根結線蟲主要危害蔬菜的根部，地上部症狀不明顯，常不能引起菜農的注意，等到地上部表現出明顯的症狀時，對其防治已基本沒有任何意義了，隻有毀苗重種，是以對根結線蟲的防治應主要以預防為主，施行以農業防治為主、藥劑防治為輔的防治方法，消滅蟲源，減輕危害。
1.輪作。一般輪作2～3年。對于輕病田可種植抗、耐病蔬菜品種(大蔥、大蒜、韭菜、辣椒等)，可減少土壤中根結線蟲的蟲口密度；對于重病田，與禾大學作物輪作效果好，尤其是水旱輪作，可有效減少土壤中根結線蟲量。
2.無病土育苗。選用沒有發生根結線蟲病的土壤育苗，有根結線蟲病的土壤應先消毒後育苗，確定幼苗不受侵染，可減輕成株期發病程度。
3.減少土壤中初侵染蟲量。收獲後徹底清除病根、殘根和田間雜草，翻曬土壤，可減少土壤中越冬蟲量。夏季高溫天氣，利用太陽能提高地溫，進行土壤消毒。大棚栽培棚膜下，每1000平方米鋪麥稭或稻草1500公斤，然後翻耕、灌水，再密閉大棚15～20天。對根結線蟲及枯萎病等土傳病害有較好的防治效果。蔬菜收獲後，條件允許時，可灌水淹地幾個月，可使根結線蟲失去侵染力。有多種速生蔬菜，如白菜、菠菜等，能被根結線蟲侵染危害，但由于生長時間短，根結線蟲對其危害性較小。利用這些速生蔬菜，在發病田地或溫室大棚中，于5～10月種植，栽種1～1.5個月即收獲，誘使土壤中大部分根結線蟲二齡幼蟲侵入被捕捉，減少下茬蔬菜種植時初侵染的蟲量，而減輕危害。
4.田間管理。重施腐熟的有機肥，增施磷、鉀肥，提高植株抗病力。基肥中增施石灰，葉面追施過磷酸鈣浸出液，也可明顯控制和減輕病害。
5.藥劑防治。可選用的防治藥劑有噻唑磷、阿維菌素等。
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