太平天国运动是中国封建王朝历史上最后一次大规模的农民起义，这次农民起义可以说是涵盖了古代农民起义元素的集大成者。中国古代历史上中国的农民起义要么借助于宗教、要么借助于天灾，要么借助于外来侵略。而洪秀全从传教开始就致力于用宗教对满清贵族进行妖魔化。清朝皇室和满清贵族一直是洪秀全致力于打击的首要对象，尤其是清朝开国贡献最大的八旗军队。
在南方为主战场的形势下，清朝在南京留守包括从北方调来的八旗军和绿营军被歼灭大部且损失惨重。满族将帅纷纷上阵，都遭受失败或者被击毙，或者被罢黩。比较有名的有赛尚阿、达洪阿、巴清德、祥厚、和春、乌兰泰、德兴阿等人，捻军联络的太平天国军队甚至把僧格林沁挑于马下。
因为国防的崩溃并且常备军队无力承担对内镇压的任务，同治等皇帝不情愿地任用汉族地主武装：湘军、淮军。中兴四大名臣胡林翼、左宗棠、曾国藩、李鸿章这些地方实力派趁势崛起。
这些地方实力派人物首先在地方夺取军事和行政权力，控制总督、巡抚等要职，逐渐排挤满族一派的权贵。不过这一过程并不顺利，且伴随着与太平天国拉锯战的局面中。其中出现过曾国藩跳水和左宗棠要被逮捕入京的局面，不过最终化险为夷。在获取地方权力并形成庞大复杂的利益网之后，逐步向中枢权力进行渗透和扩张。
据统计1865年-1866年清朝23个督抚的职位中就有湘军和淮军集团的17个人。其次太平天国起义打破了清朝军为国有的兵制局面，形成了兵为将有的格局，这一格局一直持续到民国，并形成了军阀等恶劣后果。
从控制军队入手，进而借助着洋务运动的机会，掌握和兴建军工业并获取海军装备和财政。这一局面尤其是李鸿章的淮军占据最多。经济上湘军和淮军进行大肆侵吞太平天国库藏，滥收税金、掠夺土地，形成军队统帅私自占有的恶习。比如李鸿章在老家庐江合肥就有50万亩土地，并且其弟弟连战国时代的青铜器都能收藏。
李鸿章开办了轮船招商局、开平矿务局、上海机器织布局、电报总局等企业，形成了最初的官僚资本。湘军和淮军两大集团本来就同根同脉，在同治年间就形成了可以与中央隐然抗衡的实力，并能影响和牵制中央的决策，从而改变清朝后期的政治格局。
虚幻的同治中兴局面使得清朝开国造就的满汉官僚权力分配格局被打破。康熙在削平三藩形成的内重外轻的中央集权被太平天国起义严重的冲击。外国列强为了渗透和扩大在华利益，自然也相中了地方实力派作为代理人。
督抚专政的政治隐患就此埋下，在慈禧时代尚能够控御形成统一局面，但是到了宣统时代摄政王载沣掌控的已经不是传统士大夫那套君叫臣死价值观的袁世凯了。满族亲贵无论是武力和政治智慧已经无法驾驭地方实力派。最终地方实力派与革命派妥协联手将满清推翻。
最终洪秀全、四大名臣、皇族在面对三千年未有之大变局的局面，纷纷登场最后只是成为滚滚时代大潮下的棋子。虚幻的同治中兴既没有挽救皇族 ，也没有挽救国运。这一历史任务直到60年一甲子的轮回才 被打破。