後金的建立、發展和壯大，并不隻是威脅到明朝的安危，還威脅到蒙古的統治。
蒙古在成吉思汗時期走向統一。元朝建立之後，皇朝的皇帝又是蒙古帝國的大汗。元朝滅亡後，元順帝帶領部分軍隊北遷，撤退到蒙古高原，這個政權史稱“北元”。由于統治力量的衰微，蒙古内部發生分裂，逐漸形成了四大部落。其中，護衛大汗的軍隊的部落稱之為“察哈爾”，察哈爾部逐漸發展成蒙古四大部落之一。努爾哈赤建立後金時，察哈爾部大汗是林丹巴圖爾，人稱林丹汗。
努爾哈赤很重視與蒙古的關系，采取一面打擊一面拉攏的政策，力量小的部落直接采取武力消滅，力量大的則通婚和好，願意歸順的則依舊讓他們統治本部落。到皇太極繼位，大部分蒙古部落都歸順後金，勢力較大的隻剩下察哈爾部了。
林丹巴圖爾繼承汗位時才13歲，他對政局控制很弱。但是，林丹巴圖爾這個人很努力，決心很大，勵精圖治。繼位十年之後，他的威望才逐漸建立起來。察哈爾部蒙古與明朝、與後金的關系時好時壞。林丹汗三次帶兵劫掠明朝邊境，為的是搶劫物資。但是他又不敢完全惹怒明朝。努爾哈赤起兵進攻明朝，明朝讓林丹汗進攻後金，承諾給他們豐厚的賞金。經過協商，明朝答應每年給林丹汗賞銀4000兩（後來增加到4萬兩），林丹汗則協助明軍守衛廣甯城。
林丹汗“聯明抗金”的政策，激怒了努爾哈赤，察哈爾部與後金關系交惡。
皇太極繼位後，為了穩定後方，騰出手來與明朝決戰，決定徹底解決蒙古察哈爾部問題。于是，皇太極三次對林丹汗用兵。
下面，咱們就詳細聊聊這三次用兵。
第一次，發生在1628年二月。皇太極為了進一步削弱察哈爾部的力量，數次派人策動喀喇沁部歸順後金，但是，他派出去的人都被察哈爾部所屬的多羅特部人給截殺了。皇太極便以此為借口，于1628年二月親自率領大軍征讨察哈爾部。皇太極命多爾衮和多铎為先鋒，襲擊多羅特部，俘虜一萬餘人。原本親近察哈爾部的喀喇沁部派遣使團與皇太極結盟，表示願意歸順皇太極。
第二次，發生在1628年九月。為了進一步打擊察哈爾部，皇太極又分指令歸順各部派出人馬，約定日期，一起進攻察哈爾部。進攻當天，皇太極統領聚集的大軍，趁着夜色攻入察哈爾部的錫爾哈錫伯圖、英湯圖等地，打敗察哈爾部軍隊，俘獲了大批牲畜和人口。
第三次，發生在1632年四月。這次用兵，是規模最大的一次。皇太極對察哈爾部志在必得，希望一舉滅掉察哈爾部，一次性解決蒙古問題，穩定後方。
1632年三月，皇太極約定日期，傳令歸順後金的蒙古各部率兵會攻察哈爾部。四月初一這天，皇太極率大軍離開沈陽，開始西征林丹汗。四月十六日，皇太極召開了一次大會，相當于是一次推進會。會上，皇太極嘉獎了踴躍遵命之貝勒，對怠慢、不遵指令予以訓斥，并進一步明确了進攻路線。會後，皇太極下令，各部要日夜兼程，直取林丹汗住地，一舉蕩平察哈爾。
但是，這次大規模進兵，保密工作做得不紮實。有兩個歸順後金的蒙古人偷偷跑出軍營，騎馬飛奔，向林丹汗通報消息。林丹汗得知這個消息後，大驚失色。他知道皇太極這次是要徹底消滅察哈爾部，是以他不打算和皇太極硬拼，為了儲存實力，他決定逃跑。林丹汗急忙指令部隊聚集，并派人将呼和浩特的人民和牲畜聚集起來，棄城而逃。
四月二十二日，皇太極的大軍越過興安嶺，行軍已達一千三百多裡（從沈陽算起）。但是，卻連一個察哈爾人也沒看到。得知察哈爾的逃跑路線後，皇太極下令大軍全力追擊，務必要俘虜林丹汗。後金大軍窮追林丹汗41天，但是仍舊沒有追上。五月下旬，後金大軍進駐呼和浩特。皇太極得知林丹汗已南渡黃河而去，由于後金“馬疲糧竭”，皇太極下令停止追擊。後金大軍沿着呼和浩特城一帶劫掠牲畜和人口，“歸附者，編為戶口”。
這次征戰，不但打擊了察哈爾部，還讓明軍狠狠丢了一次臉。
原來，在後金大軍的打擊下，一些沒能跟上大部隊的蒙古人逃入明朝的沙河堡内躲避。
皇太極派人到沙河堡内要人。面對明朝邊将，皇太極口氣非常硬，他說：“我北征察哈爾，窮追四十一日……近聞察哈爾所遺人畜财物，為爾等收留，當一一歸還于我。否則，自取禍患。”
明朝這邊什麼反應呢？守将不但不予以駁斥，反而按照皇太極的訓示，把逃到沙河堡内的蒙古人和所攜帶的财物全部送給皇太極。不但如此，還将原本計劃賞賜給林丹汗的财物也送給皇太極。
明朝守将還與皇太極議和，約定雙方通商，明朝這邊向皇太極贈獻黃金、白銀千餘兩，蟒緞、布匹數千匹，茶葉數千包。
通過這件小事，足以看出，大明和後金，已經攻守易行了。後金已經占了上風。
六月二十四日，後金大軍紮營于張家口外，“列三十營，聯絡四十裡”，規模盛大。皇太極在這裡召開總結會，各軍報上俘虜的人口和牲畜數量，總計“十萬有餘”。皇太極認為此戰目的基本達到，遂統軍東返，于七月二十四日回到沈陽。
皇太極通過三次用兵，使得蒙古察哈爾部土崩瓦解。林丹汗率殘部逃往青海，于1634年（天聰八年）病死。林丹汗的兒子額哲于1635年（天聰九年）歸順後金，并把蒙古帝國的傳國玉玺交給皇太極，蒙古帝國滅亡。來自北方的威脅被全部消除，後金可以專心進攻大明朝了。
皇太極得到蒙古帝國的傳國玉玺後，非常高興。第二年（1636年）三月，漠南蒙古十六部四十九個大小領主齊聚沈陽，承認皇太極為汗，并奉上“博格達·徹辰汗”的尊号。皇太極很開心，認為自己的功業已經超越了父親，于是他下令改國号為清，改元崇德。