東京審判産生了相當大的影響，國際社會的基本态度是支援與肯定。從曆史的角度看待東京審判，其積極的意義是主要的，但是也存在消極的方面。需要站在曆史與現實的結合點上，一方面考慮對戰争教訓的總結和面向未來的發展，另一方面兼顧戰後國際法的發展。
首先，東京審判通過調查和檢舉日本違背國際法所實行的破壞和平及殘暴的非人道的行為，對日本的戰争責任進行了系統的清理。審判中，許多日本國民原來根本不知道的戰争真相被披露出來，如南京事件等日本軍人實施的殘暴罪行，在日本國内外都産生了巨大震動。其他如張作霖事件，圍繞九一八事變得關東軍的陰謀，日本在中國進行的鴉片流通，巴丹死亡行進，泰緬鐵路等修建過程中對同盟國俘虜的虐待，屠殺新加坡華人、馬尼拉屠殺等事件，都在法庭審理中得到清晰的呈現；而那些在審判中沒有作為證據使用的資料，對于搞清戰争的真相也十分有意義。這些作為證據而搜集的資料陸續地被解禁和公開，成為珍貴的曆史文獻。審判揭露出來的這些事實，對日本人的心靈是一次強烈的沖擊。
其次，為了舉證的需要，國際檢察局花費大量時間、人力、物力和财力搜集證據，盟軍總司令部也利用戰後占領日本的特殊條件，廣泛搜集資料，在比較短的時間内掌握了大量的資訊。從開庭到宣布判決，東京審判持續了2年零7個月的漫長時間，其間開庭417天，12個國家的419名證人出庭作證，779人宣誓口供，法庭處理的證據超過8000件。利用這些資料，東京審判系統地證明了日本進行侵略戰争的罪責。而如果沒有東京審判，依靠日本自己是不可能徹底清算戰争罪行的。發動和實施戰争的日本政府與軍部一心想掩蓋真相、推卸責任，為此，他們在戰敗之際曾趁亂銷毀、隐匿了大量與戰争相關的機密檔案。
最後，東京審判對國際法的發展也作出了重要貢獻。盡管有人批評“反和平罪”和“反人道罪”是事後法，違反了罪刑法定原則。但是，多數人包括日本許多有良心的知識分子，也從法律、政治與道德的角度闡述了兩條原則的意義。
參與東京審判的荷蘭法官列林克在他的著作中意識到了審判過程中存在的問題，但他仍然認為，“反和平罪”和“反人道罪”的提出具有開拓性，紐倫堡和東京審判的意義應當肯定。日本的國際法學者藤田久一在《何為戰争犯罪》一書中說：“不管怎麼批評，說是‘勝利者的審判’也好，說是‘事後法’也好，但是事實上是從此以後再有新的戰争犯罪就一定會遭到譴責，甚至在戰前、戰争中尚未發生的那些殘暴行為，一旦發生就會被視為犯罪，根據當時國際社會的需要而進行審判，這實在是從東京審判開始的。是以從戰後國際社會的發展和國際法的發展來看，需要對東京審判有客觀的評價。戰後的國際社會不僅沒有取消和放棄那些犯罪概念，而且承認那些犯罪概念并且将其普遍化了。” 以橫田喜三郎、家永三郎等代表的一部分日本知識分子認為審判是“為了防止侵略戰争的發生而在‘國際法上的革命’，具有重要的意義”。
事實上，在紐倫堡審判結束後的1946年11月，聯合國大會就通過了紐倫堡審判中所采用的國際法的諸項原則。由此，“反和平罪”和“反人道罪”成為國際社會普遍接受的概念。此後，聯合國進一步緻力于将“對和平與安全的犯罪”作為原則寫入法典。“反人道罪”在1948年聯合國《關于防止和制裁集體屠殺的條約》中也被加以肯定，載入了法典。1970年，聯合國大會的友好關系宣言采納了“反和平罪”的概念，提出：“侵略戰争構成了‘反和平罪’，是違背國際法的”。可見，紐倫堡與東京審判的法理已經普遍化了。
盡管東京審判具有不容忽視的曆史意義，但是不可否認，其中也存在許多缺陷，有些直接導緻了戰後日本錯誤曆史認識的形成。
首先，東京審判對戰争犯罪的定義采用了“反和平罪”、“反人道罪”、“通行的戰争犯罪”三項原則，但在實際審判過程中更多地強調了“反和平罪”，沒有把“反人道罪”作為獨立的起訴理由。
日本對本國國民和外國國民都施行了非人道的暴行。戰争時期，日本政府根據《治安維持法》對本國國民進行了鎮壓以及宗教迫害，同時對殖民地北韓、台灣以及其占領的中國東北地區進行了殘酷的統治，強迫其所謂的“帝國臣民”北韓人和台灣人參加軍隊，或到日本當勞工，婦女則被強制性作為“從軍慰安婦”，以及在中國華北地區實施“三光作戰”，強抓中國勞工，這些都屬于“基于政治性、人種性以及宗教性理由的迫害行為”，應當作為“反人道罪”來進行追究。但是暴行隻有部分得到了審判，這是東京審判的重要缺陷之一。
檢察官的起訴書中幾乎沒有提及日本對北韓、台灣和中國東北的殖民統治問題，也沒有把殖民統治的暴行作為戰争犯罪來進行追究。而日本戰争指導者對日本國民的虐待行為也被排除在審理判之外。例如，日軍曾強制性地迫使北韓和中國的數十萬婦女作為“從軍慰安婦”，使那些婦女身體與心靈上都受到嚴重的傷害。但是，作為最集中、最大量處理日本戰争罪行的東京審判卻根本沒有涉及“慰安婦”問題。隻是在亞洲其他受害國的個别審判中有少數案例。如印度尼西亞曾經審判了日軍強抓荷蘭少女和35名女性到慰安所的“斯馬蘭慰安所”事件。當時作為被告的12名日本軍人，除兩人無罪外，其他人分别被判7至20年不等的徒刑或死刑。 在美國的關島，中國的太原、南京以及徐州，也各有一例關于慰安婦問題的審判。 東京審判中的“亞洲不在”即日本侵略戰争最大的受害者，亞洲群眾的“被害”沒有得到應有的關注。
此外，由于東京審判基本由美國等西方國家主導，他們更關心本國公民在日軍暴行下的受害，相對忽視了亞洲各國群眾的受害。如檢察局特别關心日本軍隊在菲律賓虐待美國俘虜的問題，但實際上日軍對菲律賓一般市民的殘暴行為的證據遠遠多于前者。
第二，在東京審判中，由于美國的作用，有目的地掩蓋了重大的戰争犯罪，即日本軍隊違背國際公約在中國進行生物戰（細菌戰） 和化學戰（毒氣戰），包括用活人進行的生物和化學實驗的事實。
事實上，檢察局在調查階段已經觸及日本的細菌部隊（731部隊） 的問題。當麥克阿瑟和盟總第二情報部部長威羅比得知日本細菌部隊使用活人進行實驗獲得了十分重要的研究成果後，決定為使美國秘密地獨占這一成果而免除有關人員的戰争責任，是以阻止了檢察局對這一問題的追究，這一決定也得到了美國政府的支援。是以有關日本實施生物戰的戰争罪行根本沒有寫入起訴書。
檢察局也收集到了包括中國政府的調查報告在内的日本軍隊在戰争中進行大規模毒氣戰的充分證據。但是，這一調查遭到了美國陸軍部的強烈反對，因為對日本使用化學武器的責任進行追究會影響美國今後使用毒氣武器。1946年6月1日，陸軍參謀長艾森豪威爾通過麥克阿瑟發給首席檢察官基南一封機密電報，電報大緻的内容是：希望閣下了解：如果根據起訴書附錄 d 對日本在中國的化學戰責任進行追究的話，将與美軍《野戰基礎教範fm27-10》的原則相沖突。 于是，有關證據被放棄，起訴書中的相應部分也沒有被宣讀，檢察團最終放棄了對這一罪行的指控。
第三，天皇的戰争責任被免除。
當時國際輿論要求追究天皇戰争責任的呼聲音強烈。 1946年1月22日澳洲的代表向同盟國戰争犯罪委員會提出的日本戰犯名單中就包括了天皇。
但是，為了使美國在日本的占領更加順利，麥克阿瑟已經明确了最大限度地利用天皇的方針，是以根本不打算起訴天皇，也不準備搜集有關的證據。1月25日，他在給陸軍參謀長艾森豪威爾的電報中稱沒有發現指稱天皇為戰争罪犯的确鑿證據，并且聲稱如果起訴天皇，将面臨日本國内的抵抗，美國将不得不增派100萬軍隊和數十萬行政官員。随後，麥克阿瑟使出各種手段阻撓對天皇的調查，并在4月3日得到了遠東委員會的認可。
基南根據麥克阿瑟的意見，表示了對天皇的責任将不予追究的意見。由于受到國際輿論的壓力，他暫時回國。1946年6月18日，基南在華盛頓會見記者時明确表示不會将天皇作為戰争罪犯起訴。天皇的戰争責任就這樣被免除了。
值得注意的是，審判中仍然有許多問題涉及天皇，有的國家提出至少應讓天皇作為證人提供證詞。1946年10月8日，蘇聯檢察官指出天皇承認指揮了在中國東北的“關特演”，是以是有戰争責任的。但是，兩天後，基南召集各國檢察官，再次申明了麥克阿瑟有關不起訴天皇的意見。
天皇本人當時對這些情況并不知情，在有皇族被捕的情況後，他曾經擔心被追究戰争責任。是以在1945年9月27日拜訪麥克阿瑟時，天皇曾經說過“一切的戰争責任在自己”這樣的話。當時擔任翻譯的奧村勝藏事後稱：“由于事關大局，是以從自己的記錄中删下去了。”但是後來擔任天皇與麥克阿瑟翻譯的外交官松井明卻将這句話記錄了下來。
日本政府最關心的也是天皇的戰争責任問題。1945年9月18日，首相東久迩在同外國記者團會談後，很擔心有人會指名提出天皇的戰争責任問題，認為政府應當做出天皇沒有戰争責任的說明。11月5日，比原内閣做出了“關于戰争責任的決議”，對天皇、總理大臣、陸軍參謀總長、海軍軍令部總長、陸軍大臣、海軍大臣和外務大臣的責任分别加以說明，目的是為了在國際審判時統一見解，回避天皇的戰争責任。1945年10月23日，日本政府召開“終戰處理會議”，決定為使國際審判不追究天皇的戰争責任而進行“國家辯護”，随後要求各省為辯護搜集必要的資料。不久，日本政府的這一活動為國際檢察局發現，基南通過外務省向日本指出：政府辯護是違背波茨坦宣言的。此後，盡管以政府為主導的搜集資料活動不得不終止，但是有關部門仍然在搜集資料向辯護團提供。
1947年12月31日東條英機作證時發生了對天皇十分不利的情況。辯護人就内大臣所說的有違背天皇意志的行為進行詢問時，東條明确地回答說：日本國民是沒有違背天皇意志的行為的，“連高官也沒有”。東條以為這樣的回答表明了對天皇的忠誠，其實，這一回答恰恰證明發動戰争這樣重大的決策出自天皇，而不是像那些試圖為天皇掩蓋責任的人說的那樣，是天皇被迫認可了陸軍的行動。
威伯法官敏銳地發現了東條這一回答的重要意義，同時蘇聯方面的檢察官也提請基南注意這一回答。
基南立即通過田中隆吉、松平康昌、木戶幸一等人找到東條做工作。于是，1948年1月6日，東條收回了原來的證詞，稱太平洋戰争開始後的天皇诏敕中，确實有違背天皇意志的情況，具體地說就是，關于同美國開戰的意見，天皇是在東條的一再進言和制造的既成事實面前，“勉勉強強同意的”。威伯法官不想接受這樣明顯的翻供。他針對基南的發言反诘說：“檢察方既然說結束戰争是由于天皇的決斷，可見直到戰争結束，天皇的權限是毋庸置疑的。由此也能夠想象戰争開始的時候天皇的權限。” 1990年公開的“昭和天皇獨白錄”完全證明了上述情況。
1992年，日本nhk電視台為制作有關紀念“終戰”的節目，其中涉及了為什麼沒有審判天皇的問題。在采訪當時檢察局兩名成員的時候，他們稱，當時内部已經知道不對天皇追究責任，但是沒有檔案，ips資料中關于天皇責任問題的内容很少。基南為統一檢察局的意見，不正面讨論天皇的問題，采取了确定沒有天皇的戰犯嫌疑人名單這種政策性的方法。但是，來自美國的檢察官都認為應當追究天皇的戰争責任。基南本人在1945年12月26日給友人的信中說：“有人認為天皇對結束敵對關系起了很大的作用，是救了美國人的命，其實是錯誤的。我的意見是今後天皇制的存在是極其危險的，應當除去。”
東京審判之是以有上述缺陷，很重要的原因是審判的主導權掌握在美國手中。法庭的設定和審判規則，戰争犯罪概念的規定等都由盟軍最高司令官(scap) 麥克阿瑟決定。雖然有澳洲和蘇聯的極力反對，但是美國在逮捕戰犯嫌疑人等審判準備的過程中一再地制造既成事實，是以其意圖基本上得到了貫徹。
1946年1月19日，麥克阿瑟公布了遠東國際軍事法庭的審判條例，決定了東京審判的基本原則。同紐倫堡審判的條例相比較可以看出，從任命檢察官和法官開始，權力就掌握在scap，即美國的手中，與紐倫堡審判由美、英、法、蘇四國共同協調行動的情況很不相同。
紐倫堡審判于1946年10月宣布結束。但是在那之後，依然是在紐倫堡，由美軍提出了12件相當于a級審判的案件進行審判，一直持續到1949年4月。另外，有關各國也對納粹進行了審判。更重要的是，在美、英、法、蘇各自的占領區内，以及在1949年德國分裂後的兩個區域内，都把處罰納粹戰犯寫進了刑法，由德國人進行了非納粹化的國内審判。特别是在聯邦德國，對納粹戰犯的追究一直在進行，時效一再延長，進而到1979年撤銷了時效的限制。
而在日本，随着冷戰的爆發，美國急于将日本納入自己的全球戰略，是以進一步放棄了對日本戰争責任的追究。1946年3月，盟總全面禁止了對日本戰争罪行的調查，1948年11月，東京審判結束後，原計劃進行的甲級戰犯審判和有關國家的乙、丙級戰犯審判也宣告結束。