根结线虫主要危害蔬菜的根部，地上部症状不明显，常不能引起菜农的注意，等到地上部表现出明显的症状时，对其防治已基本没有任何意义了，只有毁苗重种，所以对根结线虫的防治应主要以预防为主，施行以农业防治为主、药剂防治为辅的防治方法，消灭虫源，减轻危害。
1.轮作。一般轮作2～3年。对于轻病田可种植抗、耐病蔬菜品种(大葱、大蒜、韭菜、辣椒等)，可减少土壤中根结线虫的虫口密度；对于重病田，与禾本科作物轮作效果好，尤其是水旱轮作，可有效减少土壤中根结线虫量。
2.无病土育苗。选用没有发生根结线虫病的土壤育苗，有根结线虫病的土壤应先消毒后育苗，确保幼苗不受侵染，可减轻成株期发病程度。
3.减少土壤中初侵染虫量。收获后彻底清除病根、残根和田间杂草，翻晒土壤，可减少土壤中越冬虫量。夏季高温天气，利用太阳能提高地温，进行土壤消毒。大棚栽培棚膜下，每1000平方米铺麦秸或稻草1500公斤，然后翻耕、灌水，再密闭大棚15～20天。对根结线虫及枯萎病等土传病害有较好的防治效果。蔬菜收获后，条件允许时，可灌水淹地几个月，可使根结线虫失去侵染力。有多种速生蔬菜，如白菜、菠菜等，能被根结线虫侵染危害，但由于生长时间短，根结线虫对其危害性较小。利用这些速生蔬菜，在发病田地或温室大棚中，于5～10月种植，栽种1～1.5个月即收获，诱使土壤中大部分根结线虫二龄幼虫侵入被捕捉，减少下茬蔬菜种植时初侵染的虫量，而减轻危害。
4.田间管理。重施腐熟的有机肥，增施磷、钾肥，提高植株抗病力。基肥中增施石灰，叶面追施过磷酸钙浸出液，也可明显控制和减轻病害。
5.药剂防治。可选用的防治药剂有噻唑磷、阿维菌素等。
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