对明朝历史有一定了解的人们大多都认为明朝的两京制，是朱棣所创立的，但其实并不是这样的，最早提出两京制的人，是朱棣的老子朱元璋。
朱元璋先建立的北京，位于河南开封
元朝末年，朱元璋以应天（江苏南京）为基地，崛起于江南。在1368年其建立明朝后，在建都问题上，并未一开始就考虑在南京建都。出于对宋朝曾经辉煌的向往，他曾亲自去汴梁（开封），也就是北宋的故都东京看过，打算在那里建都。
等到明朝的北伐军，攻破元大都之后，他决定以应天为南京，开封为北京，采取两京制，南北兼顾，每年春秋巡行于两京之间，巩固统一的局面。但是由于此时的明朝北方地区经过长期的战乱，破坏十分严重，无法承受迁都之后的消耗，为此，朱元璋最终未能做出迁都北方的决定，在宣布开封为北京之后不到一年，又取消了这个决定。
开封不行，再度考虑六朝古都西安为北京
但朱元璋至始至终都没有放弃迁都北方的打算，为此，他还特意安排太子朱标，巡抚陕西监督西安城墙的修建。希望迁都西安，扩大及巩固明朝对北方的统治，减轻退居漠北沙漠的蒙元残余势力的威胁。同时，为了防御蒙元残余势力的威胁，朱元璋在长城一线设立漠南诸卫，并将诸王就藩塞北，成为明朝北方之屏障。
元大都是蒙元故都，不考虑
期间也有大臣建议朱元璋迁都北京，认为北京有元朝的宫殿，可以节省建设成本，但老朱认为北京是灭亡后的元朝故都，从情感上不愿接受这个蹂躏汉人的前朝旧都，所以不予考虑。
靖难之役，朱棣龙兴之地终成北京
等到朱棣后来发动靖难之役夺得了自己亲侄儿的天下之后，考虑到北京是他的封地，在他看来北京是龙兴之地。所以决定迁都北京。并于永乐四年（1406年）正式宣布将要迁都北京。第二年开始，正式开始北京城的修建，从全国调集了数十万工匠、役夫来到北京开展建都工程。
北京的工程主要分为内城、皇城和紫禁城三个部分。内城大体上与元大都的南部一致，只是南垣稍微向外扩展了一部分。
皇城的位置基本上就在元大都宫城的位置，宫殿的规制模仿南京，但更加壮丽恢弘。
由于元朝宫殿在洪武年间已被朱元璋下令拆除，因此紫禁城实际上是新建的，这项恢弘的工程前后共历时十三年，直到永乐十八年（1420年）才完工。所耗费的资源与人力无法计算。
虽然朱棣确立了北京都城的地位，但还得保证这座都城，能够拥有足够的资源生存和发展下去。为此，朱棣在修建北京城的同时，也加紧了对京杭大运河的疏通修缮，以保证南粮北运，供给国都的消耗。经过宋礼、陈瑄等人的督造，沟通南北的大运河最终能够由江浙直航北京，年输送量达到三百余万石。
在这一系列条件准备成熟之后，永乐十九年（1621年）正月，朱棣正式迁都北京，并改北京为京师。
结语
朱棣迁都京师后，以南京作为留都，并称南北两直隶。南京诸司的设置继续存在，称为留守。原诸司印信全部移至京师。京师从此成为明朝的首都，全国的政治、经济、军事和文化中心。
朱棣迁都北京，对进一步巩固明朝北部边疆，具有积极意义。
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