
不斷變異産生更具有傳播性或緻病力的新毒株是新冠大流行得以持續,并給世界帶來嚴重災難的主要原因之一。
一般認為,新冠病毒的變異以點突變為主,重組變異發生率較低,但重組變異體有可能産生出更具有傳染性和緻病力的毒株。
重組變異被定義為兩種不同病毒變異體之間的遺傳物質交換,會導緻具有新特征的新變異體的産生。
到目前為止,已經确認α和δ變體,δ和o(奧密克戎),以及奧密克戎亞系BA.1和BA.2重組變異體。
其中,由于δ變異體的高緻病性,o變異體的高傳染性和免疫逃逸能力,delta-omicron重組産生的新變異體預計可能産生更“壞”的變體,對疫苗和治療有效性的潛在影響也可能更大,因而更受人關注。
在此之前,δ—o重組事件已經在英國和法國被确認。
但是,有人認為這些重組變體可能是由實驗室污染、測序錯誤或共同感染造成的。
美國CDC國家新冠病毒毒株監測計劃,目的是識别、表征和監測新冠病毒的新變種。該計劃迄今已從美國鑒定出180萬個新冠狀病毒基因組。
科學家從這180萬個新冠狀病毒基因組中經過複雜的檢測,共鑒定出了9個delta-omicron重組序列。
分析發現,這些重組序列同時包含δ和o變異體的特征突變,尤其是刺突蛋白氨基酸158和339序列之間從δ相關突變變為ο相關突變。
圖中,橙色代表Delta變體相關的氨基酸取代,紫色代表Omicron變體相關的氨基酸取代;色調對應于含有Omicron或Delta相關序列的比例。灰色框表示Omicron和Delta序列共有的氨基酸取代;白色框表示相對于最早原始毒株沒有變異,黑色框則表示對于Delta或Omicron序列總體上都不常見的取代。
為了排除重組體來自實驗室污染或測序錯誤的可能性,科學家利用各種測序政策對已識别重組序列的原始資料進行了反複閱讀,确認重組來源于自然感染。
此外,科學家在預測的重組位點内的特定位置将重組序列片段化。通過将片段序列與delta和omicron變體的參考序列進行比對,觀察到第一個片段屬于delta分支,其餘片段屬于omicron分支。
進一步的測序分析還證明,在重組變體中,特征性的δ突變與不同的ο突變同時發生。
而這些基因翻譯的刺突蛋白也顯示出包含來自delta和omicron變體的特征性氨基酸的雜合序列。
總之,科學家經過複雜的檢測,反複确認在美國發現的9個delta-omicron重組序列。
盡管,檢出這些重組變異體的美國地區病例數并沒有顯著增加,是以,這些重組變異體到目前為止,可能并未對疫情造成顯著影響。
當然,科學家也承認,由于缺乏檢測包含這些重組基因組的識别資訊,目前還不能确定其與流行病學的聯系。
鑒于重組變異體對公共衛生潛在的影響,科學家們建議對新的重組變異體進行連續的基因組監測,以快速檢測和監測。