1683年六月十五日晚，施琅率官兵2万余、战船300艘抵澎湖。郑军主帅刘国轩也集中将士2万余、船只200余艘死守澎湖，双方兵力大体相当。十六日，清军发起猛攻，互有伤亡，进攻未能奏效，施琅暂退至澎湖八罩屿。二十二日，施琅重整旗鼓，率战舰230艘发起新一波攻势。清军分三路出击，并留有后队支援。刘国轩也亲率全部战船200余艘列阵迎战，从辰时（上午七至九点）至巳刻（上午九至十一点），双方激战，时南风大作，施琅令火器船乘风出击，郑军大败。清军击沉敌船159艘，击毙郑军将领300余员，士卒12000余人，郑军将领165人率4853人投降，刘国轩仅率残部31艘战船逃回台湾。
澎湖一战，郑军损失惨重，元气大伤，台湾已无屏障可言。但施琅不急于乘胜进攻，而是等待郑氏来降。他在澎湖严肃军纪，免除徭役，安定人心。又采取和平攻势，郑重声明：只为公事，不报私仇（施琅父亲等均为郑氏所杀），且优待俘虏，悉释归台。刘国轩、郑克塽决计归降，派人至澎湖，请削发称臣，并要求仍居台湾，施琅不允。七月，康熙帝颁旨谕郑氏，许诺郑氏若真心来归，将不咎既往，“加恩安插，务令得所”。七月十五日，郑氏使节再至澎湖请降，并缴册印，以示诚意。施琅同意接纳 。八月十三日施琅率军抵达台湾。十八日，郑克塽率刘国轩、冯锡范等文武官员剃发、缴册归降。至此，台湾回归祖国怀抱，国家统一大业终于完成。
