1940年8月，日本华北特高课和北平宪兵队牵头，利用已经掌握的线索开始大逮捕，活跃在城里的青年除奸团受到了破坏。行动组的冯运修首当其冲。当时有叛徒领着特务半夜来敲门，他很机警，听到敲门没开，先把东西卷好藏起来。
后来日军强行闯进来，冯运修的父亲被抓住，特务让冯大爷走在前面为自己挡枪子儿，冯运修本想一枪打死后面的特务，没想到混乱中打中了你父亲腮帮子。看到冯运修手里有枪，所有的特务一起开枪射击，他寡不敌众当场身中数弹牺牲了。特务随后进行了全面搜查，最终打出了除奸团名单，身为行动组的叶于良也被特务抓住，很快被送去了宪兵队。
被抓之后，叶于良先在军法处看守所被关了一个多月，由于没抓到证据，日伪审判的罪名是“军律违反”，但没当场判决。随后有汉奸来到监狱大讲“中日亲善”，说你们这些乳臭未干的学生不明事理上当了，还说日军是来带领中国走向共荣的。
又过了半个月左右，日伪对外宣称本来要枪毙的，但日军有仁慈之心后改判为终身监禁。对于日本人的鬼话，叶于良根本无动于衷，他坚信这个牢肯定坐不了一辈子，日本人早晚都要完蛋的。
当时的监狱有两个，东边一个全由日本人负责，里面主动关押国共两党的战俘。西边一个主要关中国的政治犯，中国人看管，日本人监督，叶于良被关押在西边那个。刚进去的时候，里面伙食还可以吃饱，但后来逐渐从窝头变成豆渣、麦麸子和土豆，数量也越来越少。
1942年，有一个日本翻译官曾找叶于良谈话，他是中国通，知道中国有句“忠孝不能两全”的古话，上来说父母养育这么大不容易，为抗日成了不孝子，还不如承认日军的侵略是民心所向。叶于良跟他辩论，坚持说爱国没错，更不后悔抗日。当时看管监狱的人还替叶于良捏汗，说：“你当着他还这么讲，是不要命了吗！”那时叶于良根本就不怕，心想要枪毙就枪毙吧，反正爱国没有错。结果倒也没拿他怎么样。
大概过了一两年，这个翻译官又来了一次，见到叶于良还很兴奋地和他握手，说他气色比上回好一些。叶于良无动于衷，什么也没说。
1945年，抗日战争胜利，在天皇宣布投降之前，叶于良在8月10日就听到风声说日本要战败了。真到15日那天，监狱可以说整个炸锅了，连看守所长也大声欢呼，叶于良听见了，大骂他“你个汉奸跟着高兴啥，小心大家都揍你”。
一句话惊的他锁起大门跑了。叶于良想往外冲，但日军还架着机关枪在外面看守，一想打仗都胜利了，这时候硬拼送命不值得，所以再忍忍，最后到9月3日才正式放出去，叶于良重获自由了。