1856年，曆經6年，太平天國橫掃18個省，中國大部分地區都被太平天國的旗幟所覆寫，此時太平天國，可以說是達到了巅峰時期。但又是堅固的堡壘，總會從内部坍塌，那年六月，太平天頓時發生了内亂，曆史上被稱為"天津事件"。天王紅秀都訓示北王魏昌輝趁夜率軍進攻東望府，在東望府制造了多起大規模屠殺。董望陽秀清在未能阻止時被殺。不僅如此，楊秀清的家人和東望府的3萬多名親信幾乎全部被殺。
太平天國名義上的"二把手"楊秀清被封為"九千歲"。當太平王國席卷全球時，洪秀全是精神領袖，主要負責宗教事務。而真正的軍事和公權力，都在楊秀清身上。關于楊秀清的死，根據《中國近代史》等權威說法，随着楊秀清的權力越來越大，而洪秀泉制造了一場權力鬥争，楊秀清甚至逼迫洪秀封印自己為"萬歲"，最終可導緻殺戮的禍害。是以，楊秀清的死，歸根結底是一場政治鬥争。
關于楊秀清與洪秀全的沖突，史書中有很多記載，如《清史全傳》洪秀：
秀全義在家深處，軍隊都是由秀清決定的，第一白宮的文字，犯罪的獎賞全靠它，出王......秀清自以為是，與北京同心協力，陰謀自立，威脅秀彤家各處，讓其下一個電話萬歲。
《清史草稿》意味着洪秀不深，楊秀清負責一切軍政事務，日報和處罰均由楊秀清主導。但楊秀清認為自己功勞很大，暗中尋求取代洪秀泉，私下裡稱自己為"萬歲"。
同樣，在《金陵》和《金陵難史》等史料中，也記載了楊秀清逼着洪秀封印為"萬歲"的東西，可以看出楊秀清确實違反了洪秀全的大忌諱，洪秀泉秘密指令魏長晖除去楊秀清。但楊秀清的死，也曾有過不少困惑：
一是楊秀清掌握着太平天國的軍事公權力，還能"講天父傳聞"，即楊秀清可以以"天父"的名義下達指令，連洪秀全也反對。如果楊秀清想反擊，或者想叫"萬歲"，為什麼這麼麻煩，直接讓"天父"來講道，甚至讓"天父"生命來代替洪秀泉，似乎更簡單。
二是魏長輝屠殺東王府，史冊記載"東黨筋疲力盡，前後近3萬人"，也就是說，楊秀清長期控制着軍事和政治政權，東望府有大約3萬名精英軍人。洪秀泉想在東望府殺楊秀清，成功率很低，風險也很大。如果洪秀泉想除掉楊秀清，能完全學會擺脫漢鑫的方法，楊秀清請你再去王宮再做一遍，這難道不容易嗎？為什麼我們必須選擇奪取東國王的職位？有可能有人擔心楊秀清和洪秀全相遇，一旦相遇，消除"誤會"，就沒有機會殺了楊秀清。更滑稽的是，魏長輝殺了楊秀清，很快被洪秀全清除，是五匹馬的屍體。
第三，楊秀清死不了多久，洪秀泉就是楊秀清，也是楊秀清之死的"升東祭"。可見，在《洪秀泉的心》中，不要恨楊秀清，最大的可能性就是楊秀清的死，又有一種隐藏的感覺，或者說，洪秀泉意識到楊秀清冤枉了。在洪秀全與英國特使爾金的接觸中，洪秀全寫了一封名為《給英國全權特使爾金》的親筆信，至今仍存放在英國，其實是一首詩：
主人派東方之王來救贖疾病，蒙着眼睛沉默，被無休止的戰争所困擾，戰魔的脖子被打倒了。爺爺預先放下聖意，老師從痛苦中走出來，時期到朝代的觀景被誣陷，爺爺的聖意行！
這首詩寫得很受歡迎，洪秀泉向英國人民表達得非常清楚：楊秀清"陷害"。因為這首詩是洪秀全寫的，其他曆史書大多是清老編纂的，是以信的可信度更大。
是以，有學者認為，洪秀泉殺了楊秀清，确實是因為政治鬥争，但這場鬥争中的各種誤區，是由魏長輝等人故意制造的。魏長輝來自一個富裕的家庭，頗具天賦，一直不相信"農夫"楊秀清的上司，楊秀清一再侮辱魏長晖，還逼迫魏長輝殺死自己的弟弟，魏長輝承擔了屈辱的重擔，楊鳳銀違規，一直在尋找機會除掉楊秀清。最後的陰謀成功了，制造了洪秀泉和楊秀清之間的"權力鬥争"，甚至以楊秀清"再審"為理由，要求洪秀泉殺了楊秀清，最終達到了目的。是以，楊秀清的死，确實是冤枉的。
僅憑結果，太平天國就能在6年的時間裡，以原來橫掃半個中國的勢頭，楊秀清作為真正的軍事統帥，足以證明楊秀清的能力。楊秀清慘死後，太平天國越走越糟，最終沒有逃脫滅亡的命運。它的繁榮也在蓬勃發展，它的死亡也是突然的，太平王國的失敗，有很多原因，但楊秀清的死，是其主要原因之一。