重磅産品
New Arrival
由中國農業科學院作物科學研究所賈繼增研究員團隊與成都天成未來科技有限公司合作開發的小麥120K晶片(120K-4HWA)現已完成大規模測試并公開使用！
660K/55K晶片自釋出以來，受到小麥基因組、分子育種研究者的普遍歡迎，已廣泛用于基因作圖與克隆、種質資源多樣性、分子育種、品種檢測、遺傳作圖及多倍體優勢等多項研究，取得可觀的研究結果，發表論文100餘篇，積累了豐富的、寶貴的遺傳資訊。
小麥120K-4HWA 育種晶片是基于55K/660K晶片位點及超過5000份國内外自然群體資料設計，其中大于50%的位點位于基因及調控區域，覆寫了54188個小麥HC基因及調控區域，占小麥全部基因的50.68%。晶片在基因組均勻覆寫及功能基因密度分布上做到平衡。
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晶片設計特點
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01
高附加值
該晶片基于660K、55K 小麥SNP晶片與5000份國内外多樣性豐富的小麥重測序資訊設計。利用該晶片不僅可獲得和利用此前用660K/55K發表的數百篇文章的資訊，還可獲得5000份材料的遺傳多樣性資訊。
02
高資訊量
基于多個基因組設計，适用于各類現代品種、地方品種。利用該晶片可擷取已知的基因組資訊、已知功能基因資訊、多樣性資訊、遺傳圖譜資訊、單倍型資訊等重要的遺傳資訊。
03
高效率
（1）檢測多态性高：自然群體中實際檢測到的SNP/InDel位點超過300K；
（2）覆寫全基因組，密度高，基因組分布均勻，沒有明顯的GAP；
（3）一次檢測可做多項分析；
（4）檢測重複性好，效率高；
（5）用途廣：與Axiom Wheat 55K 相容，可合并前期資料使用。可用于功能基因組的新基因發掘、分子育種的基因前景（目标基因）與背景基因檢測、基因資源多樣性、雜種優勢與多倍體優勢的高效檢測。
04
高成本效益
這款晶片是國際上同類晶片售價最低也是成本效益最高的SNP晶片之一。不受樣本數量限制，随到随檢，樣本合格即可檢測。
注：可提供不同基因組(例如AK58、KN9204、Feilder等)分析結果，作圖定位更準确。
增加現代品種基因組資訊
随着越來越多的小麥參考基因組釋出，我們可以看到小麥現代品種與中國春參考基因組上的差異，使用近代品種參考基因組進行定位分析往往能夠獲得更好的效果，然而采用中國春單一參考基因組設計的晶片不能很好的覆寫近代品種參考基因組，尤其是在含有1B1R移位系的現代品種材料。
圖1 基于中國春參考基因組設計探針
使用中國春參考基因組進行的探針設計，能夠均勻覆寫基因組98.6%的500Kb視窗。圖中的灰色為覆寫區域大部分為基因組的GAP區域。
圖2 僅使用中國春模闆的晶片在現代小麥品種基因組上的覆寫
當我們将使用中國春參考基因組設計的探針與含有1B1R移位系的參考基因組進行比對時發現，中國春模闆探針在矮抗58與科農9204的1BS染色體上有不少缺失。
為了更好的滿足泛基因組時代的分子育種與遺傳研究工作，增加現代品種基因組資訊設計，使用已公開的六倍體小麥參考基因組進行位點補充，盡可能填補不同現代品種與中國春參考基因組之間的Gap區域。
圖3 120K-4HWA探針在Fielder基因組上的分布
增加使用現代品種基因組進行探針設計後，測試探針在不同的基因組上的表現，均能夠有非常理想覆寫結果。例如圖3中，120K-4HWA探針能夠覆寫Fielder基因組98.6%的500Kb視窗。
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晶片表現
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圖4 樣本技術重複性大于98%
圖5 标記在染色體上的分布
應用案列一
使用120K-4HWA晶片對420份國内育種材料進行檢測總計獲得了超過600K多态性位點，通過GWAS标準（Missing<0.1,MAF>0.05,雜合率<0.05,MQ>30）資料過濾後總計保留了超過500K多态性位點，包括120K設計位點及400K設計位點兩側的多态性位點。使用過濾後的群體位點進行GWAS分析，獲得了多個與農藝性狀顯著性關聯的位點。（圖6）
圖6 420份小麥自然群體GWAS分析
應用案列二
近年來，種質資源精準鑒定是很多作物資源調查的重要工作之一。使用泛基因組探針結合現代品種基因組資訊能夠獲得更多近現代小麥品種的遺傳資訊。這裡我們使用120K-4HWA對2000份小麥資源材料進行了檢測，建構了一個包含超過600K位點的資源材料基因型資料庫。（圖7）
圖7 2000份小麥種質資源精準鑒定（120K-4HWA）
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