《水浒傳》故事從宋仁宗嘉祐三年三月開始，京師疫病流行，無良藥可醫，死亡許多軍民。曆史上的嘉祐三年（公元1058年）真如水浒傳所寫瘟疫橫行。其實曆史上嘉佑三年根本沒有瘟疫的記載，國泰民安。也就是說嘉佑三年的大瘟疫，是《水浒傳》的作者将經曆的大瘟疫，移花接木，挪到了宋代，作為《水浒傳》故事的楔子。
話說仁宗皇帝聽從宰相趙哲和參事文彥博的建議，差遣殿前太尉洪信為天使，前往江西信州龍虎山，請嗣漢天師張真人迅速進京，施展法術以消災保民。在龍虎山上，洪信出于好奇，憑借手中的權勢強開“伏魔殿”，放走了108位魔君。
洪信在宋仁宗嘉祐三年（1058年）放走魔君，到宋徽宗宣和元年（1119年）宋江造反，相差61年。如果魔君立馬投胎，到能夠造反，已經五六十歲了，這樣與水浒中人物設計在二三十歲相沖突，是以作者插進兩個人物宰相趙哲和參政文彥博，曆史上沒有宰相趙哲，倒是有宰相文彥博，那麼趙哲是誰，其實趙哲就是宋哲宗，大宋的皇帝姓趙，是以叫趙哲，宋哲宗是皇帝，文彥博是宰相，兩人搭班子，是以稱文彥博為參政，這樣時間後移到宋哲宗時期。魔君在宋哲宗時期被放出，投胎後上梁山造反也差不多二三十歲，作者這樣安排既兼顧了嘉佑三年，又解決了魔君造反的年齡問題。
最早把宋江造反寫進小說的是《大宋宣和遺事》，隻有近3千字，占有較小的篇幅，可以說是稍帶着說的了一下而已，說明當時有宋江起義這個故事而已。《水浒傳》以《大宋宣和遺事》為藍本，大的故事架構一緻，起因于花石綱，智取生辰綱，宋江殺惜，都頭私放宋江逃脫，九天玄女娘娘授宋江三卷天書，三十六人梁山聚義，呼延灼率領官軍征剿梁山泊，失敗後歸順梁山隊伍，接受招安，為朝廷服務，宋江等人打方臘，一些人立功受勳。是以最初的《水浒傳》隻有七十回，故事開始于宋江，作者用七十回把三千字的故事生動的描寫出來。《大宋宣和遺事》是南宋作品，《水浒傳》創作推到南宋。
嗣漢天師是忽必烈給三十六代天師張宗演的賜号，意為龍虎山自東漢末年世代承嗣，道脈悠長。自此之後，嗣漢天師府就成了龍虎山天師府的官名。《元史》卷二十五：壬午，授嗣漢三十九代天師張嗣成太玄輔化體仁應道大真人，主領三山符箓，掌江南道教事。水浒的作者也是直接把這個元代之後約定俗成的用法放到了宋朝。嗣漢天師的出現，又把水浒傳寫作年代推到元朝。
現代研究表明，《水浒傳》寫于明朝，很多建制為明朝所有，如東昌府始建制于明朝洪武元年（1368年），兖州府始建制于明朝洪武十八年（1385年），潞安府始建制于明朝嘉靖八年（1529年），禹州始建制于明朝萬曆三年（1575年），通過明朝建制來看，水浒傳寫作年代推到了明朝萬曆年間。
《水浒傳》是否寫于明朝，需要解決“嘉佑三年”這個關鍵時間。作者既然知道嘉祐三年這個時間安排不妥，強行安插宋哲宗時期而不直接寫紹聖三年，作者這樣設定到底是什麼意思。宋朝有嘉佑年号，明朝有嘉靖年号，嘉祐和嘉靖僅一字之差，嘉祐是否為嘉靖？查閱曆史，嘉靖二年和三年，北京沒有瘟疫，但是陪都南京發生了大瘟疫。《明史.五行志.疾疫》記載嘉靖二年七月，南京大疫，軍民死者甚衆，這就與開篇的大瘟疫描寫銜接上了。既然發生在嘉靖二年，就寫嘉佑二年就是了，怎麼改為嘉佑三年，問題出在嘉佑三年上龍虎山請嗣漢天師張真人的鋪墊。嘉靖時期龍虎山确實出現了一位著名的道士邵元節 ，龍虎山上清宮達觀院正一道士。嘉靖三年征入京，以“立教主靜”之說得世宗嘉納，嘉靖四年令拜雨雪，有驗。嘉靖十五年，加号為“靖微妙濟守靜修真凝元衍範志默秉誠緻一真人”，賜玉帶冠服，又以其禱祀皇太子生有功。拜為禮部尚書，賜一品文官服。嘉佑三年請張天師引出嘉靖三年征邵元節入京。這就是為什麼保留嘉佑三年這個時間點開篇。現代很多學者也傾向于《水浒傳》成書于嘉靖年間，但是意見不統一，證據還不充分。
成書于嘉靖年有争議，就看看萬曆年是否有可能。這個假設表面過于荒唐，但是也不是沒有可能。既然禹州建制在萬曆三年，那麼《水浒傳》寫作年代的上限不能突破萬曆三年。再看《水浒傳》流傳情況，如果《水浒傳》成書于嘉靖時期，郭勳刊刻發行，李卓吾不可能在萬曆十八年向焦竑索要新近出版的《水浒傳》，因為李卓吾在嘉靖時期在北京做官，對于水浒傳這樣的作品，不可能不知道，是以《水浒傳》不可能成書于嘉靖年間，隻能成書在萬曆年間。怎樣确定《水浒傳》成書時間，其實天都外臣的《序》明白地告訴為萬曆十七年孟冬，就是說天都外臣在萬曆十七年孟冬寫完了《水浒傳》，并為其寫了一篇序文。天都外臣是誰，《野獲編》曾說萬曆時新安所刻《水浒》善本就是翻刻郭勳本的。新安刻本前面有汪太函(道昆)萬曆十七年托名天都外臣所寫的序。為什麼汪太函為《水浒傳》寫《序》，因為汪太函與焦竑為師友關系，在萬曆十七年為焦竑的父親作《明故武毅将軍飛騎焦公墓志銘》，也就是當年汪太函看完了《水浒傳》，并為其寫了《序》 。四年之後，汪太函去世，這時《水浒傳》還沒有刊印，這篇《序》得以保留。如果汪太函不去世，這篇《序》不可能署名天都外臣，更不可能刊印。《水浒傳》是一部叛逆的小說，大張旗鼓為一幫子殺人強盜鼓吹忠良，與當時的儒教思想格格不入，汪太函的處境可想而知。為什麼說這時《水浒傳》已經寫成了，因為隻有書寫成了，才能寫序，對作者的寫作過程和書的内容做一個評價，如果書沒有寫成，序就沒法寫。
《水浒傳》成書的時間為萬曆十七年，那麼作者又是誰？書中告訴說：洪信要強行打開伏魔殿，道長很是焦慮不安，害怕放走魔王，但是又忌憚洪信的權勢，被逼無奈打開大殿的大門，殿中卻巧合般地刻有“遇洪而開”四個大字。表面上是洪如期而至并打開了蓋子，放走魔王的意思。實際上洪信曆史上沒有此人，是個虛構人物。為什麼是信，如期而至為信，如潮信。為什麼是洪，因為洪打開了來了伏魔殿，水浒傳就此開始，是以“洪”是《水浒傳》的作者。嘉靖萬曆年間，于“洪”有關的南方文人，有能力寫出《水浒傳》的隻能是焦竑，前有僧人之焦慮，後有洪（竑）信開門，不就是焦竑嗎。
焦竑（1540－1620年），字弱侯，号漪園、澹園，生于江甯（今南京），祖籍山東日照（今日照市東港區西湖鎮大花崖村），祖上寓居南京。關于遷到南京的事，焦竑在《與日照宗人書》中說道：“我祖武略公自國初以官遊留南京，二百餘年矣！德、靖間，饑疫相仍，一門凋謝，隻餘吾父騎都尉一人耳。”焦竑一家世襲軍工，家庭條件應該不差，又在南甯生活了一二百年，人口應該不少，在嘉靖二年的瘟疫中，焦竑全家死的隻剩焦竑的爹一人，可見這次瘟疫的厲害。雖然焦竑沒有經曆此次瘟疫，但是通過父親的講述，對這次瘟疫記憶深刻，才有了《水浒傳》開篇講瘟疫。嘉靖請了邵元節，也沒能鎮住瘟疫，是以焦竑借此諷刺皇帝和邵元節，具有很大的反動性。
焦竑在南京跟随督學禦史耿定向學習，又向羅汝芳質疑請教。參加嘉靖四十三年鄉試，落榜而歸。耿定向挑選郡中十四知名人士到崇正書院讀書，任命竑做他們的頭。等到耿定向辭官返鄉居住，竑又跟随他回到鄉裡。萬曆十七年（1589年）會試北京，得中狀元，授翰林院修撰，皇長子侍讀等職。這個時 候焦竑正在北京，為皇長子講課，就有了天都外臣于萬曆十七年撰《序》。
萬曆十七年夏，僧無念受李贽之托進京會見焦竑，就李贽蓄發赴京寓居的可行性作出評估。無念回龍湖後，極言焦竑“身心俱不閑”，使李贽打消了進京的念頭，隻好“計且住此，與無念、鳳裡、近城數公朝夕龍湖之上。……我已主意在湖上，隻欠五十金修理一小塔，冬盡即搬其中。”《複焦弱侯》。就在上述信中，李贽還不忘向焦竑索取新出版的《水浒傳》，因“無念欲之”。這時候《水浒傳》出版了嗎？沒有，這隻是焦竑剛寫完，李贽就迫不及待要看。為什麼說《水浒傳》沒有出版，因為直到現在也沒有一本萬曆十七年之前的《水浒傳》。有人考證郭勳出版的是第一次，這也是托名，郭勳為武定侯，他那有膽量出這樣反動的書，還寫上自己的名字，說明這個版本根本不是武定侯出版的，或者這個版本出版的更晚。僧無念夏天從湖北到北京，回來把《水浒傳》和所寫的《序》帶給了李贽。
萬曆二十五主持順天鄉試，舉子曹蕃等九人的文章多奸佞虛妄之語，竑是以被彈劾，被貶官為福甯州(今福建霞浦縣)同知。歲末政績考核，職務又降了一級，竑于是就不再出仕為官。
為什麼焦竑有膽量和能力寫《水浒傳》，而不是其他人呢？這需要對焦竑進行分析，看其是否具備條件。
一、焦竑為狀元，文筆能夠駕馭《水浒傳》。
二、焦竑是南方人，對北方不熟悉，是以每次寫到北方的事情，不論地理位置，還是氣候變化都寫的不對，寫到南方的事情倒是很準确。
三、《水浒傳》反叛思想嚴重，思想激進，代表當時的思想潮流。當時最厲害的思想是王陽明開創的心學派，焦竑就是心學派的弟子，具有濃厚的個人特色與反傳統色彩，被譏為“狂禅”有寫作《水浒傳》的思想基礎。
四、焦竑與汪道涵、張鳳翼、湯顯祖、汪廷抐等戲曲學家關系密切。汪廷抐創作改編《獅吼記》雜居和傳奇，受到焦竑的啟發。焦竑萬曆十年評點《北西廂記》，開創戲曲評點的先聲。焦竑的嶽父朱鼎是有名氣的戲曲家，著有傳奇《玉鏡台》，焦竑是否寫作過戲曲沒有證據，但是他對戲曲十分精通。