在大部分的認知裡，少林寺被燒于清朝政府，而事實并非如此，清朝皇帝并沒有對下旨燒掉少林寺，反而多次給少林寺題字送匾或者參觀遊覽。乾隆帝更是和少林寺方丈秉燭夜談，親自寫詩立碑。
真正将少林寺燒成一片廢墟的是馮玉祥。在軍閥林立，各自為戰的時期，馮玉祥作為手握重兵的軍閥之一，下令讓他的手下将少林寺放火燒毀。少林寺内的藏經樓、天王殿、大雄寶殿等一衆建築毀于一炬，許多寶貴的佛經、拳譜等都變成一捧灰燼，令人十分惋惜。馮玉祥為何會做成這樣瘋狂的舉動呢？
這就要說起少林寺的主人妙興方丈了，妙興方丈不忍心看着百姓深受戰火之亂，為了保護自己這一方百姓的安全，他做了吳佩孚手下的團長。民國十五年七月時，廣州的革命軍開始北上伐閥，同年九月，馮玉祥宣布參加國民革命，引得吳佩孚和張作霖聯手攻打他，被北伐軍隊打敗。民國十六年，馮玉祥和北伐軍進攻河南，二月時期，妙興率手下軍隊前往鄭州，後轉戰舞陽。三月時，在與敵人交戰中陣亡。後來妙興遺體被運回少林寺，葬在寺廟上坡上。
民國十七年三月，妙興的上級樊鐘秀繞後攻打馮玉祥部隊，趁機不備攻占了鞏縣和偃師縣兩個縣城，但由于兵力不足，後又被馮部石友三奪了回來。作戰失敗的樊鐘秀向南方撤退，少林武僧也參與掩護撤退的任務，并将其指揮部設立在了少林寺内，這個舉動為少林寺引來了滅頂之災。石友三在三月十五日時，追到少林寺便放火焚燒法堂。第二天，蘇明啟部隊前來支援，更是命手下将天王殿，大雄寶殿、禅房等各種建築全部燒毀洩憤。少林寺千年發展付之流水，後來的方丈也隻是勉強維持寺門而已。
新中國成立後，對少林寺進行的重建和修複，讓傳承千年的古寺重新煥發光彩，讓佛教文化免于斷流。馮玉祥信基督，在他當權的期間，将他管理地區的僧人驅逐出地，财産充公等行為。并将寺廟改為學校或娛樂場所，導緻華北地區的佛教衰敗。