞彙——斬首棄市。從字面意思了解，應該是行刑過後犯人的屍體被抛棄在菜市口。事實上并非如此，明朝時常有将人犯暴屍的習俗，但是清朝除了對那些欽犯毫不客氣外，仍會留全屍給家屬。
每次行刑後，差役們會雇專人，将犯人的腦袋重新縫合在屍身上，讓死者落個全屍，這些人被稱為“還魂爺”，專門做擡屍、運屍與埋屍的生意。
作為家屬為了掩埋屍首，都要花上一筆銀子，如果是窮苦人家則要賣兒賣女，或者是賣身為奴，以換得親人入土為安。如果犯人要是沒有家屬，那麼菜市口周圍的商販們就會集資出錢，找人将其埋到亂墳崗。
棄市還有另外一個說法，就是行刑這一天，在菜市口販賣的菜果，賣不完絕不能再帶回家，就算賠本賺吆喝，也一定要抛棄在這裡，用來接濟乞丐或窮人。
當然，明清兩朝斬決犯人也不一定都在菜市口，對于那些起兵造反的首領，或是進犯邊疆的外來侵略者，凡是每次得勝回朝時，都會舉行一個獻俘儀式，然後在午門處決犯人。