1856年，历经6年，太平天国横扫18个省，中国大部分地区都被太平天国的旗帜所覆盖，此时太平天国，可以说是达到了巅峰时期。但又是坚固的堡垒，总会从内部坍塌，那年六月，太平天顿时发生了内乱，历史上被称为"天津事件"。天王红秀都指示北王魏昌辉趁夜率军进攻东望府，在东望府制造了多起大规模屠杀。董望阳秀清在未能阻止时被杀。不仅如此，杨秀清的家人和东望府的3万多名亲信几乎全部被杀。
太平天国名义上的"二把手"杨秀清被封为"九千岁"。当太平王国席卷全球时，洪秀全是精神领袖，主要负责宗教事务。而真正的军事和政治权力，都在杨秀清身上。关于杨秀清的死，根据《中国近代史》等权威说法，随着杨秀清的权力越来越大，而洪秀泉制造了一场权力斗争，杨秀清甚至逼迫洪秀封印自己为"万岁"，最终可导致杀戮的祸害。因此，杨秀清的死，归根结底是一场政治斗争。
关于杨秀清与洪秀全的矛盾，史书中有很多记载，如《清史全传》洪秀：
秀全义在家深处，军队都是由秀清决定的，第一白宫的文字，犯罪的奖赏全靠它，出王......秀清自以为是，与北京同心协力，阴谋自立，威胁秀彤家各处，让其下一个电话万岁。
《清史草稿》意味着洪秀不深，杨秀清负责一切军政事务，日报和处罚均由杨秀清主导。但杨秀清认为自己功劳很大，暗中寻求取代洪秀泉，私下里称自己为"万岁"。
同样，在《金陵》和《金陵难史》等史料中，也记载了杨秀清逼着洪秀封印为"万岁"的东西，可以看出杨秀清确实违反了洪秀全的大忌讳，洪秀泉秘密命令魏长晖除去杨秀清。但杨秀清的死，也曾有过不少困惑：
一是杨秀清掌握着太平天国的军事政治权力，还能"讲天父传闻"，即杨秀清可以以"天父"的名义下达命令，连洪秀全也反对。如果杨秀清想反击，或者想叫"万岁"，为什么这么麻烦，直接让"天父"来讲道，甚至让"天父"生命来代替洪秀泉，似乎更简单。
二是魏长辉屠杀东王府，史册记载"东党筋疲力尽，前后近3万人"，也就是说，杨秀清长期控制着军事和政治政权，东望府有大约3万名精英军人。洪秀泉想在东望府杀杨秀清，成功率很低，风险也很大。如果洪秀泉想除掉杨秀清，能完全学会摆脱汉鑫的方法，杨秀清请你再去王宫再做一遍，这难道不容易吗？为什么我们必须选择夺取东国王的职位？有可能有人担心杨秀清和洪秀全相遇，一旦相遇，消除"误会"，就没有机会杀了杨秀清。更滑稽的是，魏长辉杀了杨秀清，很快被洪秀全清除，是五匹马的尸体。
第三，杨秀清死不了多久，洪秀泉就是杨秀清，也是杨秀清之死的"升东祭"。可见，在《洪秀泉的心》中，不要恨杨秀清，最大的可能性就是杨秀清的死，又有一种隐藏的感觉，或者说，洪秀泉意识到杨秀清冤枉了。在洪秀全与英国特使尔金的接触中，洪秀全写了一封名为《给英国全权特使尔金》的亲笔信，至今仍存放在英国，其实是一首诗：
主人派东方之王来救赎疾病，蒙着眼睛沉默，被无休止的战争所困扰，战魔的脖子被打倒了。爷爷预先放下圣意，老师从痛苦中走出来，时期到朝代的观景被诬陷，爷爷的圣意行！
这首诗写得很受欢迎，洪秀泉向英国人民表达得非常清楚：杨秀清"陷害"。因为这首诗是洪秀全写的，其他历史书大多是清老编纂的，所以信的可信度更大。
因此，有学者认为，洪秀泉杀了杨秀清，确实是因为政治斗争，但这场斗争中的各种误区，是由魏长辉等人故意制造的。魏长辉来自一个富裕的家庭，颇具天赋，一直不相信"农夫"杨秀清的领导，杨秀清一再侮辱魏长晖，还逼迫魏长辉杀死自己的弟弟，魏长辉承担了屈辱的重担，杨凤银违规，一直在寻找机会除掉杨秀清。最后的阴谋成功了，制造了洪秀泉和杨秀清之间的"权力斗争"，甚至以杨秀清"再审"为理由，要求洪秀泉杀了杨秀清，最终达到了目的。所以，杨秀清的死，确实是冤枉的。
仅凭结果，太平天国就能在6年的时间里，以原来横扫半个中国的势头，杨秀清作为真正的军事统帅，足以证明杨秀清的能力。杨秀清惨死后，太平天国越走越糟，最终没有逃脱灭亡的命运。它的繁荣也在蓬勃发展，它的死亡也是突然的，太平王国的失败，有很多原因，但杨秀清的死，是其主要原因之一。