1683年六月十五日晚，施琅率官兵2萬餘、戰船300艘抵澎湖。鄭軍主帥劉國軒也集中将士2萬餘、船隻200餘艘死守澎湖，雙方兵力大體相當。十六日，清軍發起猛攻，互有傷亡，進攻未能奏效，施琅暫退至澎湖八罩嶼。二十二日，施琅重整旗鼓，率戰艦230艘發起新一波攻勢。清軍分三路出擊，并留有後隊支援。劉國軒也親率全部戰船200餘艘列陣迎戰，從辰時（上午七至九點）至巳刻（上午九至十一點），雙方激戰，時南風大作，施琅令火器船乘風出擊，鄭軍大敗。清軍擊沉敵船159艘，擊斃鄭軍将領300餘員，士卒12000餘人，鄭軍将領165人率4853人投降，劉國軒僅率殘部31艘戰船逃回台灣。
澎湖一戰，鄭軍損失慘重，元氣大傷，台灣已無屏障可言。但施琅不急于乘勝進攻，而是等待鄭氏來降。他在澎湖嚴肅軍紀，免除徭役，安定人心。又采取和平攻勢，鄭重聲明：隻為公事，不報私仇（施琅父親等均為鄭氏所殺），且優待俘虜，悉釋歸台。劉國軒、鄭克塽決計歸降，派人至澎湖，請削發稱臣，并要求仍居台灣，施琅不允。七月，康熙帝頒旨谕鄭氏，許諾鄭氏若真心來歸，将不咎既往，“加恩安插，務令得所”。七月十五日，鄭氏使節再至澎湖請降，并繳冊印，以示誠意。施琅同意接納 。八月十三日施琅率軍抵達台灣。十八日，鄭克塽率劉國軒、馮錫範等文武官員剃發、繳冊歸降。至此，台灣回歸祖國懷抱，國家統一大業終于完成。
