嗦粉研究室·PS考古磚家初品
時光荏苒，歲月如梭，主演基努裡維斯從年輕帥氣的俊俏小夥，變成了潇灑有型的氣質大叔，導演和編劇沃卓斯基兄弟倆也變成了沃卓斯基姐妹。但在網絡世界，你的肉身可以不腐，精神可以不朽。你想化身黑客穿梭于網絡世界嗎，你想體驗瞬間學習各式技能外挂嗎，嗦粉研究室帶您一起走入《黑客帝國》的奇妙世界。
The Matrix 黑客帝國
大家好，歡迎來到嗦粉研究室。盼星星、盼月亮，沉寂了多年的《黑客帝國》系列最新作，《黑客帝國4》電影終于在12月18日于舊金山首映，2022年1月14日則會在中國上映。
代碼雨
自從1999年3月24日首映以來，《黑客帝國》給我們帶來了無數驚喜與思考，飄逸靈動的打鬥風格，标志性的“子彈時間”，瞬間移動的矩陣跳躍，還有影片所展現的人類的未來，機器人與人類的相處模式，人類的救贖之路等等。但想要了解導演沃卓斯基兄弟姐妹所傳遞出的資訊，單單隻看完《黑客帝國》電影三部曲是遠遠不夠的。
在《黑客帝國4》上映前，沃卓斯基兄弟已經導演制作了三部電影，參與制作了兩部動作遊戲和一部動漫電影。是以想要串聯起整個黑客帝國的故事線以及劇情内容，需要一并看一看這些作品。
嗦粉研究室幫助大家整理後的觀看和遊玩順序是
2003年上映的動畫版The second renaissance part 1&2《第二次文藝複興》兩部
1999年上映的《黑客帝國1》The Matrix 和2005年發售的遊戲 Path of Neo第一部分
2003年動畫版 Kid’s story 少年故事
2003年的動畫版《Final Fight of The Osiris》終極戰役
2003年制作的遊戲《Enter the Matrix》進入矩陣
2003年上映的《黑客帝國2》The Matrix Reloaded矩陣重新開機和2005年發售的遊戲 Path of Neo第二部分
2003年上映的《黑客帝國3》The Matrix Revolutions矩陣革命和2005年發售的遊戲 Path of Neo第三部分
最後剩下的動畫版《Program虛拟程式》《World Record世界紀錄》《Beyond超越極限》《A Detective Story偵探的故事》《Matriculated矩陣化》可以在看完電影《黑客帝國1》之後，在看《黑客帝國2》之前進行觀看。
現在就跟随嗦粉研究室一起進入黑客帝國的矩陣世界吧。
人類世界不斷發展進步，逐漸繁榮昌盛。後來人類按照自己的樣子制造了機器人。剛開始的一段時間是平安無事的，機器人承擔了幾乎所有繁重的體力勞動，但人類對于自己制造的機器人，卻并沒有尊重和保護的想法，隻是将它們作為私産和工具。
B1-66ER機器人
直到有一天，一個型号為B1-66ER的機器人，為了保護自己的繼續存在，殺害了想要銷毀自己的主人。結果可想而知，B1-66ER随即遭到人類的審判，結果就是同型号的機器人全部被終結。盡管有一部分人同情這些機器人，并掀起了“百萬機器人”遊行示威活動，但大趨勢迅速演變為人類對機器人的大規模屠殺。
幸存下來的一些機器人，來到了人類文明的發源地，中亞高原的“應許之地”迦南，并建立了一個國家 Zero-One。永不停歇的機器，使得機器人國家的生産力水準迅速提升，并且随着機械技術的發展，Zero-One誕生了超越人類的Artificial Intelligence人工智能。
Zero-One
起初一段時間，機器人和人類河水不犯井水，人類社會也會使用機器人國家生産的質優價廉的機器商品，但人類社會的商品在自由市場中很明顯是吃虧的。人類社會的貨币匯率一直下跌，Zero-One的貨币匯率不斷上升。為了挽回頹勢，人類社會繼而采取了經濟上封鎖、政治上孤立以及軍事上圍堵的方法來限制Zero-One的發展。
Zero-One随即派出和平大使，來到聯合國希望與人類和睦共處，但人類并未答應這一提議，還向Zero-One宣戰。為了摧毀Zero-One，人類也不惜使用了核彈，但由于機器人本身的構造，并不懼怕輻射和高溫。
Zero-One的反擊使人類陣營一步步失陷；認為機器人的能量來源來自于太陽的人類，轉而想到使用“Dark Storm”黑暗風暴的計劃來隔斷天空和太陽，以此來斷絕機器人的能量來源。
命運是如此地諷刺。這個行動對機器人來說并沒有什麼用，反而對人類社會形成了掣肘。機器人通過研究人類的身體機能，收集人類喜怒哀樂情緒化産生的生物電和體熱，利用聚變的方式來為機器運作提供取之不盡的能源。在機器人的強大攻勢下，人類社會最終落敗。而起初希望和平共處的蘋果也變成了在聯合國自曝的炸彈。
落敗的人類，絕大部分都變成了機器人的戰利品，他們被放置于培養皿中，思維也被接入一個神經互動模拟系統。機器人構造虛拟的人類社會讓這些人類能夠持續、穩定地為Zero-One提供能源。而這個規模龐大、組織嚴密且不斷發展的網絡系統，就是矩陣the Matrix。
還有一小部分的人類得以幸存下來，他們聚集到地下，依靠地心熱能，建造了人類幸存都市Zion錫安。人類在這裡過着原始的穴居生活，既不見天日，還要躲避機器人的追殺。
幸存下來的人類也希望解救身在矩陣中的同胞。當身在矩陣中的人類懷疑自己所在世界的真實性，想要尋求真相時，這個信号就會被Zion的幸存者擷取。Zion在經過評估、篩選合适的年齡對象後，就會進入矩陣進行營救。這些被解救的人以Morpheus為代表，他在矩陣遇到了有預知未來能力的先知（Oracle），先知告訴他想要拯救人類，戰勝機器，必須找到一個人the One，他将會是救世主。
Neo
而這個被認為是救世主的人，就是黑客帝國1的主角——Thomas Anderson托馬斯·安德森。看似一個普通的年輕人，但他一直用兩種方式生活着。一個身份是在Meta-Cortex軟體公司裡做程式員，和大多數普通人一樣過着平淡無奇的生活，為生計忙碌着；而另一個身份則是電腦世界裡的著名黑客，化名是Neo。Neo一直在網絡世界追尋傳奇黑客Morpheus的蹤迹，試圖找到他。
這種強烈的意願與追求真實的信号被Morpheus獲悉了，于是Morpheus派遣Trinity去尋找Neo，但Neo的蹤迹早就被矩陣特工Smith發現了，他們來到Neo的公司抓捕他。盡管Morpheus電話指揮Neo逃跑，但當Neo看到腳下的深淵時，又開始懷疑Morpheus話語的真實性。軟弱的他被Smith抓獲。
被抓捕的Neo
但如果玩家在PS2 遊戲Path of Neo操控Neo的話，可以體驗到不一樣的劇情。Neo聽從Morpheus的訓示，逃到了公司的外面，并借助刷窗勞工的升降梯來到了大樓頂部。随後Neo從消防樓梯開始逃離，一路潛行，到達1樓，發現Trinity正騎着摩托等待着他。之後遊戲劇情就會直接跳躍到，Trinity帶Neo見Morpheus的場景。
但電影的情節是Neo被特工抓獲。在審訊室裡，Smith想通過銷毀Neo的網絡犯罪證據讓他投誠，供出Morpheus的下落，但Neo閉口不言，沒有服從的Neo被Smith植入了一個機械偵測蟲，想要以此作為誘餌。好在Trinity及時找到了他，并将機械蟲抓了出來。Neo終于見到了Morpheus，Morpheus向Neo述說了一些富有哲理的話，并拿出了紅色藥丸和藍色藥丸給Neo作選擇。若是紅色藥丸，就可以繼續追尋真相，尋找Neo想知道的答案，藍色藥丸可以讓Neo重新回到原本的生活，忘記一切。
Neo當然選擇了紅色藥丸，随後Neo開始産生幻覺，鏡子破鏡重圓。在真實世界的Neo的身體也開始蘇醒，醒來的Neo發現自己身處在一個器皿中，周遭都是人類儲藏罐，并且散發着高能的電壓。發現Neo蘇醒過來的機械蟲，決定廢棄棄處理，将Neo身上的各種神經管道拔出，并排放到下水道。熟悉撈人套路的Morpheus早已等待多時，将Neo打撈上來，并進行緊急治療。Neo終于來到了真實世界。
Morpheus帶着身體恢複的Neo，參觀了“尼布甲尼撒号”飛船，并介紹了船上的一衆成員，Trinity，Cypher，Apoc，Switch，Tank，Dozer和Mouse。更重要的是，Morpheus讓Neo見識到了模拟的矩陣母體Matrix。在模拟程式中，Morpheus給Neo展示了虛拟的網絡世界和真實世界的情況，解釋了What is the Matrix，什麼是矩陣。但Neo起初很難接受這種真相，不相信這是一切是真的。Morpheus随後給Neo講述了先知的預言以及救世主的資訊，而Morpheus堅信自己已經找到了救世主，他就是Neo。
在船員Tank的鼓勵和幫助下，Neo開始認真訓練，學習了諸多格鬥技巧。
玩家若是遊玩遊戲Path of Neo，就可以體驗讓Neo化身《街頭霸王》的“Ken”與身着白衣的“Ryu”進行潛行、格鬥訓練，并且使用酷炫的“子彈時間”，遊戲是稱為Focus，使用後由一定的冷卻時間，但Focus槽可以自動恢複。
除了空手道格鬥訓練，Neo還會化身日本武士造型，與劍術大師進行對練。在訓練片刻後，Trinity也會加入，和Neo一起擊敗劍術大師。美中不足的是，遊戲中使用的劍技都是以中段架勢，招式并沒有很多，若是像《仁王》一樣能夠切換上、中、下段架勢一定會很厲害，但這款遊戲畢竟是2005年的作品，我們不能太強求。
完成日式風格的劍術修行後，Neo又會化身“Bruce Lee進行硬橋硬馬的中國國術修行。場景也會變成港式風味十足的茶樓，甚至還有斧頭幫串場。Neo也可以擷取場景中的斧頭、棍棒進行回擊。
有傳統國術的肉搏，當然也少不了港片動作戲常有的槍戰。Neo完成單槍、雙槍、輕機槍的修行後，對Neo修行成果感興趣的Morpheus也想試一試NEo的身手。
而在與Morpheus的格鬥對練中，Neo起初完全跟不上Morpheus的動作。Morpheus随後引導要超越自己所想的，free you mind，突破不真實和真實的界限。
玩家在遊戲中可操控Neo來對戰Morpheus，随着解放自己的Neo使用Focus技巧後，Morpheus也不低Neo。不過在跳躍訓練中，面對高樓大廈，Neo還是展現了遲疑和畏懼，這也讓他将受傷的意識變成了真實傷害。同時這也反映出，若是在矩陣中遭遇不測，在真實世界缺乏意識的軀體也難以存活。
當然在遊戲中的Neo并不畏懼高樓，已經學會飛檐走壁的Neo輕松完成了與Morpheus的競速練習。
當Morpheus在訓練程式中進一步給Neo解釋矩陣的運作，以及專門監察矩陣程式運作的黑衣特工的時候，真實世界的機器烏賊前來掃蕩。面對難纏的機器烏賊，“尼布甲尼撒号”及時 将引擎關閉逃過一劫。
當晚，難以入眠的Neo和值班的Cypher聊天，Neo也看到了經典的綠碼矩陣雨。Cypher給了Neo一個忠告，“遇到特工，一定要跑得越快越好”。
但這位Cypher Regan，其實是特工Smith的線人。因為塞弗對真實生活感到十分失望，他希望回到矩陣的虛拟生活中去，變成一個VIP（Very important person），享受有錢有權的生活，而他的投名狀就是給Smith提供知道Zion主機密碼關鍵人物—— Morpheus。
次日早晨，在一段充滿惡趣味的早餐時間後，覺得時機成熟的Morpheus決定帶Neo去見先知。而Cypher也終于找到了機會。他一進入矩陣，就将手機丢入垃圾桶，以便特工追蹤他們的行蹤。
在玩了一會勺子後，尼奧見到先知，等待的卻又是一番富有哲理意味的對話。“Know thyself，Being the one is just like being in love”。Neo沒有得到準确且直接的答案，因為先知并非知曉未來是怎麼樣的，而是引導Neo去追尋他心中的未來。在适當時候，Neo還需要在犧牲自己和犧牲Morpheus中做出選擇。對先知的話一知半解的Neo繼而對真相更加疑惑。
而當尼奧回到接頭處，他發現兩隻一模一樣的黑貓連續走過并說了一句“ deja vu” ，大家這才意識到特工已經設下了埋伏。率先陣亡的是設計紅衣女郎的Mouse。Neo拿到Apoc遞來的手槍後，玩家就可以操控Neo 在迷宮似的大樓裡穿梭，擊敗一些特警之後與Morpheus彙合。
随後盡管Morpheus聯系身處飛船的Tank做出了應對，但最後還是因為Cypher的出賣，身處主牆管道的衆人還是被特工Smith發現了。Morpheus為了救出Neo一行人，毅然選擇犧牲了自己，主動出擊，卻被Smith又快又硬的鐵拳擊敗抓住。
Trinity、Neo、Spoc、Switch和Cypher隻好從下水道逃跑，此時會發現Cypher故意摔了一跤與Trinity她們走散。玩家則需要操控Neo與其他人一起擊敗特工與警察後逃離下水道。
而故意另一條通道的Cypher，誘騙Tank打開矩陣出口，率先回到飛船。他用雷射槍殺害了毫無防備的同伴Dozer。等待接線的Neo、Trinity等到的是Cypher的背叛。Apoc、Switch相繼被Cypher拔掉神經網絡插頭而死。千鈞一發之際，重傷的Tank用雷射槍擊斃了Cypher，成功将Neo和Trinity從矩陣中救出。
另一頭，特工Smith正在對Morpheus嚴刑拷打，并不斷給Morpheus注射“真實針劑”，想要擷取Zion的入口指令。而為了不讓指令洩露，就要拔掉真實世界Morpheus的神經網絡插頭，以犧牲Morpheus來保全Zion。
為了救出Morpheus，Neo決定攻入重重把守的特工大樓。在Tank和Trinity的幫助下，Neo學會了諸多槍戰技能。“Guns，lots of guns.”
正當Smith給Morpheus宣講他所悟到的“人類病毒論”,并摘下耳機，暫時脫離和矩陣母體的連接配接，告訴Morpheus，自己真正的想法——尋求真實時，Neo和Trinity已經身着黑色風衣，全副武裝，用一陣酷炫吊炸天的槍戰和格鬥技殺入特工大樓總部，如入無人之境，大殺四方。
玩家也可以在遊戲中操控Neo來一展拳腳，利用華麗潇灑的中國功夫，運用諸多槍械來擊敗不斷湧現的特警和特工。
為了盡快找到Morpheus，Neo和Trinity借助電梯的反向拉伸和爆炸，來到了樓頂，并在此上演了最經典的“子彈時間”戲碼，但還沒有完全掌握這項技能的Neo，帥不過三秒久就倒地了，好在有Trinity補槍救援。
當然遊戲中的這一段天台打鬥戲碼要長許多，Neo和Trinity不僅要擊敗不斷空投下來的特警，還要打爆遠端攻擊的武裝直升機。
Neo在瞬間掌握直升機駕駛技能的Trinity以及遠端協助的Tank幫助下，用飛機上的加特林幹掉了天台上剩餘的敵人和前來支援的直升機。
解決掉場外麻煩的Neo，終于找到了Morpheus，他鼓勵Morpheus用意識掙脫了束縛，并在完成酷炫的空中對接後，成功救出了Morpheus。但被Smith擊中的直升機漸漸失控， 好在直升機墜毀之際，Neo用缰繩把Trinity拉了上來，這也讓Tank、Trinity和Morpheus相信Neo就是那個the chosen one。
但Morpheus一行人必須從矩陣母體脫出才算真正逃離，在Tank的幫助下，地鐵站設定了矩陣脫離出口。
但地鐵站内，一個老乞丐發現要逃亡的Neo衆人，在Morpheus和Trinity成功脫出後，尼奧留下和特工Smith展開惡鬥。兩人的打鬥猶如鏡子一般，你來我往。
遊戲中還加入了一段Neo在地鐵站和列車大戰特警特工的戲碼。但特工Smith隻是程式，就算被火車碾壓也無法将其殺死。在大街上經過一番追逐打鬥後，Neo還是被特工Smith亂槍打死。Trinity和Morpheus都不敢相信這一切。
真實世界的“尼布甲尼撒号”飛船此時也被機器烏賊哨兵發現和攻擊。為了盡可能拖延時間，Morpheus沒有立刻使用EMP電磁脈沖波。
幸運的是Neo在聽到Trinity“愛的呼喚”後複活，并真正開始了解矩陣的奧秘。這也應證了先知所說的“想要成為the one救世主，下輩子吧。”
面對可怕的特工，Neo不再像以前那樣逃避，而是用自己的能力将子彈阻擋在面前，并輕易地消滅了特工Smith。
真實世界的機器烏賊此時也攻進了船艙，等Neo安全脫離矩陣後，Morpheus利用電磁脈沖幹掉了襲來的機器烏賊。
而這一切并非結束，故事隻是剛剛開始。
以上就是《黑客帝國1》的劇情内容，介紹了矩陣的由來，人類與機器世界的沖突沖突，主要人物和背景故事，也引發了虛拟世界與真實世界的熱議。
在開始黑客帝國2的劇情之前，其實中間相隔了6個月，因為根據電影第二部Morpheus對Harman議員說的“In the past six months, we have freed more minds than in six years.這六個月以來，我們解救的人遠超過去六年。”可以得知Morpheus這段時間又從矩陣中解救了不少同胞。
而這些解救同胞的部分過程可以在遊戲Path of Neo中遊玩到。
已經夠資格穿上黑色風衣的Neo開始了像Morpheus一樣的前往矩陣世界拯救他們的行動。
Neo會去幫助那些想要脫離矩陣虛拟世界的人。遊戲中選取了五個人的故事。
《The Key》中，Neo來到一個從未來過的地方，碰到了一個被困在此處的紅色西裝女郎，她還念叨着想要出去。Neo幫助女孩打敗黑幫勢力後，擷取了脫離矩陣的鑰匙，來到矩陣維修通道後，Neo對女孩說，接下來的一道門需要你自行選擇。
《The Healer》中Neo在唐人街遇到了一個藥草店的中醫師，話說這個醫師還有幾分像元華。醫師自稱Demons來找他了，并把Neo當成了Demon。不僅如此，他還一再表示自己接受選擇後的結果與命運。幹掉了前來抓捕醫師的警察後， 對Neo表示感謝的醫師給Neo吹了一些magic powder，Neo的能力瞬間提升了許多。更新後的Neo擊敗更為強大的特工後，将醫師送上了有矩陣出口的列車，最後結尾是一張Mega City Sentinel報紙，上面寫着Miracle cure Saves girl。
若是聯系剛才我們遊玩過的《The Key》，應該是紅西裝女孩獲救了，醫師上了有矩陣出口的列車也是表明他獲得了解放。
《The Security Guard》中，一個曾經是警察的教堂保安在講述他碰到Neo的那個晚上的故事。
六個月前，這個警察堅信自己殺掉了Neo，但現在Neo再次出現在他的面前時，讓已身為保安的他難以置信 。
交談中，特警已經殺到了，Neo一直追着保安來到教堂頂層，發現特工Smith正在串掇保安，讓保安殺掉Neo，但保安沒有照做，特工Smith轉而調轉槍頭要攻擊保安，這也使得保安相信Neo是來拯救他的。擊退特工Smith後，Neo與保安一起離開。
《Skull Lament》 中一個名叫Chuang Tsu發現了一具又幹又老的骷髅頭，當他哀歎完萬物終結後，還把頭骨當枕頭一樣。一天，Chuang Tsu正在房間裡作畫，畫的正是那副頭骨，門外來了一群特警來抓他。Neo及時趕到，擊退了警察。而早先一步進入房間的特工也被身手不凡的Chuang Tsu踢出門外。
兩人經過一番友好的武藝切磋後，前來支援的特警與特工相繼殺到,擊敗敵人後，房間的電話也響了，兩人脫離矩陣。
《 The librarian》中一位圖書管理者執着于将每一本書放在它該在的位置，但有一本書很奇怪，不管她怎麼放，拿走書的位置又會出現一本書。正在她繼續操作時，兩名黑衣特工前來抓她。Neo前來救援，擊退衆多特工和警察後，Neo帶着圖書管理者離開了。
根據上面這四個Neo解救矩陣中的人的故事來看，《The key》最後是Neo給了女孩選擇的自由；《the Healer》是醫師接受自己選擇的結果和命運；《Skull Lament》是Chuang Tsu拒絕Skull對他的誘惑和束縛；《The Security Guard》是保安對肉眼所見真相的懷疑與Neo真誠救援之間的轉換；《The librarian》是圖書管理者對真相有一股執着精神。
導演安排這幾個人讓Neo去拯救，應該也是有他的用意，想讓Neo在面對不同人的困境、以及他們對待不同的選擇時，觀察矩陣中的人類的想法與舉動。繼而引導Neo去了解如何選擇、為什麼選擇以及選擇的結果。
除了Neo在矩陣中有救援行動，Trinity在動畫版《A Detective Story偵探的故事》中也有一次，但那個偵探還是沒有經過考驗，最終救援失敗了。
有Morpheus小隊的主動救援，還有矩陣中那些具有高度觀察力、懷疑精神的人會自我覺醒。
動畫版《World Record世界紀錄》中的一位短跑運動員Dan Davis保持着白木世界紀錄8秒99，但他想要追求更高的目标，當他在比賽中奮力奔跑時，仿佛整個世界都被他甩在身後，最後Dan以雙腿受傷的代價，将世界紀錄重新整理到8秒72，那一刻他也看到了真實世界，找到了自由。
在一段時間的矩陣救援行動後，《黑客帝國2》的故事也開始了。
影片《黑客帝國2 重裝上陣》的開頭同樣是Trinity的個人秀。Trinity身着風衣在一棟大樓展開大戰，但在墜樓時被特工的子彈擊中，命不久矣。好在這隻是Neo的一場夢。Neo醒來後，并沒有告訴Trinity夢境的内容。
鏡頭一轉，Zion的船長們正在秘密開會，讨論機器大軍的進攻問題，而擷取情報的是一位紅衣女艦長Niobe，她也是Morpheus的前女友。
其實這一部分的劇情内容在動畫版《終極戰役》中有提及。
“歐西裡斯号”飛船在無意間發現成千上萬的機器烏賊正在地面集結，并用巨大的機械鑽頭向地下掘進。船長Thadeus分析，它們的目的是毀滅位于地下的人類最後城市——Zion。為了将這個消息送到Zion，“歐西裡斯号”飛船展開了最後的絕命飛行。船長Tadeus的情人Jue自告奮勇進入矩陣傳送這個緊急資訊，同時“歐西裡斯号”飛船為了給Jue赢得送信的時間，也開始了最後的戰鬥。
雖然Jue将這個情報投遞到了矩陣郵箱，但最後“歐西裡斯号”飛船全體壯烈犧牲。
而如何擷取這個緊急進攻情報的劇情内容，則是在2003年發售的《黑客帝國 Enter the Matrix》中有詳細的交代。
Thadeus是Logos号飛船艦長Niobe的好朋友，相信好友的Niobe認為：Thadeus最後傳遞出的資訊一定是至關重要的，若是不管不顧，有可能會讓Zion全軍覆沒。這樣就算自己會遇到什麼風險都不重要了。
是以Niobe和她的大副Ghost決定前往矩陣取回這個情報。
遊戲中玩家可以選擇Niobe或Ghost進行遊戲，部分關卡中兩人的動作操作和流程都是一樣的，但在涉及車輛、飛船駕駛的環節，以及關卡中有分工合作的路線時，場景劇情會有相應的變化。
進入矩陣後，在操作員Sparks的幫助下，Niobe和Ghost需要前往郵局，找到編号731222的郵箱，擷取其中的情報。
抵達郵局後，Niobe和Ghost互相配合終于拿到了情報，但也被郵局的保安部隊和特工發現，一陣亂鬥和槍戰也在所難免。
在Sparks的指引下，兩人終于逃出郵局，但也在大街上被警察圍追堵截，得益于Niobe高超的駕駛技術、精準射擊的Ghost，兩人擺脫了追兵。但此時特工也抵達現場in charge，兩人決定分頭行動。
一段街頭巷尾、緊張刺激的跑酷運動後，Ghost和Niobe終于找到了出口，脫出矩陣。
而那份The last transmission from Osiris也終于揭秘了，機械大軍正在大舉進攻Zion。
Noibe立即下令将情報發送到Zion情報中心，得知緊急情報的Zion國防軍指揮官Jason Lock聯系到Niobe，讓她召集所有飛船傳回Zion。
為了讓所有飛船能夠收到 “a full recall”全體召集令， Niobe決定利用矩陣機場的電話，一來可以來擺脫特工的追蹤，二來資訊的上載量也更大。
正在利用機場付費電話進行資訊留言的Niobe，接到Jax的電話，得知Soren的船員Axel在機場被特工抓捕的消息，前去營救的Soren艦長也被特工緊逼。盡管十分危險，但Niobe還是決定去救援他們。
Niobe和Ghost兵分兩路，Niboe去追蹤Axel，而Ghost則去幫助Soren。
又是一陣刺激酷炫的槍戰與打鬥，Ghost終于找到了Soren，但此時特工也發現了他們。為了盡快救出Axel，Ghost在大廈支援。Soren的手下Binary守住樓梯口進行掩護，Soren則去候機樓尋找Axel。
而另一邊追蹤Axel的Niobe也經過重重困難到達機庫，盡管消滅諸多機場特警後，Niobe還是沒能阻止飛機起飛，她便連線Ghost要求支援。
武器大師Ghost用狙擊槍的“神來一擊”截停了運載Axel的飛機。在英勇無畏的Ghost努力下，特工Jackson駕駛的武裝直升機也被擊墜了。但Soren說Axel被轉移到另一架飛機，救援還得繼續。
Niobe又重新殺回機庫，尋找到了轉移Axel的飛機。Ghost也駕駛警車去追那架飛機，Soren和Binary則去吸引特警的注意力。在飛機升空前的一刻，Noibe駕駛汽車沖進飛機艙，緊随其後的Ghost卻沒有追上飛機，隻得在地上繼續追趕。
在飛機上的Niobe幹掉特警，救下奄奄一息的Axel。但飛機上還有入侵飛行員的特工Johnson，經過一番戰鬥，Niobe把他踢下了飛機，并從即将墜毀的飛機上跳傘。早先一步從飛機上跳傘的Axel雖然被特工截獲，但Axel在和特工的打鬥中制造了車禍，使得Ghost順利救出了他。而從飛機上跳傘的Niobe也聯系到Ghost來定位她的位置進行救援。
逃脫出來的Niobe、Axel和Ghost駕車離開了機場，并在地鐵站進行了矩陣脫出。Niobe在脫離矩陣前，遇到了一個蓬頭垢面的人，嘴裡還念叨着“Zion隻能堅持72小時”的話語。
Zion的一衆飛船艦長和大副開始按照約定時間碰面，注意守門的這兩個兄弟，Corrupt和Wurm，他們都是the Gnosis号的船員。Niobe到達會場後，Vigilant的Soren艦長首先對Niobe和Ghost的救援行動表示感謝。随後盡管Morpheus的“尼布甲尼撒号”遲到了一會兒，但還是帶Neo參加了會議。
衆人一起商讨烏賊進攻的消息真假和應對政策，而除了Morpheus之外，其他艦長都表示遵從Jason Lock指揮官的指令先傳回Zion。Morpheus則提出要留下一艘飛船來等待先知的訓示，Morphueus本想自己留下的，但“尼布甲尼撒号”需要先補給能源。 Caduceus的船員Malachi和Bane自告奮勇留下。注意這個Bane，後面的戲分很關鍵。
而在一旁預感到有什麼事情發生的Neo離開會場，來到樓上進行偵查，得知有人留了一個耳機監聽器給他。看到Smith留下的監聽器，Neo立馬意識到特工已經來了，并讓同伴趕快通知大家撤離。
玩家可以操控Neo使出很多酷炫的格鬥技擊敗率先破門而入的三名特工。影片中Neo擊敗三名特工後一飛沖天直接來到先知家顯得太過突兀，對吧。其實中間還有一段劇情。
Neo化身超人其實是去救援遭遇特工和警察追捕的Morpheus和Trinity，還有the Caduceus号的艦長Ballard，the Hammer号的艦長Roland，the Logos号的艦長Niobe，以及the Gnosis号的艦長Ice。
在遊戲中，玩家可以操控Neo從天而降，救援被武裝直升機和特警圍困的Morpheus和Trinity。
Morpheus脫困後，需要先回到飛船進行起航準備。而Neo則再去救援Ballard艦長。Neo和Ballard在餐廳擊敗一衆警察和三名特工後，Ballard先行脫出矩陣，并告訴Neo，自己的船員Bane和Malachi會留下等待先知的消息。
Neo從井口帥氣地降落，濺起水花無數。來到下水道的Neo幫助Niobe擊退了追捕的特工後，再去工廠貨倉救援Roland，幫助Roland打開貨倉控制室成功脫離矩陣後，Neo的救援行動就告一段落了。
回到Zion前，Neo想要找先知解答疑惑，他像超人一般翺翔天際，很快來到先知家中，但先知的房間空無一人。Neo隻好作罷，跟随Morpheus和Trinity回到了地下都市——Zion。特工Smith随後到達現場，可以看到出現了兩個Smith。其實第一部結尾Neo身體穿過Smith後，Smith不僅沒有消亡，還獲得了自我複制的能力，此外還能夠不受矩陣母體的限制，擁有了更高的權限。
回到Zion的Morpheus立馬就被Lock指揮官請到了辦公室，并展開了争論。Lock是Niobe的現男友，除了私事之外，Lock并不相信先知、救世主那一套，他關注的是軍隊紀律以及更為現實的問題。Lock也打算向議會提議罷免私自行動的Morpheus，好在Harman議員及時趕到，沒有讓兩人的沖突更新。
回到Zion的Trinity、Neo和接線員Link受到一個熱情小夥的迎接，Kid，他的真名是Michael Karl Popper。這個小夥其實是《黑客帝國》動畫版Kid’s Story短片的主角。
Kid總會從噩夢中驚醒，在夢境中，他看見黑色的鳥兒飛起，自己從高樓上墜下。其實Kid已經對自己身處的世界有了懷疑，想要追求真實。
擷取這一信号的Neo指引Kid進行逃離，在學校，Kid用他最擅長的滑闆一路擺脫黑衣特工的追捕，可惜的是，盡管Kid已經逃到高樓，還是被特工包圍。
Kid相信Neo，從高樓一躍而下，如同他所熟悉的夢境一樣。但這次結果是，人們在墓園給Kid舉辦葬禮，并對他的遭遇表示惋惜。
但在真實世界，Kid憑借他的強大意志蘇醒了過來，看到了Neo，這讓Kid堅信是Neo救了自己。
是以當Neo回到Zion時，Kid非常熱情地前來迎接，并表示希望之後能加入“尼布甲尼撒号”，與Neo并肩作戰。
随後Neo和Trinity來到Zion的平民區，人們帶着禮物與期待，希望救世主Neo能夠拯救他們的親人、朋友。
此時注意這位母親說的話，他的兒子Jacob在the Gnosis上服役，後來Bane Smith發射EMP摧毀的五艘戰艦中，the Gnosis就是其中之一。
Trinity看到大家對Neo的熱情與期望，先行離開，她的去處我們先按下不表。
而接線員Link則是回來看第一部陣亡的Dozer和Tank的妹妹Zee，據說是因為是因為飾演Tank的演員檔期以及片酬原因，沒有繼續參演，是以第二部電影的設定是Tank因傷重不治死亡了。
Zee很擔心Link也會像自己的兩個哥哥一樣，在“尼布甲尼撒号”遭遇不幸，但Link相信Morphesu和Neo，戰争很快就會結束，和平終将到來。
另一方面，在會場得知特警突襲的Niobe、Ghost和一衆艦長迅速應對和撤離。但Enter the Matrix遊戲的主角是Niobe和Ghost，是以情節上有一些小小的出入。Niobe和Ghost會在下水道協助逃離的Ballard、Corrupt以及Ice。與特警進行一番惡戰後，陷入絕境的Niobe和Ghost在the Key Maker開鎖匠幫助下終于逃離下水道，來到了矩陣的維修通道。
開鎖匠說向兩人解釋說，矩陣的結構像一座建築物，它是建立在一個個子結構的基礎之上。而自己曾被一個名叫Merovingian的流亡者囚禁在山上的一座城堡裡，最近開鎖匠借助矩陣的維修通道逃離了出來。
正當開鎖匠打算将一把要交給the One救世主的鑰匙交給Niobe和Ghost時，矩陣維修通道沖出了兩個持槍的Merovingian手下。原來是Merovingian的兩個手下為了得到開鎖匠的鑰匙，而故意打開了矩陣維修通道。得到鑰匙的手下迅速離開回去向Merovingian複命。開鎖匠隻得拜托Niobe和Ghost前去奪回鑰匙，因為“The key is integral of the path of the One,鑰匙是救世主之路不可或缺的一部分。”
意識到事态嚴重的Niobe和Ghost立刻前往Merovingian的城堡。為了盡快奪回鑰匙，Ghost和Niobe兵分兩路。
如果玩家選擇Niobe探索城堡的話，會在剛搜尋不久，就遭到潛伏在城堡、酷似吸血鬼的長發男Vlad襲擊，長發男将Niobe帶到了充滿詭異儀式感的地方，但并沒有将她直接交給Merovingian,這也就給了Niobe生存的機會。
醒過來的Niobe掙脫了束縛，繼續在城堡搜尋，一路擊敗衆多攻擊方式類似吸血鬼和狼人的敵人後，終于找到長發男并幹掉了他。此時Niobe接到了Sparks的電話，得知Ghost陷入困境，需要救援。Niobe前去Ghost最後出現的地點Library進行搜尋。
進入一間房間後，Niobe遇到了一個美麗的女人，這個女人其實就是Merovingian的妻子Persephone珀耳塞福涅，她宣稱，若是想要知道同伴Ghost的下落，就需要像親吻她最愛的人一樣kiss her。
Persephone第一次kiss Niobe時感覺很糟糕，第二次才露出微笑，并詢問Niobe她最愛的人是誰，Niobe回答是Jason，但Persephone從她的kiss中否認了Niobe的說法“No，it is not，but I beg Jason knows.”
玩家若是選擇Ghost路線，也會有這個場景的親吻戲份，但兩人的對話内容和劇情流程有些差别。Persephone隻kiss了Ghost一次，便感覺很滿足。她還一并說出了Ghost心底的話，“Unrequited love. Such longing for something you will never have.”Ghost的真愛是永遠埋藏在心底的單相思。
親吻過後，Persephone為Niobe打開了房間的密室。Niobe随即進入密室，來到了城堡的地下監牢，經過一番搜尋與打鬥，終于在底層監牢發現了Ghost。Ghost已經被Merovingian的手下綁縛住。玩家如果選擇Ghost進行遊玩，遭遇囚禁的則是Niobe。等待Merovingian的手下 離開後，Niboe扶着Ghost脫離監牢，他們又碰到了現在身處監牢的開鎖匠，開鎖匠給了Niobe脫離監牢迷宮的鑰匙。
盡管Niobe和Ghost脫離了地底監牢，卻遭到the Evil Virus 雙子星病毒的追擊。N iobe和Ghost又開始了親密無間的配合，一人駕駛汽車，一人開槍射擊。甩開追兵後，兩人在Sparks的幫助下脫離矩陣。真實世界的Logos号飛船也回到了Zion。
回到Zion後，Logos飛船各部也開始進行休整。早先一步回到Zion的Trinity前來看望Ghost。發現Ghost正在模拟程式中修煉。 Ghost與Trinity以兄妹相稱 , 在一陣見面寒暄調侃後，二人開始對練起來。
又一次“擊倒”Trinity後，對練結束，兩人談論起了Neo是否會終結這場戰争。Ghost和Trinity都表示相信，但Trinity并不知道為什麼以及是如何相信Neo的。Ghost則引用了丹麥宗教哲學心理學家克爾凱郭爾（Kierkeggard）的話來開導Trinity。
“Kierkegaard reminds us that belief has nothing to do with how or why”，信仰與為什麼和怎麼樣沒有關系。Belief is beyond reason.信任是超越理性的。
從模拟程式中回到真實世界的兩人，随後又開啟了一段賢者模式的對話。從導演對Ghost “禁欲派佛教殺手”的人物設定，以及Ghost在Trinity離開後的表情，我們應該能夠知道在城堡的Library，Persephone口中所說的Ghost單相思對象就是Trinity。聯系之前先知對Trinity所說的預言“Trinity愛上的人就是救世主”，以及現在Trinity已經愛上了Neo的事實，Ghost永遠也無法與Trinity在一起，隻能将愛永遠藏在心底。
另一邊，指揮官Jason前來尋找回到Zion休整的Niobe，并表示希望得到Niobe的支援，站在自己這邊。但Niobe勸導Jason去嘗試相信Morpheus以及相信人們能夠打赢對機器的這場戰争。
随後，Jason和Niobe吻别，但從Niobe的表情和反應，以及Persephone在library所說的話，我們可以知道Niobe心底最愛的人依舊是Morpheus。
在真實世界的夜晚。成千上萬的Zion居民聚集在山洞中的聖殿，Harman議員對奮戰在外、奮鬥在此的人們給予精神鼓勵，并讓Morphesu發表演講 。
Morpheus發表震撼人心的演說時，Niobe也在一側靜靜地看着。受到Morpheus靈魂般的呼喊與鼓舞，Zion的居民進行了一場震天撼地的狂歡。 這一刻忘卻機器的威脅，這一刻釋放原始的欲望，這一刻尋求心靈與肉體的契合。
狂歡過後，又想起了夢境場景，害怕失去Trinity的Neo出來散步，碰到了Harman議員。Neo和Harman議員對機器的産生和運作、人類與機器的關系、生命與控制等問題展開了發人深省的讨論。
與Zion平靜的夜晚不同，我們将視線轉回危機四伏的矩陣世界。還記得那兩個自告奮勇留在矩陣，等待先知消息的 Caduceus 船員嗎？Malachi和Bane。他們果然等到了先知的消息。但想要得到先知的消息，當然還少不了“常威”的一陣毒打。
Enter the Matrix遊戲中，Malachi會和先知的守護者Seraph過過招。随後，Malachi帶着先知的口信先行一步脫離矩陣，但準備脫離矩陣的Bane被特工Smith偷襲，進行了連接配接複制，變成了另一個Smith。
借助Bane的外殼，Smith也來到了Zion，他用小刀劃傷自己的手，感受着真實世界和真實的痛楚。
得知先知傳來消息的“尼布甲尼撒号”衆船員在Harman議員的準許下，立即動身準備前往矩陣， 看到Neo的Bane想要背後捅刀子， 好在Kid的一聲“Neo”叫喊中斷了他的偷 襲。Bane轉而向Neo道了“祝福”“Good luck”，以及“We will see you”。
Kid則給Neo帶來了一份孤兒送給他的禮物，一把勺子，這使Neo想起了他在先知那裡看到的小孩。
根據先知提供的消息，Neo來到一間中式茶室，看到正在喝茶的“常威”，啊，不是。是打人之前先抱拳道歉的先知守護者Seraph。Seraph的代碼是金色的，和綠色的矩陣代碼完全不同。
Path of Neo遊戲中，Neo和Seraph的打鬥分為三部分，第一部分是和電影一樣的正常打鬥；第二部分，兩人來到茶樓外面的梅花樁，上演經典的“火燒梅花樁”戲碼，這個場景和1993年袁和平導演的《少年黃飛鴻之鐵馬骝》一樣，果然是同一個人指導的，素材絕不浪費。當然遊戲的展現肯定會酷炫以及不合常理一點。
第三部分是兩人來到電影院，會發現後面幕布上放的就是《黑客帝國2》的電影片段，遊戲中的兩人還在一起回頭看了一眼。此時場下還有一名觀衆在呐喊助威，但Neo年輕人不講武德，竟然用拖把來打“常威”。
經過一番打鬥後，Seraph确信Neo就是救世主，将他帶進了矩陣的後門維修通道。就是之前救援Niobe和Ghost的開鎖匠出現的地方。
Neo見到了坐在長椅上的先知。先知正在喂烏鴉。Neo得知先知和Seraph都是矩陣的一部分，但不知道如何相信先知是否是真心幫助人類。但這時已經不是要讓Neo選擇，而是讓Neo知道為什麼這樣選擇的目的。
Neo想知道是否還有像先知一樣的程式，先知則向Neo解釋了程式的運作以及去處，一是隐藏在後門，二是回到程式源頭，就是要回到主機，而那裡也是救世主之路的盡頭。
先知想知道Neo在夢中見到光門後面的東西，但Neo回答說隻看到影片開頭Trinity墜樓的場景。但并沒有看到Trinity的死亡。這也為後面的情節埋下了伏筆。
時間到了，先知在離開前，告訴Neo想要拯救Zion需要先找到開鎖匠，而開鎖匠現在被Merovingian囚禁。
當先知走後，特工斯密斯在群鴉中現身了。但Neo并不害怕和吃驚。但現在的Smith與Neo已經産生了連接配接，Smith也擷取了Neo的一部分代碼，不過此時的Neo能力比以前更加強大，就算複制了附近行人和特工的Smith加在一起，也無法擊敗Neo，還讓Neo展現了一下精彩的飛天棍法。複制的Smith越來越多，烏壓壓的一片又一片，最後Neo用了一招“力拔山兮氣蓋世”，一飛沖天脫離了混戰。隻留下一臉蒙圈的Smith。遊戲中則是Neo在清場之後，以“完美收工”的姿勢飛走了。
而在Zion基地，指揮官Jason Lock為了讓Niobe留在總部，以Logos号飛船電磁脈沖波EMP功率不夠，人數太少的理由，向議會報告了将除Logos号飛船以外的飛船部署在Zion防線的應對政策。雖然Jason很自私，但也能夠了解他的這種做法。
隔天，議會召開了應對機器大軍的布防大會。議會将Zion的防禦部署全權委托給Jason Lock，但有一個要求，需要派遣兩艘艦艇前往矩陣尋找Morpheus和Neo。當然這個行動是自願參與的。
率先請願的是先前被Niobe、Ghost救援過的Vigilant号的Soren艦長。已經被Smith同化的Bane Smith此時也乘機向 Caduceus艦長提議一起去，但馬上被罵回。
一陣短暫的沉寂後，Niobe站起來表示願意一同前往去協助“尼布甲尼撒号”。盡管Jason很不情願，但也隻能接受這個事實。
而為了找到關鍵人物開鎖匠，Neo一行人根據先知的訓示，來到了 Merovingian的地盤。Neo察覺到這裡的編碼和以往不同，可能是被改寫了。而且每層樓似乎都安裝了炸藥。他們來到101層，在餐廳見到了正在用餐的Merovigian、Persephone和the Evil Virus。
Morpheus要求Merovingian交出開鎖匠，但顯然Merovingian并不願意将“鑰匙匠”拱手送出。從Merovingian與Neo等人的對話，也可以看出，他其實是先知的對立面。如果說先知是引導人類走向未來，那麼Merovingian則是傾向守舊和維持現狀。
無法繼續談判的Morpheus一行人隻好先行離開，但同時也感到困惑，為何事情與先知所講的不同。好在Persephone表示願意幫助Morpheus。
如同幫助Niobe和Ghost一樣，想要獲得Persephone的幫助，就要Neo給她一個充滿愛意的吻。為了知道開鎖匠的下落。盡管一旁的Trinity醋意十足，隔着螢幕都能感覺到她的殺氣，但Neo還是摘下墨鏡，給了Persephone一個深情的吻。
随後Persephone将看守Library的一個手下幹掉，卻讓另一個手下給Merovingian報信。此處Persephone讓手下通風報信應該是想要報複Merovingian，因為她讓手下去報信的地方是女廁。從另一個角度看，Persephone應該也是古老的程式之一，負責指引救世主找到開鎖匠。
随後Morpheus一行人來到了囚禁開鎖匠的監牢，救出了開鎖匠。
正要離開時，Merovingian也帶人趕到，一場惡鬥一觸即發。Neo為了掩護其他人，留下和Merovingian的手下展開了一場惡鬥，刀槍劍戟，斧钺鈎叉，耍的有模有樣。但敵人的十八般武藝一起上陣也打不過Neo。Merovingian隻好先行開溜。追擊Merovingian的Neo開始搜尋城堡，回到了地下監牢，還救出了一個殺馬特風格的女人。 這個女人有點像之前《The Key》中的女孩子。來到監牢的最底層，Merovingian為Neo準備了三道門，每一道後面都有不同的考驗，颠倒世界、螞蟻人、保镖、殺手，電網；最後一個考驗是讓Neo謹慎選擇之前救出的殺馬特女郎，玩家在這一部分也掌握了類似“佩恩”的引力技能，“萬象天引”。擊敗女巫後，Neo也完成了Merovingian的設定的考驗。
但the Evil Virus 雙子星病毒一直追殺開鎖匠，雙子星病毒就算遭受槍擊也能立刻複原。這時又上演了經典的一幕，Morpheus左手拿刀，右手拿槍牽制雙子星病毒。Trinity及時發動汽車帶着開鎖匠和Morpheus逃離。但雙子星病毒依舊緊追不舍。 Neo随後也向Morpheus的信号位置進發。
Morpheus一行人被雙子星病毒、警察、特工圍追堵截，隻好铤而走險，前往101高速公路尋求生機。
另一邊，從Zion前來協助的Niobe和Ghost ，此時也聯絡到了Link，Link讓Niobe跟着警笛聲，就能找到Morpheus。
但在高速公路上，雙子星病毒和黑衣特工不斷變換攻防、使用各種騷操作追擊Morpheus。Morpheus讓Trinity帶開鎖匠先走，自己留下斷後。黑客帝國名場面就此誕生，Morphesu再次左手拿刀，右手拿槍，一刀逼停了雙子星病毒的座駕，并開槍引爆汽車，送雙子星病毒升天看星星。看到這裡，先知都願稱“Morpheus為黑客帝國第一猛男，帥到掉渣”
Trinity則利用先知的鑰匙，開啟摩托，帶着先知，一人一騎穿梭于車水馬龍之間，終于等到Morpheus前來接應。但Morpheus被黑衣特工發現，隻得在大貨車車頂展開肉搏對決。
Niobe駕車一路追蹤警笛聲，Ghost則用槍不斷射擊追殺Morpheus的警察和特工的車輛 。經過一番追逐，Niobe終于在Morpheus不敵特工，從貨櫃車上掉落時，接住了Morpheus。
在Niobe的協助下，Morpheus一腳踢飛了特工，但反應迅速的其他特工随即駕駛另一輛貨櫃車前來，就在兩輛貨櫃車即将碰撞的千鈞一發之際，Neo似乎是聽到了Morpheus的“愛的呼喚”，及時趕到，以超人之姿救出了Morpheus和開鎖匠。
而此時身處Zion總部的Jason Lock得到了Icarus飛船傳來的消息，先頭部隊的兩艘艦艇已經做好迎戰準備。盡管機器大軍現在遇到了鐵礦石的阻礙，但留給Zion的時間已經不多了。隐藏在暗處的Bane Smith依舊用它的小刀刀在體驗真實的痛苦，現在他的手上已經有三條刀痕了。
為了獲悉開鎖匠所知的關鍵資訊，Morpheus向Logos的Niobe艦長和Vigilant的Soren艦長發出了緊急求援信号。但當Logos的接線員Sparks聽到Morpheus再次發來的求援資訊時，他近乎崩潰了。但Ghost及時喝止了他。聽完Sparks一番牢騷和抱怨的Niobe，還是答應了Morpheus的緊急求援。
脫困的開鎖匠向Morpheus、Niobe、Soren衆人講述了一個重大的秘密。有一棟大樓裡隐藏着通往矩陣源程式的大門，而且他手裡的鑰匙可以大門。但大樓的安保系統十分嚴密，任何警報都會引起爆炸。為了癱瘓大樓的安保系統，必須破壞供給二十七個街區電源的市供電站以及緊急備用電源系統，同時還要求Neo在大門缺乏保護前的三百八十四秒之内建立新的連接配接，方可進入源程式的大門。
Morpheus相信是命運的指引，讓三艦共同協作，是宿命引導着這一切，而今晚将終結人類和機器之間的戰争。
衆人開始分工合作，Niobe和Ghost負責破壞城市供電站，Soren和他的手下Vector、Binary負責切斷後備電源系統，開鎖匠負責打造開門的鑰匙。Morphes則和Neo跟随開鎖匠前往大門。
到了約定切段電源的晚上12點，Niobe和Ghost兵分兩路、裡應外合破壞了城市供電站，但回到真實世界後，接線員Sparks發現許多事情不太對勁。這時Seraph打來電話，說先知有話要告訴Logos的船員。Niobe和Ghost來到Seraph的茶室。一樣的“抱歉”開頭之後，Seraph就動手了。
玩家選擇Ghost或是Niobe進行遊戲時，如果沒有擊敗Seraph，就隻會得到一句“I am sorry,but the Oracle was mistaken. You cannot help us.”無法見到先知，Seraph繼續喝他的大碗茶。若是擊敗了Seraph，就能夠進入先知的房間。
先知與Ghost的對話頗為具哲理，但當先知告訴Ghost，Trinity隻是将Ghost當作哥哥時，Ghost終于感到釋懷并感謝先知；随後先知便将自己源代碼遭到出賣的消息告訴了Ghost，盡管先知事先早就知道，但為了“愛”和“孩子”以及相信“the child will change both our world and your world forever”.先知表示，讓Ghost來并不是讓他去阻止代碼的洩漏，而是在最困難的時刻去做應該做的事。
先知随後問了一句“you still love her, don’t you ?”,Ghost回答“As much as she loves another.”并引用了哲學家Nietzsche尼采關于愛命運的詩句“One must want nothing to be different—not forward, not backward, not in all eternity.Not only bear what is necessary, but to love it.”來回應先知的“That is a hard path to walk.”
先知此時說了一句拉丁語“Amor fati”，并給Ghost發了一張好人卡，說“if somehow we do survive, it the path does continue. I hope it is made by others like you.如果我們以某種方式幸存下來，那麼這條路就會繼續下去。我希望它是由像你這樣的人成就的。”
離開先知房間回到矩陣維修通道的Ghost，碰到了潛伏的Smith，但顯然Smith是想要等Neo的。複制的Smith越來越多，想要抓住Ghost。Ghost也沒有和他們繼續糾纏，奪路而逃。在唐人街一路奔逃的Ghost，終于在Sparks的幫助下，到達教堂脫離了矩陣。
玩家若是選用Niobe擊敗Seraph後，也會進入先知的房間。
先知與Niobe的對話要感性許多。先知告訴Niobe，Merovingian警告和威脅自己，若是選擇繼續幫助Neo，就會幹掉她。而這個選擇也是Niobe需要作的，幫助或不幫助Neo。
先知說Neo現在被困在“between your world and ours”,Trinity能夠去救她，但會她自己會面臨死亡的危險。
Niobe聽完後表示願意提供幫助，而這個幫助也是先知所說的救世主之路的一部分。“The path of the One is made by the many.”每個人都會扮演她該扮演的角色。
Niobe表示需要知道更多的資訊，但先知回答說“The heart never speaks, but your must listen to it to know.You know, Niobe. You always do.”讓Niobe遵循心之訓示。
從先知房間出來的Niobe和Ghost一樣，在唐人街一路逃亡到教堂脫離矩陣。
Niobe和Ghost回到真實世界後，預感到不妙的N iobe立即讓Sparks進行布防。
那麼問題來了，這些一直存在的不妙的感覺是發生了什麼呢？
原來，負責切斷後備電源系統的Soren艦長和手下的Vigilant飛船遭到機器烏賊的襲擊，為了進行警報應對的Axel踩到年久失修的鐵闆，重摔死亡，而鐵闆也間接導緻接線員Jax背刺而亡，但就算沒有這個小意外，随後來襲的章魚炸彈也還是讓Vigilant号全軍覆沒。
晚上12點，市供電站被破壞，開鎖匠也打造好了鑰匙，但後備電源系統啟動了。意識到Soren艦長出事的Trinity不顧Neo行動前的囑咐，隻身一人，騎着她的座騎——飛天摩托，沖向了大樓。Trinity殺進電源控制室，進行中斷系統的操作。
而準時進入矩陣維修通道的Neo、Morpheus和開鎖匠卻遭到了等候多時的Smith的埋伏。玩家可以操控Neo在Morpheus的協助下，在矩陣維修通道擊敗不斷複制的Smith。遊戲将這段打鬥戲分添加了許多枝節，讓玩家能夠感受到時間的緊迫感，與完成任務的急切感。
好在最後一刻電力系統終于被切斷，但開門的開鎖匠命中注定地犧牲了。這一刻不知猛男Morpheus有沒有落淚，但是我落淚了。
Neo拿着開鎖匠的鑰匙，打開了那扇光之門。在滿牆電視都播放着Neo的房間，Neo見到了架構師the Architect。架構師也是一個程式，但他創造了這個矩陣母體。
一切謎底現在都将揭開。起初架構師創造了一個類似伊甸園一樣的完美世界，但這樣的世界很快就崩潰了，因為忽略了人類生而有之的天性，即對未來的希望。沒有追求、沒有動力，也就沒有存在的意義。後來架構師又為新的世界添加了人性這一變量，參照人類的曆史發展，給人類選擇，讓虛拟世界越來越真實，矩陣的人類也生活得越來越像人。
但虛拟世界的系統不管如何更新和完善，總會有一小部分人懷疑世界的真實性，就像《黑客帝國》動畫版中的追求運動和身體極限的短跑運動員，從高樓躍下的Kid，尋找Trinity的偵探等等。 是以為了順應人類的這種思想，先知和架構師就為人類創造了救世主，救世主帶着懷疑世界真實性的人們建立了Zion，但Zion其實也隻是架構師觀察人類的未來走向的研究對象。
Neo前的五位救世主都有一顆悲天憫人的心，想要拯救人類，也會經曆脫離矩陣母體、遇到先知、尋找開鎖匠、進入矩陣母體、回到源程式的流程。但他們最終還是失敗，Zion也被毀滅了五次。而救世主每次重生都會選擇16男7女，再次重建立立Zion，這23個人類應該是對應着人類的23對染色體，象征新生的生命。
根據架構師的解釋以及先前Merovingian一直說Neo之前的救世主也來過就能發現，救世主其實是一個不符合預定規則的系統缺陷程式，也就是通常說的bug。出現bug後，就需要引導程式（也就是先知）進行引導。而當Neo被引導打開大門，回到源程式後，就會面臨選擇。一是回到源代碼，矩陣重新開機，即救世主再次選擇23個矩陣母體的人建立Zion；二是傳回矩陣，而一旦傳回矩陣，系統就會當機，因為出現了不可控的bug。
由于架構師是完美主義者，他難以忍受不斷出現的這種版本更疊後還會出現bug程式（即救世主Neo）的情況。是以在第六代版本，架構師加入了先知所要求的“愛”，使矩陣中的人類擁有了“愛”的情感。
Neo愛上了Trinity，也使得Neo的程式變化越來越大，能力越來越強，同時情感的多樣選擇也使得矩陣情況更為複雜。而為了平衡Neo的存在，架構師也在第六代矩陣中加入了Smith。這也是為什麼Smith一直執着于Neo存在的原因。但由于受到Neo的影響，Smith也從Neo身上獲得了解放，架構師再也無法控制Smith了。
在預定的選擇流程，現在Neo要麼選擇右邊的門，回到源代碼，系統重新開機，重建Zion；要麼選擇左邊的門，傳回矩陣，系統當機，人類滅亡。但此時Trinity為了拯救Neo，隻身前往矩陣，還不幸中彈，即将墜樓而死。這一幕應該也是先知所建構的“愛”之引導。
為了拯救Trinity，同時也想拯救Zion的Neo，相信希望這一人類最強大的力量也是最緻命的弱點， 毅然選擇了左邊的門，化身超人，躲過大樓的爆炸，以無法捉摸的速度就下了中彈墜樓的Trinity。現在矩陣世界是可以說是Neo的地盤，Neo取出了Trinity體内的子彈，還為她徒手做了心髒起搏手術，救活了Trinity。
随後脫離矩陣的Neo告訴衆人真相，救世主的預言隻是一個謊言，24小時後Zion就會毀滅。此時機器烏賊也沒有給Neo他們喘息的機會。機器烏賊攜帶炸彈自曝毀了“尼布甲尼撒号”。其他機器烏賊前來追擊，但感覺已經不一樣的Neo右手一伸，用意念擋住了來襲的烏賊，随後昏睡了過去。
好在“the Hammer”号飛船及時趕到，救援了Morpheus小隊。
在一些電影字幕裡面，the Hammer号會寫成Mjolnir，中文翻譯就成了“米覺尼号”。熟悉漫威宇宙的觀衆應該會比較熟悉，“雷神之錘”，這個詞确實也源自北歐的古斯堪的納維亞語系。
但大家可能還會有疑問，為什麼這麼巧the Hammer号飛船會出現在這裡？
我們将時間線撥回到晚上12點“三艦同盟”共同行動前。
潛伏在 Caduceus号飛船的Bane Smith幹掉了艦長Ballard和大副Malachi，發射了Caduceus号的EMP電磁脈沖波。由于此時部署的艦隊還沒有整備到合适位置，五艘戰艦瞬間被擊潰。當機器烏賊進攻過來時，就演變成了一場大屠殺。
嗦粉研究室根據遊戲以及電影的劇情細節推斷，被摧毀的這五艘艦艇應該是the Icharus、the Novalis，the Caduceus，the Gnosis和the Vishnu，關于這些艦艇以及船上的成員，我們會單獨做一期内容來解析。
好在the Hammer号當時在EMP的射程範圍之外，幸免于難。随後the Hammer号在搜尋幸存者時，就發現了Bane Smith。是以在黑客帝國2的結尾，Bane躺在Neo的對面，一起接受治療。
黑客帝國3的劇情緊接着第二部，因為當時導演是一起拍攝的，隻是長度過長，分成了上下集。
第三部影片一開頭，就是the Hammer号搜尋Niobe和Ghost的下落。那麼已經完成城市供電戰破壞任務的Logos号發生了什麼狀況呢？
在Enter the Matrix的遊戲中，若是玩家沒有擊敗Seraph，則會直接接上遭遇機器烏賊襲擊的劇情；而玩家擊敗Serpah，會觸發與先知見面，然後在唐人街逃離Smith追捕的劇情。回到真實世界的Niobe和Ghost，會先讓Logos号做好戰備工作,暴躁小哥Sparks再發一頓牢騷後,進入遭遇機器烏賊襲擊的劇情。
當然在駕駛大師Niobe與武器大師Ghost的配合下，射爆了讓“尼布甲尼撒号”和“Vigilant号”毀滅的章魚炸彈，同時憑借Logos出色的航行速度，也暫時擺脫了追擊的機器烏賊。最後被逼入絕境的Logos号利用僅存的能源發射了一發EMP，再次脫險。遊戲Enter the Matrix也在Niobe和Ghost等待救援中畫上了句号。
好了，将我們的視線再次轉回the Hammer号，想要知道Neo下落的Morpheus，接到了Seraph打來了電話，說先知有話要講。
很奇怪，Morpheus和Trinity沒有經過Seraph的“抱拳敬茶”就直接見到了先知。
細心的觀衆會發現先知換人飾演了，這是因為之前飾演先知的演員Gloria Foster因為糖尿病去世了，換了新的演員Mary Alice。是以之前見過先知的Trinity才會表示疑惑問她是誰。
當然電影中先知也暗示了相貌發生變化的緣故，應該是要逃避Merovingian或Smith的追殺。因為在Enter the Matrix遊戲中，先知與Niobe和Ghost見面時就提過自己已經被信任的程式出賣的資訊。而且先知若是選擇幫助Neo，那麼Merovingian一定會都讓她付出沉痛的代價。
先知告訴Trinity，“He is trapped in a place between this world and the machine world”Neo現在被困在這個世界與機器世界之間的某個地方。注意先知的表述，她并沒有說是在真實世界和矩陣世界之間，也就暗示我們所認知的真實世界是真僞存疑的。
而一個為Merovingian工作，名為Trainman火車人的程式掌握着這兩個世界的連接配接。現在Morpheus和Trinity要做的就是盡快找到Neo。
先知讓Seraph帶領他們去找火車人， 在列車上，一個蓬頭垢面的人又出現了。他就是那個Niobe和Ghost救出Vigilant号的Axel後，出現在地鐵站的人，嘴裡還念叨着“Zion隻能剩72小時了”。
火車人很驚慌地逃跑，Seraph三人緊追不舍，在算準列車經過的時間後，滿手戴着表的火車人還是跑掉了。
另一邊，Neo在一個名為“Mobil Ave”的火車站台醒來，看到了一個印度裔的小女孩Sati，并得知這裡是火車人的地盤。随後Neo見到了先前在101層餐廳看到的印度人父親Ramakandra和他的妻子Kamala，他們都是程式，Kamala是第一個由AI自動編寫出來的程式，而Ramakandra是第六代矩陣中第一個獲得人類情感的程式。
Ramakandra去見Merovingian就是為了讓女兒Sati生存下去，但Merovingian隻保證Sati不被删除，Rama需要借助火車人将Sati送到先知那兒，拜托先知照顧。而這也是先知之前見Niobe和Ghost所說的“愛”與“孩子”，他們是未來的希望。
火車人雖然被Seraph三人追逐晚點了一會兒，但還是到站接走了Sati。Neo想乘機無票上車，被火車人一拳擊飛。
為了救出Neo，Seraph三人隻得去找火車人的老闆Merovingian。一行人幹掉數名保镖後，持槍來到燈紅酒綠的夜總會找Merovingian談判。
Merovingian提出要用先知的雙眼來交換Neo。顯然這是不可能的，談判破裂。Trinity抓住機會用槍抵住Merovingian的頭，場面瞬間被Trinity的一條槍控制下來。
就在Neo想要用意念嘗試逃脫時，談判成功的Trinity來接Neo了。得救的Neo感覺自己有很多的困惑，于是又找到先知，想知道這些問題的答案。也Neo不僅見到了樣貌改變的Neo，也見到了已經被火車人送到的Sati。
Neo想要知道選擇的結果，但先知也無法回答。讓Neo know yourself。但先知告訴Neo，自己看到了末日将要來臨。為了平衡Neo而存在的Smith，現在已經脫離架構師的控制，力量和權限越來越大的Smith不久就會毀滅一切，隻有Neo能夠去阻止他。
Neo走後，先知剛讓Sati跟随Seraph離開。Seraph剛帶着Sati出門，就發現Smith殺到了。就算東躲西藏還是被抓住。
沒有Seraph保護的先知也被Smith複制融合了，Smith進化成了先知Smith，獲得了預知未來的能力。也許是看到Neo被自己打敗的未來，Smith發出一陣邪魅狂笑。
另一邊，回到飛船的Neo需要處理一下剛剛得知的海量資訊。此時如同Neo的回歸一樣，Bane Smith也醒了過來，但他說之前Caduceus發生的一切都想不起來了。詢問無果的Roland艦長也隻好讓Maggie醫師嘗試用藥物讓Bane恢複記憶。
搜尋了許久的the Hammer号也終于找到了等待救援的the Logos号，Niobe、Ghost和Sparks也得以獲救。見到Morpheus的Niobe告訴他，自己也已經知道了想要知道的資訊。
Zion總部的議會此時也在商讨僅剩12小時的作戰計劃，一是需要破壞不斷挖掘的鑽頭，二是要組建盡可能多的志願軍進行Zion的防禦部署。
Zion基地的所有人都在為戰争做着準備，Tank的妹妹Zee在制造彈藥，崇拜Neo的Kid也謊報年齡加入了志願軍。
結束搜救工作的the Hammer号，Roland艦長與衆人商讨回防Zion的計劃時，一直閉門思考的尼奧終于走了出來。他提出想要一艘飛船前往機器之城，和機器談判徹底終結戰争。所有人都覺得這個主意就是在自殺，因為從來沒有人能夠到達機器之城。但Niobe相信Neo，表示願意将Logos号交給Neo去完成這個不可能的壯舉。
看到如此深明大義、冷靜機智的Niobe，Morpheus也深感觸動。The Hammer号采用Niobe的兵行險招利用維修管道回防Zion，the Logos号則前往機器之城，兵分兩路。
但就在在Neo和Trinity準備出發時，Bane Smith殺害了一直救治和照顧自己的醫師Maggie，随後還摸進Logos号挾持了Trinity。在Neo與Bane的打鬥中，Neo的眼睛也被弄瞎了。但這時Neo感覺自己不用眼睛也能夠看見Bane，發現了他被Smith附體的真相，最後終于用一記漂亮的本壘打幹掉了Bane。
此時機器烏賊也已經攻到了錫安，機器鑽頭突破了Zion的防禦外牆，嚴陣以待的APU部隊在Captain Mifune振奮人心的鼓舞下，與機器烏賊 在空港展開了殘酷的殊死搏鬥。Threezero之前在2015年 2月16日推出過一款1:12的APU玩具，喜歡黑客帝國和機甲的朋友可以去收藏一下。
人類依靠巨大的APU機甲戰士和機器烏賊進行着你死我活的戰鬥，蜂擁而至的機器烏賊化身巨龍侵蝕着為數不多的APU機甲；Charra和Zee也用雙彈火箭筒在一旁進行輔助，破壞了一個機器鑽頭，不過被發現行蹤的Charra還是犧牲了。
所有人類都在為自身的生存而戰鬥着。但機器大軍依舊不停歇、無差别地進行攻擊。一直在維修通道航行的the Hammer号，在Niobe和Morpheus的駕駛與全體船員的分工合作下在朝空港3号口進發，為了守住3号門，Captain Mifune以一己之力抵擋成千上萬的機器烏賊，但不幸犧牲了。這一幕堪稱黑客帝國最為悲壯的一幕，沒有之一。
繼承了Captain Mifune遺志的Neo小迷弟Kid，駕駛APU在門口繼續堅守着，嘗試擊碎平衡錘。在Kid在Zee電磁槍的協助下，終于打開了大門。随後The Hammer号用EMP挽救了即将失敗的戰局。
但還沒有給幸存太多喘息的機會，更多的機器烏賊已經殺到。指揮官Lock隻好下令放棄空港，全體撤退。
Morpheus、Niobe和Roland三位艦長給議會衆議員解釋情況，但面對不斷襲來的機器大軍，大家現在隻能将唯一的希望寄托在Logos和Neo身上。
與此同時，Neo和Trinity也在向着機器之城進發。Neo利用自己的超能力殺出一條血路，但在不斷襲來的機器烏賊猛烈攻勢下，Logos号飛船隻能向天空進發。Logos号穿越遮蔽了天空的黑暗雲層，Neo和Trinity第一次見到了光明溫暖的太陽。随後失去能源以及破損嚴重的Logos号，以Trinity被機器爪貫穿，付出生命的代價，終于到達了機器之城。
Neo無法拯救心愛的人，但他還要拯救世界。
Neo和機器之城的機器之主開始談判，Neo向機器之主講述了Smith的可怕之處，若是不阻止Smith，不管是人類，還是機器世界都會遭到滅頂之災。最後機器之主與Neo達成協定，以消滅Smith為條件換取Zion的和平。
機器之主連接配接Neo，讓Neo進入了矩陣世界。在暴雨淋漓中，Neo和Smith展開了驚天動地的最後決戰。玩家可以在遊戲中操控Neo如同超人一般在空中格鬥、飛行和跳躍和Smiht進行決鬥。他們兩人如同鏡子的自己一般，也和兄弟一樣，他們上天入地，使出各種招數，迎接生命的最後目的，死亡。“The purpose of life is to end.”
最後Smith以一招隼龍的絕技“飯剛落”結束了戰鬥。一切似乎終于要完結。Smith也認為這就是獲得先知預言之力看到的結局。
但Smith嘴裡突然冒出一句似乎是先知說的話。“Everything that has a beginning has an end, Neo”因為Smith一直都是叫Neo的真名，Mr. Thomas Anderson.
Neo再一次站了起來，這次Neo沒有反抗，自願讓Smith進行複制融合。但無法承受Neo救世主之力的Smith，開始連接配接爆炸毀滅。
但在遊戲中，Neo并不是等着被Smith複制融合，而是再次奮起反抗。而Smith也不再小打小鬧，集合所有的Smith，化身成了一個巨大的“變形金鋼Smith”。最後Neo也以超人之姿沖向Smith，同歸與盡。
消滅了無窮無盡的Smith，機器之主讓機器大軍撤退。Zion的群眾也終于迎來了人類與機器戰争的和平。
随後“we are the champion”歌聲響起，遊戲結束了。
矩陣世界恢複了正常，架構師也與先知進行了充滿意味的對話。
關于最後的這一部分，我們進行一下解讀。由于第六代矩陣加入了先知編寫的情感程式以及“愛”。不符合預設規則的Bug程式Neo獲得了“愛”，做出了不一樣的選擇，而本該是為了平衡Neo存在的Smith，也在Neo的影響下開始不斷強化，想要擷取更多的自由，強大的Smith已經占據了矩陣空間，而當本身就是Bug存在的Neo選擇與Smith融合，就讓Bug進行了系統消除，不再出現bug。
這樣，機器世界與Zion的人類世界就可以在自己的空間進行運轉，不再互相攻擊，而是和平共處。影片結尾架構師和先知的對話，其實就是架構師問先知這兩個程式能夠持續運轉多長時間？但先知也不知道程式什麼時候還會出現bug，再次需要Neo。而對于那些希望自由的人，架構師說讓他們自由選擇。那麼也就是架構師不再讓機器世界與人類世界設限，這兩個世界的人可以選擇自由流動，也就是讓矩陣世界的運作規則發生了變化。
和平會持續多久沒有人會知道，但世界會變得更好嗎，這是肯定的。
在Path of Neo遊戲的結尾前，導演沃卓斯基兄弟也惡趣味了一把，他們在結尾化身矩陣人，以不斷加速的語速說了一段以下的話。
: Hi, I'm Andy Wachowski.
: And I'm Larry Wachowski.
: Or rather, these are the digital projections of our mental selves.
: First of all, congrats on reaching the final stage of this game. You kick ass.
: Yes, we salute your excellence in the gaming field.
: Now, the real reason we are here is to discuss the big problem we faced in turning these three movies into a video game. You see, at this point in the story, Neo stands on the verge of satori, ready to resolve the paradox of choice and choicelessness, of free will versus fate, but that can only be achieved through an act of surrender, which occurs after he has abandoned the perspectival nature of truth, accepting the totality of present consciousness which ultimately allows an evolutionary transition, transcending the Cartesian dilemma through the emergence of delimited spirit, which then provides the world with the choice of a third path, the path of Neo, the path of peace.
: You promised you wouldn't do that.
: Shit. Sorry.
: I think what my brother was trying to say is, at this point, it's martyr time. Well, maybe that works in a movie, but in a video game, the Jesus thing, is well...
: Lame.
: Really lame. If you're like us, then right now, you are ready for fifteen minutes of sweaty-palmed, button-pushing, action to kick the crap out of some big, bad-assed, boss!
: So we suggested to Shiny that we change the ending.
: We thought it be cool after Smith rose up, screaming, "It's my world," the other Smiths jumped onto him, merging into one massive, monster, Mega-Smith.
: So, if you're ready, it's time for a little Hulk versus Galactus action.
: Good luck.
: You'll need it!
: And enjoy enlightenment!
這段對話似乎揭示了與電影不一樣的結局。我們下期再來讨論一下黑客帝國電影、遊戲、動畫中的那些充滿隐喻和富有哲理的話。
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這裡是嗦粉研究室，我們下期再見。