蒙古黃金家族其實有廣義和狹義之分：廣義的黃金家族是指成吉思汗家族的後裔；元朝建立後狹義上黃金家族是指托雷甚至是特指忽必烈一系的後裔。盡管廣義的黃金家族是指成吉思汗家族的後裔，但他們并不一定都是成吉思汗的直系後裔。黃金家族的曆史并非始于成吉思汗，而是始于成吉思汗的十一世祖母阿蘭。這意味着成吉思汗的兄弟、堂兄弟都是黃金家族的後人。
簡單來說成吉思汗的直系後代一定是廣義的黃金家族後人，可廣義的黃金家族後人不一定是成吉思汗的直系後代，因為廣義的黃金家族的後人也完全可能是成吉思汗的兄弟、堂兄弟繁衍下來的。《蒙古秘史》中對黃金家族的世系是這樣記載的：漠北草原的蒙兀室韋部落中誕生了涅古斯和乞顔兄弟二人。前者的後裔繁衍成為蒙古答兒列斤氏族，而後者的後裔則繁衍為乞顔氏族。
十四世紀用波斯文寫成的《史集》一書中曾記載：涅古斯和乞顔兩個氏族一度被草原上的突厥部落打敗，僥幸逃出的兩男兩女逃到額爾古涅昆（額爾古納河畔山嶺）一帶居住下來。他們在這裡生息繁衍世代相傳。這個傳說裡的“額爾古涅昆”就是流經呼倫貝爾草原的額爾古納河。額爾古納河是以被蒙古族人民視為母親河。如今内蒙古東北額爾古納市建立“蒙古之源·蒙兀室韋文化旅遊景區”。
蒙兀室韋的涅古斯和乞顔兩個氏族在額爾古納河流域生息繁衍。乞顔氏族的孛爾隻吉岱蔑爾幹成為氏族首領後正式将自己的部族命名為蒙古部。公元8世紀後人口不斷增長的蒙古部不得不向外遷徙。這時蒙古部已繁衍出70個分支了。孛爾隻吉岱蔑爾幹的後人朵奔蔑爾幹和妻子阿蘭生育了兩個兒子，誰知奔蔑爾幹死後阿蘭又生了三個兒子，這事引起了兩個大兒子和氏族内部親戚之間的懷疑。
阿蘭說這後邊的三個兒子是她與一個金黃色天神的後代，是以這三個兒子的後人就被稱為純潔出身的黃金家族。三個兒子的後人分别演化成為後來的孛兒隻斤氏、主兒乞氏、泰赤烏氏。這三個兒子中最小的孛端察兒蒙合黑就是成吉思汗的十世祖。1206年春出自黃金家族孛兒隻斤氏的鐵木真統一蒙古草原諸部後被尊奉為成吉思汗。統一的蒙古汗國建立後開始向四面八方擴張。
蒙古帝國全盛時期的疆域東起太平洋，西抵歐洲多瑙河流域，向北最遠可能一直延伸到北冰洋，向南則一直延伸到曾母暗沙。蒙古帝國的疆域面積高達3300萬平方公裡，是人類曆史上僅次于大英帝國的疆域面積遼闊的大帝國。在蒙古帝國的擴張征服過程中術赤、察合台、窩闊台、拖雷等各藩王手中無不握有龐大的領土和強大的軍隊。這就為蒙古帝國日後的分裂埋下了隐患。
以蒙古的人口統治如此偌大的國土，加之蒙古本身才剛從原始部族過渡而來。盡管他們能馬上取天下，然而卻未能使帝國各地建構起統一的政治經濟聯系，是以當他們面對人口比自己多得多、文明也更為先進的民族時迅速和當地人口出現了融合迹象：西征的蒙古人絕大多數同當地的突厥人融合并皈依了伊斯蘭文明。與此同時蒙古黃金家族内部的争權奪利更加劇了蒙古帝國分裂解體的程序。
成吉思汗的次子察合台和三子窩闊台認為長子術赤并非成吉思汗親生，是以在窩闊台繼任大汗後察合台系和窩闊台系就聯手排擠術赤系。這時成吉思汗幼子拖雷的兒子蒙哥主動向術赤之子拔都示好。實際上後來在蒙哥就任大汗一事上拔都出力甚多，坐上汗王之位的蒙哥投桃報李予以拔都相當的自治權，拔都建立的欽察汗國實際上成為一個相對獨立的政治實體。
公元1260年蒙古汗國的開創者成吉思汗的孫子忽必烈在開平（今内蒙古正藍旗）即大汗位。11年後忽必烈接受漢族幕僚的建議：頒布即位诏書稱皇帝以示自己的正統王朝統治者身份。忽必烈的政治志向遠超其兄蒙哥、其父托雷：他企圖變革蒙古汗國的國家體制——他不僅要做蒙古帝國的大汗，還要做中原正統封建王朝的合法繼承人。忽必烈這一行為引發了帝國政壇的大地震。
忽必烈仿行漢制建元稱帝的做法令主張維持蒙古舊俗的保守勢力感到了深深的憂慮，于是他們在蒙古本土召開忽裡勒台大會選舉忽必烈的幼弟阿裡不哥為大汗。這樣一來蒙古帝國就同時出現了兩位最高統治者：一個是仿照漢制登基的忽必烈皇帝，一個是蒙古本土貴族選舉出來的阿裡不哥大汗。此後由于權力和意識形态之争忽必烈與幼弟阿裡不哥進行了長達四年的汗位争奪戰。
在這一過程中窩闊台系和察合台系均站在阿裡不哥一邊與忽必烈為敵，隻有忽必烈的親弟弟旭烈兀建立的伊爾汗國站在忽必烈一邊，而這其實是忽必烈承諾給予其更多自主權而争取到的。戰鬥力彪悍的蒙古人卻缺乏一套使帝國各地聯接成為一個整體的行之有效的政治經濟制度，以緻于當他們面臨人口比他們多、制度文化也更為先進的文明時很快就被同化了。
在蒙古西征的過程中所接觸到的突厥系民族本身也是遊牧民族，和蒙古的習俗差異還相對較小，是以蒙古貴族對突厥化還勉強可以接受，然而忽必烈仿照中原漢制建元稱帝就強烈刺激了主張維持蒙古舊俗的保守勢力。作為統治者的蒙古黃金家族内部進行了曠日持久的内戰。當内戰結束後蒙古帝國作為統一的政治實體已不複存在，取而代之的是元朝以及窩闊台汗國、察合台汗國、欽察汗國、伊爾汗國四大汗國。
從這時起黃金家族就有了廣義和狹義之分：廣義的黃金家族是指阿蘭老祖母與天神繁衍的三個兒子的後代；狹義的黃金家族特指元朝忽必烈一系的後代，而四大汗國的後裔則不屬于狹義的黃金家族。公元1368年明太祖朱元璋派遣徐達、常遇春等人率軍北伐攻克元大都（今北京）。元順帝逃回漠北草原後脆弱的遊牧經濟已不足以支撐忽必烈仿照中原漢制建立的大一統帝國。
這一時期蒙古貴族對黃金家族的離心傾向開始日漸增長。很快蒙古草原就重新回到了成吉思汗統一之前的諸部割據狀态。在蒙古各部的割據混戰過程中各部落形成了錯綜複雜的聯盟體系。這些部落聯盟經過分化組合逐漸形成了鞑靼和瓦剌兩股主要勢力：瓦剌主要是當年被成吉思汗征服後被蒙古人同化的突厥系部落組成；繼承了成吉思汗黃金家族正統的鞑靼仍延續着“元”這一國号。
北元的帝系傳到達延汗一代時曾有過短暫的中興，可草原脆弱的經濟确實無力支撐一個龐大的帝國，而此時屹立中原的明王朝作為一個大一統帝國也不是當年的金國、西夏、南宋所能比的。是以達延汗的中興最終成了鏡中花水中月。達延汗臨終時遺命以長房長支的察哈爾部為黃金家族嫡系繼承大元朝的帝位。1632年黃金家族嫡脈察哈爾部的林丹汗被後金皇太極擊敗。
1635年林丹汗的兒子額哲于帶着元朝的傳國玉玺投降後金。1636年漠南蒙古十六個部族的四十九個王公擁戴皇太極為可汗，同年皇太極仿行漢制稱帝，改後金國号為清、改女真族名為滿洲。至此元朝的帝位相當于被禅讓給了清朝，而北元帝室則被降封為察哈爾王。到了康熙年間林丹汗之孫布爾尼舉兵起事意圖恢複大元天下，但僅僅兩個月左右就被滅亡。
戰敗之後的北元帝室被清朝滅了三族。至此傳承五百年的大元帝系終結，可這并不意味着黃金家族的曆史就此終結。我們在上文中已提到傳承着北元帝系的察哈爾部隻是黃金家族的長房嫡系。這就好比唐朝滅亡後朱溫大肆屠殺李唐宗室，可你能說李淵、李世民沒後人活下來嗎？唐朝享國的二百八十九年間皇室子孫繁衍何其之多。朱溫所殺的隻是和當時的唐朝皇帝血緣關系密切的宗室子弟。
至于那些和皇室的關系得一直追溯到李淵、李世民的疏遠旁支早就和皇室出了五服、散落民間。朱溫總不能把民間所有姓李的人全都給殺了吧？蒙古黃金家族被滅族這件事其實也一樣：被滅的是傳承黃金家族曆代祖先祭祀的嫡系，至于黃金家族的分支旁系很多都一直繁衍到了今天。事實上清朝的蒙古王公或多或少都有黃金家族血統：除了科爾沁王是成吉思汗二弟合撒兒的後代以外其他王公多為成吉思汗的直系後代。
更何況當年與元朝分家的蒙古四大汗國曾統治過如今的中亞、西亞、東歐等地，是以如今黃金家族的後代散布在很多國家。忽必烈的弟弟旭烈兀的後裔現在就廣泛分布在西亞、中亞。哈薩克斯坦以前的王室兀布拉家族就是黃金家族的末裔：術赤的後人克列在公元15世紀開創了哈薩克汗國。是以以金帳汗國為源頭的哈薩克汗國的王室子孫也是黃金家族的後代。
時至今日哈薩克汗國王室的後裔依然存在。美國學者杜磊曾在1996年發表的一篇論文中提到一位在土耳其定居的哈薩克人的經曆。這位哈薩克人對自己家族的曆史是這樣描述的：我們是哈薩克牧民的領袖、偉大的成吉思汗的後人。我們知道自己的譜系。這是在穆斯林的身份以外我們所時刻牢記的最要緊的事。和哈薩克汗國一樣同屬金帳汗國系統的喀山汗國、克裡米亞汗國的統治家族自然也是出自于黃金家族。
其餘的金帳汗國後裔——西伯利亞和中亞的昔班尼、阿斯特拉罕王族則遍布了歐亞。具有蒙古血統的俄國第一代沙皇伊凡雷帝曾象征性禅位于出身黃金家族的謝苗•别克布拉托維奇大公，一年後再由謝苗•别克布拉托維奇大公再次禅位給自己。伊凡雷帝以這種形同兒戲的方式獲得了金帳汗國的帝位并自稱“蒙古白帝”。這一頭銜也和“羅馬大帝”一樣被日後俄國的曆代沙皇所繼承。
值得強調的是黃金家族在統計後裔時要求必須以父系血統為準，母系血統不能算作黃金家族。14世紀蒙古巴魯刺思部貴族帖木兒在推翻西察合台汗國後創立了帖木兒帝國，但他并非黃金家族的直系男嗣。帖木兒的後代巴布爾在印度建立了印度曆史上最後一個封建王朝——莫卧兒王朝。由于莫卧兒王朝的黃金家族血統是來自母系，是以一般并不将莫卧兒王朝視為黃金家族後裔。
同樣俄羅斯在被蒙古人統治時期也存在羅斯王公與黃金家族聯姻的現象。俄羅斯的沙皇家族就有黃金家族血統，可一般同樣不将俄羅斯皇室視為蒙古黃金家族的後裔。俄羅斯皇室在與德國、法國、英國等歐洲國家的政治聯姻中又把黃金家族的血統傳到了這些國家。就連如今的英國王室都有成吉思汗的血統。據統計全球目前至少有1600萬男性與成吉思汗有血緣關系。