1861年(鹹豐十一年）太平軍向上海挺進，上海軍隊抵抗不住。1862年3月，在曾國藩訓示下由李鴻章在安慶招募淮勇編練一支近現代化的軍隊，也是清朝主要國防力量“淮軍”。
1862年11月18日常熟太平軍守将駱國忠投降。李鴻章乘機率淮軍發起蘇、常戰役，與前來的太平軍激烈戰鬥淮軍取得勝利。在掃清蘇州外圍後，李鴻章分三路進軍計劃，攻下無錫，平望，吳江等地切斷太平軍支援。
1863年7月淮軍程學啟兵臨蘇州城，太平天國忠王李秀成從天京往援，在無錫大橋角與淮軍大戰，太平軍戰敗。十一月初五蘇州太平軍守将郜永寬等殲滅守城主将慕王譚邵光以後開城投降。
淮軍入城，李鴻章誘奸8位降将遣散餘衆，此後淮軍節節勝利。1864年攻克常州，太平天國護王陳坤書被捕，自此蘇南地區太平軍被肅清。
清廷任命曾國藩為欽差大臣北上督師剿撚，但是曆史一年半無法有效指揮淮軍。十一月初一改命李鴻章為欽差，曾國藩為兩江總督。
1867年6月初，西撚軍與淮軍主力遭遇，一場激戰西撚軍傷亡殆盡從此覆滅。
基隆大捷
1884年10月法軍進攻台灣，淮軍将領劉銘傳誘之陸戰，兩面夾擊打敗法軍。1885年法軍得不到給養，被迫撤出。
鎮海保衛戰
1885年3月法國艦隊進犯招寶山，浙江馴府劉秉璋備戰，鎮海炮台守備奮勇抵抗擊中法海軍司令座艦，死于澎湖島。
鎮南關大捷
1885年2月法軍進攻諒山，廣西巡撫不站而退。淮軍老将馮子材馳赴鎮南關整頓軍隊部署鎮南關戰守。淮軍連破文淵、凉山重傷東部統帥尼個裡。
淮軍自中法戰争後走向衰落！
1894年9月17号日中日雙方海軍在黃海決戰。北洋艦隊重創日本艦隊，但自身也傷亡慘重，鄧世昌為保旗艦全船200餘人壯烈犧牲。
北洋海軍根據地防禦戰也是對日本最後一戰。日本艦隊司令勸降丁汝昌，丁汝昌拒降繼續鏖戰，彈藥告馨。劉步蟾毀艦犧牲，丁汝昌拒降犧牲。日軍登入劉公島，威海衛海軍基地陷落，北洋艦隊全軍覆沒。
後來淮軍勢力衰落後，袁世凱廣招淮軍舊将，成為清末主力，有些淮軍舊将逐漸演變為北洋軍閥雛形。