《幽靈公主》對于宮崎駿自己可以說是最重要的作品，該作探讨了他思索半生但找不到解法的沖突，人與自然的沖突、人與人的不和。工業化文明勢不可擋地瓦解傳統文明中的信仰與平衡，崇敬自然的阿依努族偏居一隅，古老的神明消亡，被毀的森林即便重建也是馴服，可為人所擺布。
該作品也相對明顯地展現宮崎駿的悲觀與憂傷，不像其他一些作品為了孩子而常常流露溫情。阿西達卡的族人以“需要有年輕人出去闖蕩”等理由竭力驅逐他，見識了黃金的人企圖謀财害命，疙瘩和尚奪取不屬于自己的東西總是一副理由應當的态度，桑滿懷仇恨與偏激成長為狂熱的戰士，與野豬作戰的人類拿同胞當誘餌……但也不是全然的絕望，悲觀中還夾雜着凄慘的希望。
《幽靈公主》其實不太适合長篇大論的解說跟華麗辭藻的堆砌。反而需要自己靜靜地去體會、去反思。影片的驚豔始于畫面與配樂，終于被震撼的内心。宮崎駿雖然沒有給出人與自然如何和諧共處的具體答案，卻也留下了希望。
一如曾被詛咒的阿席達卡因直面命運的勇敢與内心的良善而終獲救贖一樣，“劫後餘生”的人類也需要正視自身“發展無度必遭自然反噬”的詛咒。在經曆自然的洗禮之後，智慧且保有良善的人類終會在未來的某一節點找到與之和諧共處的平衡點。從這一角度看結局，或許更能讓人釋然。
《幽靈公主》的結尾和前面反差如此之大，宮崎駿應該是對人類的未來感到絕望的，如果從宮崎駿之後的所有片子來看的話，他在叙述了一個自然抛棄人類的過程。千與千尋中，人與神已經分道揚镳了，神有神的居所，人有人的社會。哈兒的移動城堡裡，神僅僅作為魔法的力量存在，懸崖上的金魚姬裡，神已經到了“落魄”的地步，起風了已經看不到神了。
我不知道吉蔔力裡是不是要開空調的，但是當我們自己必須依賴空排程過夏天的時候，不就證明了我們已經無法生存下去了嗎，我們對宇宙的探索無非就是無數次的告訴自己我們根本就出不去，出去了也到不了，而我們賴以生存的世界已經被我們榨幹了。
但是依然有人覺得我們所做的破壞都是微不足道的，我們不過是讓地球的一小部分變成了繁華的城市，不過是讓那些無法适應新環境的生物一個個的消失而已嗎，人類活不下去又怎麼可能是人類自己造成的呢，也許吧。地球50億年的曆史中肯定不止一代擁有智慧的文明，現在我們知道他們是如何消失的了。