在大部分的认知里，少林寺被烧于清朝政府，而事实并非如此，清朝皇帝并没有对下旨烧掉少林寺，反而多次给少林寺题字送匾或者参观游览。乾隆帝更是和少林寺方丈秉烛夜谈，亲自写诗立碑。
真正将少林寺烧成一片废墟的是冯玉祥。在军阀林立，各自为战的时期，冯玉祥作为手握重兵的军阀之一，下令让他的手下将少林寺放火烧毁。少林寺内的藏经楼、天王殿、大雄宝殿等一众建筑毁于一炬，许多宝贵的佛经、拳谱等都变成一捧灰烬，令人十分惋惜。冯玉祥为何会做成这样疯狂的举动呢？
这就要说起少林寺的主人妙兴方丈了，妙兴方丈不忍心看着百姓深受战火之乱，为了保护自己这一方百姓的安全，他做了吴佩孚手下的团长。民国十五年七月时，广州的革命军开始北上伐阀，同年九月，冯玉祥宣布参加国民革命，引得吴佩孚和张作霖联手攻打他，被北伐军队打败。民国十六年，冯玉祥和北伐军进攻河南，二月时期，妙兴率手下军队前往郑州，后转战舞阳。三月时，在与敌人交战中阵亡。后来妙兴遗体被运回少林寺，葬在寺庙上坡上。
民国十七年三月，妙兴的上级樊钟秀绕后攻打冯玉祥部队，趁机不备攻占了巩县和偃师县两个县城，但由于兵力不足，后又被冯部石友三夺了回来。作战失败的樊钟秀向南方撤退，少林武僧也参与掩护撤退的任务，并将其指挥部设立在了少林寺内，这个举动为少林寺引来了灭顶之灾。石友三在三月十五日时，追到少林寺便放火焚烧法堂。第二天，苏明启部队前来支援，更是命手下将天王殿，大雄宝殿、禅房等各种建筑全部烧毁泄愤。少林寺千年发展付之流水，后来的方丈也只是勉强维持寺门而已。
新中国成立后，对少林寺进行的重建和修复，让传承千年的古寺重新焕发光彩，让佛教文化免于断流。冯玉祥信基督，在他当权的期间，将他管理地区的僧人驱逐出地，财产充公等行为。并将寺庙改为学校或娱乐场所，导致华北地区的佛教衰败。