蘇黎世戰役失敗後，沙皇亞曆山大一世指令蘇沃洛夫撤回。這讓拿破侖欣喜不已。這樣一來，反法同盟軍就失去了一支由堅韌的士兵所組成的強大力量，其力量将被嚴重削弱。然而，神聖羅馬帝國和英國仍在繼續與法蘭西交戰。當西巴伐利亞境内的一支龐大卻羸弱的反法同盟軍向阿爾薩斯發出威脅時，為了保衛自己在意大利的戰果，奧地利募集了一支非常強大的力量，逐漸搗毀仍被法蘭西小分隊占領的要塞，并侵入多芬和普羅旺斯的邊境。在這種情況下，第一執政制定了一個行動計劃。人們普遍認為，這個計劃展示了拿破侖的軍事理念中最光輝耀眼的精華之處。根據這個計劃，身處巴伐利亞的反法同盟軍不得不面對整個戰場，因而遠不如之前那麼強大。而占領着意大利西部邊境的奧地利在次要前沿上暴露在了危險之中。利用瑞士這個巨大的天然堡壘，反法同盟軍向奧軍的側翼和後方發動了攻擊。相應地，拿破侖在巴伐利亞預備了一支實力遠超反法同盟軍的部隊。由讓-維克多•馬利•莫羅指揮着這支部隊從萊茵河源頭迅速發動襲擊，迫使反法同盟軍向反方向撤退。同時，拿破侖還秘密準備了第二支軍隊，并隐瞞了這支軍隊的部署。直到最後一刻，他才決定率領第二支軍隊穿越雄偉的瑞士阿爾卑斯山，向奧地利軍隊發動攻擊，切斷奧軍的退路。
1800年春，雙方開始實施軍事行動，拉開了戰争的大幕。奧地利駐意大利總司令梅拉斯與彼得·卡爾·奧特·馮·布托克茲兵分兩路。梅拉斯對熱那亞發動圍攻，并且用大量的零散兵力隐藏了自己的撤退路線，最終兵至瓦爾，迅速占領尼斯。同時，讓-維克多·馬利·莫羅的軍隊也開始有所行動。他雖然因怯懦而不敢執行從沙夫豪森橫渡萊茵河源頭到達敵人後方并發動攻擊的計劃，但成功侵入了巴伐利亞，逼退了比自己更加弱小的對手保羅•克雷，并能夠如約派出一支相當強大的部隊穿越聖戈塔德以呼應第一執政的戰略。其間，偉大的指揮官逐漸從法蘭西第一共和國各地集結部隊以便進行決定性的攻擊。第一執政極其巧妙地掩蓋了這個行動的真實目的，讓奧地利軍隊相信這隻是普通的預備征兵。到1800年5月中旬，有五萬法軍在瑞士邊境集結，随時準備戰鬥。第一執政派遣一支部隊像平常一樣穿越塞尼山口，以盡可能長時間地蒙蔽敵人，同時指揮大部隊穿過大聖伯納德山口。
拿破侖躍馬大聖伯納德山口（本圖為修複圖，禁止轉載）
1800年5月16日至5月19日，廣袤寂靜的山區回蕩着戰争的喧嚣聲，法軍橫掃高地，到達了波河和倫巴第平原。長期以來，這座山丘般的堡壘阻止了大膽的侵略者，卻敗給了一個巧妙的計謀。不久之後，第一執政帶着熱切的希望，從米蘭的皮埃蒙特邊境到達都靈，并組織了一次佯動以掩蓋他的真實目的。到1800年6月2日，在讓-維克多•馬利•莫羅派出的部隊的增援之下，法軍占領了倫巴第首府，堵截了敵人的撤退路線，圓滿完成了其偉大領袖的精彩戰略的第一篇章。
拿破侖率軍穿越冰雪覆寫的大聖伯納山口（本圖為修複圖，禁止轉載）
當拿破侖翻越阿爾卑斯山時，奧軍指揮官一直緻力于熱那亞圍攻和瓦爾行動。然而，安德烈·馬塞納在熱那亞頑強堅持。路易-加布裡埃爾·叙謝以高超的戰略技巧以少勝多，堅守着普羅旺斯的隘口，令奧軍動彈不得。當得知可怕的敵人在後方集結時，梅拉斯認為這是不可能的事情，故而并不相信。但等他不得不相信時，法軍在塞尼山口附近的行動和攻擊都靈的行動又羁絆着他，令他猶豫不決。然而，當梅拉斯看清了第一執政的真實意圖之後，這位勇敢的奧軍将領決心不惜一切代價強行前往阿迪傑河，同時指令彼得·卡爾·奧特·馮·布托克茲包圍熱那亞，并留下一支分隊牽制路易-加布裡埃爾·叙謝。梅拉斯開始把分散的奧軍集合在一起，若在撤退途中遭遇法軍，便可與敵人進行殊死一戰。然而，彼得•卡爾•奧特•馮•布托克茲攻擊熱那亞的行動耽擱了一些時間。熱那亞在進行了一場銘記史冊的保衛戰後淪陷了。1800年6月12日，五萬法蘭西士兵在著名的亞曆山德裡亞要塞周圍集結并發動進攻，将奧軍打得四分五裂。同時，第一執政撤出米蘭。不知是由于對敵人的計劃一無所知，還是由于擔心梅拉斯會在熱那亞陷落後向南逃跑，第一執政率軍離開了他所占領的位于提契諾、阿達河和波河之間的軍事要地，并穿過斯克裡維亞河進入馬倫戈平原。如此一來，拿破侖的部隊就變得極其分散了。梅拉斯大膽地抓住機會，趁機突破包圍網的薄弱點并成功逃脫。梅拉斯在1800年6月14日早上對拿破侖發動了聲勢浩大的襲擊，為自己赢得了名譽。這場混戰持續了好幾個小時。當法軍已經開始撤退逃跑時，法軍的一個師和一支小騎兵隊意外地加入了戰鬥，法軍轉眼間就反敗為勝了。由此可見，拿破侖所占據的位于敵人後方的優越軍事位置确實非常重要。奧軍的撤退路線被切斷，不得不在失敗後做出讓步，簽訂停戰協定。根據停戰協定，從意大利至明喬河的地界重歸法蘭西第一共和國統治。于是，1799年的危機就這樣被消除了。
馬倫戈戰役（本圖為修複圖，禁止轉載）
在這位高明的策劃者的所有成就中，這次的成功被認為是最輝煌的。然而，在最高超的軍事技巧指導下，雖然大膽通過阿爾卑斯山成就了最優軍事整合，但拿破侖在這次戰役中的表現很難與其在1796年取得的成就相媲美。馬倫戈行動也證明了過度自信和盲目樂觀是拿破侖在戰争中失敗的主要原因。雖然意大利被一舉奪回，但與神聖神羅馬帝國的戰争卻進展緩慢。讓-維克多•馬利•莫羅雖然在實力上有優勢，卻在烏爾姆附近的多瑙河上不止一次遇到挫敗。保羅•克雷的防守雖然巧妙，但仍無法減輕馬倫戈戰役的影響。戰場形勢發生了巨大的逆轉之後，奧地利努力與這位可怕的征服者進行談判。不過，拿破侖一直貫徹執行着自己的原則，且他的原則已經被奉為政策準則。他決定隻要一有機會就将反法同盟分裂，除非萬不得已，否則絕不與英國一起對付奧地利。休整幾周後，戰争重新開始并且更激烈。此時，法軍已經獲得壓倒性的優勢。當紀堯姆•布魯尼向阿迪傑河進軍時，第一執政已經回到法蘭西第一共和國重掌政府。讓-維克多•馬利•莫羅的軍隊在阿爾卑斯山和多瑙河之間巡邏，猶如守衛着奧地利君主制。此時，理應統率軍隊的卡爾大公卡爾·路德維希·約翰·洛倫茨因在王室失寵而被免職，約翰大公約翰·巴蒂斯特·約瑟夫魯莽地攻擊了讓-維克多•馬利•莫羅。不久之後，在霍亨林登的伊瑟爾和因河之間的地區，讓-維克多•馬利•莫羅赢得了偉大的勝利。至此，法軍獲得了完整的、決定性的成功。事實證明，這最後的災難極具壓倒性意義，奧地利帝國及其附屬國被迫服從于拿破侖制定的條款。
霍亨林登戰役中的讓-維克多·馬利·莫羅（本圖為修複圖，禁止轉載）
1801年2月，法蘭西第一共和國與神聖羅馬帝國簽訂了《呂内維爾條約》。它是對《坎波福爾米奧條約》的認可和擴充，并且更傾向于法蘭西第一共和國的利益。法蘭西第一共和國再次實施了“自然邊界”原則，得到了比利時和萊茵河西岸的疆土。除了羅馬和那不勒斯外，法蘭西第一共和國再次在意大利建立了年輕的、忠誠的法屬共和國。盡管奧地利對革命和失敗深感不滿與愧疚，但仍承認了這些法屬共和國是合法的。此外，奧地利王子托斯卡納大公斐迪南·約瑟夫·約翰·巴蒂斯特被剝奪了公國領地，這些領地被封賞給了西班牙的一名嬰兒。西班牙如今是一個完全依附于法蘭西第一共和國的大國了。第一執政制定了所謂的偉大的神聖羅馬帝國主教還俗制度，以滿足普魯士的貪婪并使之更緊密地與法蘭西第一共和國結盟，進而有效地分化了神聖羅馬帝國。然而，由于深知拿破侖迫切地需要教皇的支援，神聖羅馬帝國召回了教皇庇護七世。在俄國的調解下，那不勒斯得以保留。被廢黜的撒丁國王也重拾希望。
法國與神聖羅馬帝國簽訂《呂内維爾條約》（本圖為修複圖，禁止轉載）
《呂内維爾條約》不僅将法蘭西第一共和國的邊界擴張到了垂涎已久的萊茵河，而且令它掌握了歐洲大陸大半地區的控制權。在這項條約的談判過程中，拿破侖再次展現了1796年所展現出的雄才大略，同時表現出了對革命原則的蔑視。拿破侖采用了更獨裁的方式，即使在其權力尚不确定時，也幾乎沒有一點緩和的餘地。歐洲舊勢力的代表們逐漸察覺到了這位統治法蘭西第一共和國軍事天才的野心和手段，甚至比法蘭西第一共和國所宣傳的自由更危險。英國現在再次被孤立，與曾經兩次擊敗反法同盟的法蘭西第一共和國單打獨鬥。在現實面前，英國曾不止一次地想要放棄抵抗。正如法軍在陸地上的優勢一樣，英軍在海上的優勢已經非常明顯。英軍在大洋上橫掃法軍艦隊，征服了大部分的法屬和荷屬殖民地。但就目前的狀況而言，英法兩個交戰國一時間尚且找不到合适的場合一決勝負。小威廉·皮特先生已經退位，而英國人厭倦了戰争，即使是兩院的大多數保守黨也認為有必要停戰休整。後來發生的一些事件加速了事态的發展。一支英國軍隊登陸埃及，一雪前恥。久經沙場的法軍經過一番英勇的戰鬥後被迫投降。但埃及最終還是被法軍占領了。同時，第一執政集結了一支強大的力量，由北方的海上強國上司，以抵抗英國。雖然這個聯盟很快就被解散了，但由于霍雷肖·納爾遜沒能将一支法軍小艦隊從布倫海岸驅逐出去，是以這個聯盟對英國的威脅絲毫未減。經過長時間的交涉後，1802年3月，英法在亞眠簽署了和平條約。法蘭西第一共和國保留了它在歐洲大陸掠奪的所有領地，還恢複了一些殖民地。英國則保留了錫蘭和特立尼達島。雖然政治家們覺得這隻是一個休戰協定，但兩國卻很高興，因為他們的劍終于入鞘了，戰争終于結束了。條約中有一項條款經過反複讨論才得以定論，并且不久就顯示出了重要性。馬耳他被法軍艦隊奪走了，而條約規定大堡壘要歸還原有者。然而，所有國家都心如明鏡，法蘭西第一共和國并不希望在歐洲繼續擴張。