回答这个问题，必须要解释清政府组建新军（包括北洋新军）的背景，离开北洋军成立的背景去谈这个问题，都无法剖析其真正原因。
清政府并非一个新成立的政权，它已经存在了两个多世纪，原来有自己一套自己的军队系统。那它为什么要放着自己原有的军队不用，非要另起炉灶，再搞一支新军——北洋军呢？
表面上看，是因为大清自从鸦片战争后，国门被列强的舰船利炮洞开，一次次挨打，割地赔款。昔日的辉煌成为过眼云烟，昔日的威严荡然无存。清廷统治者意识到中国跟西方存在的差距，明白挨打的原因是因为军队落后，所以才不惜代价，重金组建一支现代化的部队，向西方学习，希望能扭转被动挨打的局面。
这是清廷组建北洋军的初衷。
但在满清的精英，尤其是汉族精英们看来，满清政府的亡羊补牢已经为时太晚。
如果说中英鸦片战争、第二次鸦片战争和中国跟俄国的一系列冲突，中国政府割地赔款是因为国力落后于西方国家，被洋人痛打还有情可原的话；而中国在朝鲜的失败，在甲午战争中被邻国日本狠揍，就无法用中西对抗，我们赢不了人家这个理由来解释了。
说真的，世界上哪个民族都有崇拜强者的心理，汉民族也不例外。
满清作为少数民族，当年能够统治一个人口比自己多几十倍几百倍的中原地区，最主要的原因是战力强大。
大家什么都不服，就服拳头。
在中原人看来，清朝军队就是勇猛，就是彪悍，就是不可战胜，我们不听他的听谁的。
但不可一世的清廷军队，不但被太平军打得落花流水，被英法和俄国打得满地找牙，还被东方小国日本打得找不着北。
甲午战争后，清廷在汉人心里的高大形象一下子垮塌了，满清的政权合法性也出现了问题。
以前，汉人都会觉得，被清廷统治是天经地义的，毋庸置疑的。因为人家威猛、强大，就该是中国的合法代表。
可是，现在你不但被洋人欺负，也被日本人挤兑，你的伟大呢 ，你的正确呢？你还有资格当中国的老大吗？
老百姓提出这个质疑倒不是那么可怕，就怕清廷的鹰犬和走狗，也觉得清廷没有了当老大的资格，统治者不再神圣，不再英明，不再可怕，他们甚至为有这样的老大感到羞耻。一旦这样，清廷的军队、清廷的将领还会对清朝政府死心塌地吗？
论威望、论韬略、论人品，袁世凯不过是个二流角色，到曾国藩、左宗棠和李鸿章跟前一比差远了，但为什么为满清掘墓的不是他们三位而是袁世凯？
哪个时期都有权力斗争，都有派系斗争，都有控制和反控制的斗争，为什么北洋军几乎成为袁世凯私兵，跟清廷的关系演变为敌我矛盾，不可调和，原因就是清廷的执政合法性出现危机，清廷的汉臣们对主子出现了信任危机。
打个比方，就是一帮小弟跟着一个老大，老大出手狠大家都怕他，别人也怕他，所以大家心悦诚服跟他干。可是后来渐渐发现别人不再怕他，反而他常被别人打得磕头求饶，你还会赞成他当老大吗？你一定会说，瞧他这份德性，有什么资格当老大，我当老大肯定比他好。
尤其庚子国难中，清廷的鹰犬们亲眼看到自己的主子在列强到来后，惊恐万状、哭爹喊娘、狼狈逃窜的熊样，谁还对他有丝毫敬畏之心？
最要命的是，清朝统治者希望新建的军队注入新鲜血液，任用留日归来的学生，让他们担负起军队重任，担任管带和标统，企图削弱袁世凯的影响。
但北洋军中的骨干，在日本不但学到了先进的军事知识，还学到了先进思想。
那些曾经留日的学生，很多都接受了孙中山同盟会的民主思想，脑袋里的忠君思想被连根拔起，一个个都变成了无君无父的“乱臣贼子”。
这时候的北洋军不好控制，原因就不是一个人的问题了，是军人的立场动摇了，思想乱了。
这样一来，就是把清朝统治者累死，把袁世凯宰了，也无法控制北洋军队。
当满清统治者感觉这支军队被袁世凯操控的时候，他们的去袁化动作不可谓不大，一出手就解除了北洋军中袁世凯的臂膀、第六镇统制赵国贤的职务，继任第六镇统制的段祺瑞又因为受到举报被明升暗降，调任苏北提督。
连换两位统制后，清廷让忠心耿耿的吴禄贞担负军中重任，但军中各级军官均对吴的到来非常排斥，直到最后把吴禄贞刺杀。
其余各镇的统制王士珍、冯国璋虽然不停向清廷表忠心，但也是吃里爬外，身在曹营心在汉。
因此清政府呕心沥血打造的北洋新军，把自己送进了坟墓。不是清朝统治者的手腕不行，而是时代变了，军人的思想变了，脑子里不再有君王就是爹的观念；时代潮流浩浩荡荡， 不能顺应，注定被扫进历史的垃圾堆。