乾隆二十三年十月，清定邊将軍烏雅·兆惠率領4000兵馬西進葉爾羌平滅大小和卓，但由于輕敵冒進，不幸中伏，被圍困于葉爾羌城外之河濱長達三月之久。乾隆皇帝聽說兆惠被圍，令駐疆清軍緊急救援，富德、舒赫德等人急忙率兵3800人前去破圍，與都統阿裡衮所領600人會合，于乾隆二十四年正月大敗大和卓叛軍于呼爾璊，大小和卓退軍回至喀什噶爾和葉爾羌城，曆時三月的黑水營之圍解，盡管清軍兩路會師後總兵力高達7000多人，但由于屢次戰役，相當疲乏，随即啟程去阿克蘇休整。
伊西洱庫爾淖爾戰圖
天威震怒：乾隆誓滅兩叛首
這次被圍，從清廷視角看，大小和卓忘恩負義，清軍被圍黑水營，對于雄心勃勃乾隆來說無異于奇恥大辱，實在是有損于天朝的聲望，遂定調大舉征讨大小和卓，不接受任何投降請求，必平滅斬戮霍集占、布拉尼都而後已。
《清高宗實錄·卷五百四十八》：國家有何不足？有何不得已？而朕竟忍心于死事之臣（指被小和卓騙殺的阿敏道），而不為之複仇也！昔樊哙請以十萬衆橫行匈奴，季布以為可斬，此在漢時則然，而非所論于我大清，堂堂天朝，乃甘以唾面自幹，為自全之善策，何為者哉！
《清高宗實錄》
在具體進剿方案上：一方面，乾隆指令改變以往輕敵冒進、急于求成的想法和進軍方針，要求前線将領謹慎從事，在軍事調動、糧饷方面做好充足的準備；另外一方面，鑒于駐疆清軍兵力不足的事實，必須向前線增調兵馬以及戰争用的馬駝，在乾隆親自督促下，清廷共調“兵二萬、馬三萬、駝一萬”往阿克蘇方向，又用布匹向維吾爾人交換了大量糧食，為進一步進攻做準備工作。
和阗解圍
和阗地區東西兩千餘裡、南北一千餘裡，共有六座回城，分别是：哈喇哈什、額裡齊、克勒底雅、玉隴哈什、塔克、齊爾拉。和阗地區離小和卓的大學營葉爾羌很近，可以作為進攻葉爾羌的前進基地，對于清廷來說是必争之地，但此時和阗地區的情況卻不容樂觀。
話說乾隆二十三年九月，參贊大臣舒赫德派侍衛齊淩劄蔔、噶布舒和伯克鄂對帶領索倫、察哈爾、維吾爾兵數十名往和阗招撫。和阗六城聞訊，将霍集占所派監督四五十人驅逐，迎接清軍入城駐守。由于和阗與葉爾羌距離較近，又聞知兆惠駐紮于黑水營，遂派人聯絡，但由于兆惠陷入包圍，未能成行。與此同時，發現克勒底雅城外有人衆陸續前來，不知是何處兵馬，鄂對遂派人向舒赫德求援。十一月十二日，舒赫德接到鄂對的求援信，由于兵力緊缺，隻能派出騎兵50名，綠營兵500名前往支援，并讓藍翎侍衛哲勒順前往和阗守禦，由于清軍兵力太少，50名騎兵、500綠營兵隻能分守哈喇哈什與額裡齊兩城。
《平定準噶爾方略》
而在清軍入城防守的同一時間，在葉爾羌城的霍集占派伯克鄂斯璊率600騎兵到達與清軍争奪和阗地區。見清軍兵力不足，鄂斯璊遂分隊至克勒底雅，利用内應“誘守城人飲醉”，裡應外合攻占克勒底雅，侍衛哲勒順被害。七天之内，齊爾拉、塔克、玉隴哈什三城相繼失守。隻有有清軍鎮守的哈喇哈什和額裡齊還在堅守。
四城失陷
随着叛軍後續部隊到達，兩城被包圍，和阗守禦已岌岌可危。兩城連續抵抗三月，防守開始松動。乾隆二十四年三月初三，哈喇哈什城因為城外水源被切斷，人心浮動而失陷，侍衛齊淩劄蔔、噶布舒率兵隻得率兵突圍而出。至此，和阗六城隻有額裡齊沒有失陷。
哈喇哈什城缺水失陷
而定邊将軍兆惠聞知和阗被圍，以副都統瑚爾起率900名解圍。瑚爾起抵達阿克蘇後，與富德共挑選1200名綠營兵支援和阗地區，途中收攏了策淩劄蔔的殘兵。于三月初六日到達和阗地區額裡齊城外，叛軍見清軍勢大，放棄圍困額裡齊城撤退。初八日，又到達哈喇哈什城下，乘霧天向城外駐營的叛軍騎兵600，步兵100名發動進攻，叛軍猝不及防，大敗而走，被陣斬100餘人。主要頭目阿蔔都哈裡克（就是據守庫車，弄得雅爾哈善非常頭疼的那位）、霍集雅斯被射死，叛軍統帥鄂斯璊中箭逃跑。至此，叛軍發生大潰敗，從占領四城中逃回葉爾羌，和阗地區被收複。
解圍和阗
兵不血刃，兩城解圍
約在乾隆二十四年五月，大軍2萬、馬3萬匹、駱駝1萬隻陸續到達阿克蘇城，攻取大小和卓大學營葉爾羌城和喀什噶爾城的時機已經成熟。朝廷定議，定邊将軍兆惠一路由烏什率兵直取喀什噶爾城；定邊右副将軍富德一路由和阗直取葉爾羌城。
六月十一日，定邊将軍兆惠與參贊大臣明瑞率兵9000人率先出發。其又安排阿裡衮、巴祿領兵3300名與富德一部會合。在閏六月初三到達伊克斯哈喇（喀什市阿克喀什鄉），忽然有6名回人來投，兆惠對6名回人做了詳細詢問，得到了重要情報，大和卓布拉尼都在六月二十七日逃跑，而小和卓霍集占也在四月間将家口辎重移到城外，并聯絡巴達克山國，大小和卓跑路到境外的意圖已經非常明顯。
霍集占兄弟如此迅速的放棄抵抗确實出乎兆惠的預料。經過缜密判斷，兆惠覺得投降回人的話十分可信。不過為了謹慎起見，仍然率領3000名騎兵前去進喀什噶爾城安撫。閏六月十四日，兆惠軍抵喀什噶爾城，回衆“複獻牛羊果餌，歌舞慶幸”，喀什噶爾城撫定。
《平定準噶爾方略》
而富德于六月十九日率領騎兵1200名，綠營步兵1200名從和阗向葉爾羌出發，和阗六城伯克亦出兵650人，由伯克霍集斯率領協助作戰。閏六月十一日，夜遇葉爾羌城出降回人，得知霍集占已經逃走。于是，富德派兵500人進城安撫回衆，自己則率大隊殿後。阿桂、達爾黨阿亦率趕馬騎兵700人趕到，富德的總兵力壯大到為3750人。十八日黎明，清軍大隊入城，“城中觀者塞道，争獻果餌，備述前受霍集占擾害”，葉爾羌城遂告收複。
富德收複葉爾羌
從史料上看，霍集占、布拉尼都統治回疆，可謂是倒行逆施，對底層百姓，為了應付戰争支出，“虐用其民，厚斂淫刑”。而他們又不信任本地土著，“惟以伊犁同歸之回及新投之厄魯特為親兵”。是以，人心盡失，統治根基不穩已經使大小和卓坐立難安。其在清軍的軍事壓力下節節失敗，局面急轉直下，隻能一跑了之。
《聖武記》
三戰三捷，千裡剿窮寇
兩城被清軍收複，意味着大小和卓失去根據地變成窮寇，大勢已去。在收複喀什噶爾、葉爾羌兩城後，兆惠立刻詢問城中回人打探大小和卓消息，得知大小和卓相會逃往色勒古勒後，或向巴達克山附近的博洛爾，或北向安集延、浩罕等國，清軍必須在大小和卓過帕米爾山隘口之前堵截，才有擊斬或活捉大小和卓的可能。閏六月十五日，兆惠命參贊大臣明瑞、副都統愛隆阿、溫布率領2000騎兵，一人二馬，晝夜兼程，追擊霍集占兄弟。
明瑞統率2000騎兵日夜兼程向西南追趕，一路上翻山越嶺。閏六月二十五日，至布魯特部落的遊牧地哈拉庫勒（塔吉克斯坦東北喀拉湖），明瑞讓偵察兵登高瞭望，見北邊五六十裡處灰塵飛揚，為了加快行軍速度確定馬力，明瑞遂集中良馬，挑選精銳1300名飛速追趕。
而大小和卓自踏上逃往旅途後，本來想去巴達克山國，但是麾下衆伯克反對，隻得前往安集延，他們在二十三日發現清軍來追，遂丢下部分辎重，以家口先行，沿途沒有水草的地方以大麥喂馬向前趕路，但由于拖家帶口，其行軍速度是遠不及明瑞的。二十八日上午，清軍在霍斯庫魯克嶺追上大小和卓的逃亡隊伍。由于明瑞的玩命追擊，1300人的清軍中途不斷有掉隊人員，清軍到達預定戰鬥位置的隻有900人，而大小和卓也據嶺排列，率領6000人迎擊清軍。雙方兵力差距接近7比1。
明瑞本想誘敵出戰，但叛軍不為所動。于是，他就一不做二不休，率領900騎兵向優勢敵軍發起強攻，拼殺三個時辰，将敵軍擊敗。明瑞麾兵追擊，但經過長途跋涉加高烈度厮殺，馬力不及，叛軍遠去。沒想到過了不久，有可能大小和卓覺得敗給人數遠遠少于自己的清軍太丢人，又集結叛軍向明瑞部發動進攻，分成數隊襲來，想要合圍清軍。明瑞令騎兵直接沖殺敵陣，步兵（看來死的馬又不少）據兩側山坡埋伏，騎兵且戰且退，誘敵至出兵射程。等到敵騎追至，兩側山坡清軍火力全開射擊，明瑞也在火力的掩護下，發動騎兵沖鋒。傍晚，叛軍大敗，往巴達克山國逃亡。此役，被殺叛軍500多人，生擒男女30多人，繳獲駝馬100多匹，清軍陣亡也有100多人。
霍斯庫魯克嶺明瑞敗敵
戰後，明瑞報信富德、阿裡衮。兩人得知消息後，迅速領兵向明瑞靠攏。三隊官兵聚齊後，精選4000官兵繼續追擊。值得一提的是，富德還讓烏什伯克霍集斯随行，他在回人心目中地位較高，在後來整個戰役的獲勝，發揮了重要作用。
為了增強火力，還以大神炮、威遠炮兩種300斤左右的輕型火炮随行（威遠炮為280斤到330斤，大神炮為350斤），準備那是相當的充分。
威遠炮規格
大神炮規格
七月初七，清軍在探知敵蹤後，一路疾馳，翻越戈壁，于初九日至海拔4600米烏孜别裡山口内名為阿而楚爾的河谷地帶追上大小和卓叛軍。大小和卓遂讓辎重先行，讓4000叛軍分别占據兩山山坡以及谷口迎擊清軍。
富德也立刻将軍隊分為中軍、左翼、右翼三路發動進攻，清軍鳥铳、大神炮的掩護下向叛軍強攻，“自辰至午”，戰約4小時，叛軍潰敗，富德三路大舉進攻，追射三十餘裡。不甘心失敗的大小和卓再次占據山頭與清軍對戰，清軍則仰攻接敵，由于叛軍拼死抵抗，一時間兩軍僵持不下。富德為了打開局面，遂讓騎兵襲取敵軍辎重，叛軍隻得放棄陣地退兵。不久後，叛軍第三層占據山頭與清軍對抗，富德命達爾黨阿等人正面接戰，明瑞側後包抄，叛軍懼怕被包圍，隻能繼續逃跑。
阿爾楚爾戰役，殲滅叛軍1000餘人，俘獲50多人，火炮5位，鳥槍與長槍1000多杆。阿爾楚爾戰役以清軍告終。
阿爾楚爾之戰
初十日，清軍又馬不停蹄的發動追擊，追行一百餘裡，至布隆庫勒（今塔吉克斯坦境内布倫庫爾湖）。通過偵察發現在布隆庫勒北邊的大湖伊西洱庫爾淖爾（亞什爾湖）有敵軍活動蹤迹，而湖北面山頭已為叛軍所據，“小和卓木以萬衆據北山及迤東諸峰，決死戰”。由于此湖往南就是巴達克山，富德與諸将決定火速追趕，與叛軍決戰。
十一日，富德先令阿裡衮率兵500人穿插至湖西，堵截叛軍逃竄之路，又命伊柱率兵800人繞至山頭北面堵截。自率1000餘名自湖東面向據守山麓到路口一帶的叛軍施放槍炮發動進攻，敵軍猝不及防，其辎重家屬或上山躲避，或擁擠于湖岸邊混亂不堪。富德整隊前進，連發大神、威遠等輕炮攻擊叛軍。大小和卓也在混亂中慌忙組織抵抗，憑借地利和人數優勢與清廷形成僵局，從上午巳時（9～11點）戰至下午未時（13～15點）。
眼見戰事焦灼，富德從健銳營、索倫營、厄魯特營等兵中挑選“鳥槍精利者四十餘人”繞道山北攻擊，“緣山北颠俯擊之”，阿裡衮率兵“亦以火器遙擊山北之賊”，對叛軍造成巨大的壓力。
伊西洱庫爾淖爾經過
與此同時，清軍也開始了攻心戰，回部伯克霍集斯、鄂對執纛高呼：“降者生，否則必死。”，叛軍的心理防線開始崩潰，“回衆聞聲趨至，乞降者萬餘”。小和卓霍集占“猶在山頭攔阻，殺死多人”，到仍然無濟于事，至此，叛軍敗局已定。
《外藩蒙古回部王公表傳》
天黑時分，清軍一邊截殺敵軍，一邊把守湖的各個制高點和口岸，并安排士兵往來巡查。十二日黎明，山北麓之敵2000人投降，清軍獲得決定性勝利。連續三次戰役，以“伊西庫爾淖爾之戰”成果最大，共計俘虜12000多人、軍器2000多件、馬駝牛羊1萬餘頭。美中不足的是，“兩和卓木攜其妻拏舊仆三四百人走巴達克山”，并未擒獲主犯。
為了紀念這次勝利，乾隆帝在湖北樹立了一座《平定回部勒銘伊西洱庫爾淖爾碑》，所謂“淖爾之上，勒碑紀功，以示萬世雲”。後來随着沙俄蠶食帕米爾高原，石碑被毀。《西域圖志》載碑文如下。
《西域圖志》
戰後動向
乾隆在接到前線奏報後，雖然三戰三捷的成果讓其很是滿意，但讓首惡大小和卓逃脫顯然讓其耿耿于懷。在聽聞大小和卓已逃至巴達克山後，清廷對巴達克山汗素勒坦沙脅以兵威，索要大小和卓甚急。
但素勒坦沙汗卻對大小和卓不肯斬盡殺絕，他對清廷聲稱小和卓霍集占已經擊斃，大和卓布拉尼都被擒獲，但“回部信奉經典，從無自擒族類，轉送與人之例，若竟呈現天朝，恐别部落必來滋事”。這分明是意圖包庇和卓兄弟，想要将此事敷衍了事。乾隆聞言勃然大怒，駁斥道：“即以回部舊俗，不自相戕為詞，則不應有生擒槍斃之舉。況慮他日諸部滋事，較此是天朝大兵之壓境，其利害尤為明白易曉。”
《清高宗實錄》
既然素勒坦沙汗頭鐵，乾隆吩咐富德等人“将來二賊如仍未獻出，則來年進兵，斷不可已，必以獲賊為竣事”。素勒坦沙汗在壓力之下，不得已将小和卓霍集占首級獻出，但布拉尼都卻無下文，據素勒坦沙聲稱被珲都斯部落砍殺後，屍體被人盜走，其屍首無從調查。而乾隆帝鑒于主犯霍集占确認身死獻首，布拉尼都屍首确實也下落不明，遂更置不問，大小和卓之亂算是暫時畫上了一個句号。
乾隆二十四年七月，曆時一年多的平叛戰争結束，徹底打碎了大小和卓割據自立的險惡用心，幅員遼闊的回疆總算重歸安定。但由于未能除惡務盡，也給之後的張格爾之亂、玉素素之亂埋下了隐患。
引用文獻：《清高宗實錄》、《平定準噶爾方略》、《聖武記》、《清會典事例》、《西甯府新志》、《蒙古回部王公表傳》、《西域圖志》