上次我們說到劉裕投軍後做了冠軍将軍孫無終的親兵司馬。在公元396年，東晉安帝司馬德宗繼位，曆史記載安帝愚笨，不擅言辭，而且還不分四季，這樣的人做皇帝，朝廷不亂才怪，他爹孝武帝司馬曜通過淝水之戰才把士族手裡的軍政大權弄到手，到這個傻兒子的時候，又給丢了出去。
看到皇帝這個鬼樣子，朝内大權被權臣所掌握，朝外各地将軍擁兵自重。是以在安帝上位的第二年，東晉朝廷就開始出現内亂了，兖州刺史王恭和豫州刺史庾楷因對尚書左仆射王國寶不滿而領兵造反。東晉朝廷為了平亂，不得不殺了王國寶以息衆怒。可是王恭等人依然領兵反叛，大軍一路攻打到了東晉首都建康。
所謂亂世出英雄，原本劉裕在冠軍将軍孫無終那裡幹的好好的，各地出現反叛後，在浙江一帶的道士孫恩，也準備起兵反抗東晉。東晉時期五鬥米道教傳播迅速，孫恩接管五鬥米道教後，依仗自己信徒多，也想給自己建立基業。孫恩的起義可謂是一呼百應，道家影響力太大了，以至于後來的南朝有了這次教訓，開始打壓道家信佛教去了。
孫恩的起義也震驚了東晉朝廷，而且孫恩率領起義軍攻陷會稽城，朝廷立馬派了當年在淝水之戰中有過人表現的大将劉牢之前來平叛。孫無終不想埋沒劉裕的才幹，就向劉牢之推薦了劉裕，于是劉裕就投靠在了劉牢之的麾下，有了上前線作戰，建功立業的機會也有了，到了劉牢之軍中的劉裕做了參軍的職位。
劉牢之帶領大軍來後，派遣劉裕帶人去察看敵方軍情，劉裕帶了幾十個人領命而去，卻不想在半路遇到了上千人的起義軍。大晚上的碰到了，跑也跑不了，那還能怎麼辦，打呗！于是劉裕帶領這幾十個人就和人家的上千人戰在一起。身邊的同伴一個個都倒下了，劉裕手握長刀，在敵軍中殺的是七進七出，完全不知道自己已經被包圍了。
正當劉裕殺紅眼的時候，劉牢之得知劉裕正和起義軍混戰，立馬派了他的兒子劉敬宣率領騎兵主力前來支援劉裕。義軍被擊潰，劉裕帶領部分士兵乘勝收複孫恩占領的山陰，孫恩兵敗坐船逃到了海上。劉牢之随即回師鎮守京口，劉裕以一擋百，作戰勇猛也得到了劉牢之的誇獎，等鎮壓叛軍回朝後，向朝廷表明劉裕的功勞。
劉裕在軍中也有了一定的威望，第二年也就是公元400年，孫恩又糾結信徒，乘機攻占了會稽，并殺了守衛會稽的衛将軍謝琰。朝廷委派劉牢之為鎮北将軍、都督會稽五郡，再次率部東征孫恩。孫恩不敵逃走，劉牢之率領大軍進駐上虞，并派劉裕繼續追殺孫恩。沒想到孫恩悄悄帶領十萬大軍進攻京口，劉裕帶領不足一千人前去阻擋，劉牢之随即回師支援劉裕。
孫恩的前鋒部隊與劉裕相遇，劉裕一馬當先，勇猛無敵，很快孫恩的前鋒部隊被劉裕擊敗，孫恩又聽劉牢之率領大軍來援，于是撤退。劉裕奉命駐紮在句章城，也就是現在的甯波，劉裕駐紮句章城後，由于城牆矮小，士兵也隻有數百名，還要防止孫恩的偷襲，是以劉裕常常披堅執銳，每次孫恩部下來襲，劉裕都是身先士卒，每戰都沖鋒在前，孫恩多次攻打無效後，這才退回浃口。
孫恩久攻句章城不下，在公元401年，轉攻海鹽縣，劉裕又奉命前去阻擊孫恩，孫恩帶領大軍在海鹽縣的舊城遺址上築起城池，同時派兵攻打海鹽縣城池。由于孫恩一直不斷的派兵攻城，導緻自己城内空虛，劉裕看準這個戰機後，挑選了幾百人為敢死隊，脫掉盔甲，輕裝出陣，直沖起義軍大營，在劉裕的帶領下，這幾百敢死隊員，無不以一擋十，殺的起義軍大亂。起義軍大帥姚盛被劉裕當場斬殺，見主帥一死，起義軍都開始逃命去了。
多次敗在劉裕手下，孫恩也是郁悶，孫恩想繞過這個克星，同時收攏部隊，準備突襲丹徒也就是如今的江蘇鎮江。孫恩聚集了信徒十幾萬，這麼大的陣勢，朝廷肯定也知道孫恩的意圖。于是劉牢之立馬讓劉裕率兵回防丹徒，孫恩在進軍的時候，劉裕也在趕路，兩夥人基本上是同一天到達丹徒。丹徒守軍見孫恩大軍聲勢浩大，完全沒了鬥志，劉裕所帶兵馬也少，加上長時間的急行軍，軍士疲憊，隻能退守蒜山。
孫恩占領丹徒後，又率兵數萬，前去攻打攻打蒜山，這時緩過勁來的劉裕開始組織士兵抵禦孫恩。同時劉牢之也派援軍到來，劉裕轉守為攻，猛攻孫恩，在劉裕的勇猛攻擊下孫恩大敗，孫恩的部下四處潰散，劉裕取得大捷，朝廷加封劉裕為建武将軍、下邳太守。
孫恩是劉裕崛起的墊腳石，劉裕的戰功基本都是打孫恩建立起來的。孫恩屢戰屢敗，而且戰敗之後沒多久又死灰複燃，可想而知當時五鬥米道教對百姓的影響有多深。劉裕在對孫恩的戰役中，每戰都是以少勝多，當時東晉軍隊的其他将領每到一個地方，都會縱容士兵搶劫百姓。唯獨劉裕的部隊，軍紀嚴明，而且每次戰鬥，劉裕總是一馬當先，跟随士兵一起沖鋒陷陣，是以在将士心中有很高的威望。
孫恩也是在劉裕手中吃了苦頭，有他在的地方都會有劉裕在，劉裕在智謀上完勝孫恩，孫恩最後一次兵敗後，知道已無力回天，投海而死。至此，劉裕從劉牢之手下一個小小的參軍走到了另一個高度，離他的霸王之業也越來越近。