對明朝曆史有一定了解的人們大多都認為明朝的兩京制，是朱棣所創立的，但其實并不是這樣的，最早提出兩京制的人，是朱棣的老子朱元璋。
朱元璋先建立的北京，位于河南開封
元朝末年，朱元璋以應天（江蘇南京）為基地，崛起于江南。在1368年其建立明朝後，在建都問題上，并未一開始就考慮在南京建都。出于對宋朝曾經輝煌的向往，他曾親自去汴梁（開封），也就是北宋的故都東京看過，打算在那裡建都。
等到明朝的北伐軍，攻破元大都之後，他決定以應天為南京，開封為北京，采取兩京制，南北兼顧，每年春秋巡行于兩京之間，鞏固統一的局面。但是由于此時的明朝北方地區經過長期的戰亂，破壞十分嚴重，無法承受遷都之後的消耗，為此，朱元璋最終未能做出遷都北方的決定，在宣布開封為北京之後不到一年，又取消了這個決定。
開封不行，再度考慮六朝古都西安為北京
但朱元璋至始至終都沒有放棄遷都北方的打算，為此，他還特意安排太子朱标，巡撫陝西監督西安城牆的修建。希望遷都西安，擴大及鞏固明朝對北方的統治，減輕退居漠北沙漠的蒙元殘餘勢力的威脅。同時，為了防禦蒙元殘餘勢力的威脅，朱元璋在長城一線設立漠南諸衛，并将諸王就藩塞北，成為明朝北方之屏障。
元大都是蒙元故都，不考慮
期間也有大臣建議朱元璋遷都北京，認為北京有元朝的宮殿，可以節省建設成本，但老朱認為北京是滅亡後的元朝故都，從情感上不願接受這個蹂躏漢人的前朝舊都，是以不予考慮。
靖難之役，朱棣龍興之地終成北京
等到朱棣後來發動靖難之役奪得了自己親侄兒的天下之後，考慮到北京是他的封地，在他看來北京是龍興之地。是以決定遷都北京。并于永樂四年（1406年）正式宣布将要遷都北京。第二年開始，正式開始北京城的修建，從全國調集了數十萬工匠、役夫來到北京開展建都工程。
北京的工程主要分為内城、皇城和紫禁城三個部分。内城大體上與元大都的南部一緻，隻是南垣稍微向外擴充了一部分。
皇城的位置基本上就在元大都宮城的位置，宮殿的規制模仿南京，但更加壯麗恢弘。
由于元朝宮殿在洪武年間已被朱元璋下令拆除，是以紫禁城實際上是建立的，這項恢弘的工程前後共曆時十三年，直到永樂十八年（1420年）才完工。所耗費的資源與人力無法計算。
雖然朱棣确立了北京都城的地位，但還得保證這座都城，能夠擁有足夠的資源生存和發展下去。為此，朱棣在修建北京城的同時，也加緊了對京杭大運河的疏通修繕，以保證南糧北運，供給國都的消耗。經過宋禮、陳瑄等人的督造，溝通南北的大運河最終能夠由江浙直航北京，年輸送量達到三百餘萬石。
在這一系列條件準備成熟之後，永樂十九年（1621年）正月，朱棣正式遷都北京，并改北京為京師。
結語
朱棣遷都京師後，以南京作為留都，并稱南北兩直隸。南京諸司的設定繼續存在，稱為留守。原諸司印信全部移至京師。京師從此成為明朝的首都，全國的政治、經濟、軍事和文化中心。
朱棣遷都北京，對進一步鞏固明朝北部邊疆，具有積極意義。
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