东京审判产生了相当大的影响，国际社会的基本态度是支持与肯定。从历史的角度看待东京审判，其积极的意义是主要的，但是也存在消极的方面。需要站在历史与现实的结合点上，一方面考虑对战争教训的总结和面向未来的发展，另一方面兼顾战后国际法的发展。
首先，东京审判通过调查和检举日本违背国际法所实行的破坏和平及残暴的非人道的行为，对日本的战争责任进行了系统的清理。审判中，许多日本国民原来根本不知道的战争真相被披露出来，如南京事件等日本军人实施的残暴罪行，在日本国内外都产生了巨大震动。其他如张作霖事件，围绕九一八事变得关东军的阴谋，日本在中国进行的鸦片流通，巴丹死亡行进，泰缅铁路等修建过程中对同盟国俘虏的虐待，屠杀新加坡华人、马尼拉屠杀等事件，都在法庭审理中得到清晰的呈现；而那些在审判中没有作为证据使用的资料，对于搞清战争的真相也十分有意义。这些作为证据而搜集的资料陆续地被解禁和公开，成为珍贵的历史文献。审判揭露出来的这些事实，对日本人的心灵是一次强烈的冲击。
其次，为了举证的需要，国际检察局花费大量时间、人力、物力和财力搜集证据，盟军总司令部也利用战后占领日本的特殊条件，广泛搜集资料，在比较短的时间内掌握了大量的信息。从开庭到宣布判决，东京审判持续了2年零7个月的漫长时间，其间开庭417天，12个国家的419名证人出庭作证，779人宣誓口供，法庭处理的证据超过8000件。利用这些资料，东京审判系统地证实了日本进行侵略战争的罪责。而如果没有东京审判，依靠日本自己是不可能彻底清算战争罪行的。发动和实施战争的日本政府与军部一心想掩盖真相、推卸责任，为此，他们在战败之际曾趁乱销毁、隐匿了大量与战争相关的机密文件。
最后，东京审判对国际法的发展也作出了重要贡献。尽管有人批评“反和平罪”和“反人道罪”是事后法，违反了罪刑法定原则。但是，多数人包括日本许多有良心的知识分子，也从法律、政治与道德的角度阐述了两条原则的意义。
参与东京审判的荷兰法官列林克在他的著作中意识到了审判过程中存在的问题，但他仍然认为，“反和平罪”和“反人道罪”的提出具有开拓性，纽伦堡和东京审判的意义应当肯定。日本的国际法学者藤田久一在《何为战争犯罪》一书中说：“不管怎么批评，说是‘胜利者的审判’也好，说是‘事后法’也好，但是事实上是从此以后再有新的战争犯罪就一定会遭到谴责，甚至在战前、战争中尚未发生的那些残暴行为，一旦发生就会被视为犯罪，根据当时国际社会的需要而进行审判，这实在是从东京审判开始的。所以从战后国际社会的发展和国际法的发展来看，需要对东京审判有客观的评价。战后的国际社会不仅没有取消和放弃那些犯罪概念，而且承认那些犯罪概念并且将其普遍化了。” 以横田喜三郎、家永三郎等代表的一部分日本知识分子认为审判是“为了防止侵略战争的发生而在‘国际法上的革命’，具有重要的意义”。
事实上，在纽伦堡审判结束后的1946年11月，联合国大会就通过了纽伦堡审判中所采用的国际法的诸项原则。由此，“反和平罪”和“反人道罪”成为国际社会普遍接受的概念。此后，联合国进一步致力于将“对和平与安全的犯罪”作为原则写入法典。“反人道罪”在1948年联合国《关于防止和制裁集体屠杀的条约》中也被加以肯定，载入了法典。1970年，联合国大会的友好关系宣言采纳了“反和平罪”的概念，提出：“侵略战争构成了‘反和平罪’，是违背国际法的”。可见，纽伦堡与东京审判的法理已经普遍化了。
尽管东京审判具有不容忽视的历史意义，但是不可否认，其中也存在许多缺陷，有些直接导致了战后日本错误历史认识的形成。
首先，东京审判对战争犯罪的定义采用了“反和平罪”、“反人道罪”、“通行的战争犯罪”三项原则，但在实际审判过程中更多地强调了“反和平罪”，没有把“反人道罪”作为独立的起诉理由。
日本对本国国民和外国国民都施行了非人道的暴行。战争时期，日本政府根据《治安维持法》对本国国民进行了镇压以及宗教迫害，同时对殖民地朝鲜、台湾以及其占领的中国东北地区进行了残酷的统治，强迫其所谓的“帝国臣民”朝鲜人和台湾人参加军队，或到日本当劳工，妇女则被强制性作为“从军慰安妇”，以及在中国华北地区实施“三光作战”，强抓中国劳工，这些都属于“基于政治性、人种性以及宗教性理由的迫害行为”，应当作为“反人道罪”来进行追究。但是暴行只有部分得到了审判，这是东京审判的重要缺陷之一。
检察官的起诉书中几乎没有提及日本对朝鲜、台湾和中国东北的殖民统治问题，也没有把殖民统治的暴行作为战争犯罪来进行追究。而日本战争指导者对日本国民的虐待行为也被排除在审理判之外。例如，日军曾强制性地迫使朝鲜和中国的数十万妇女作为“从军慰安妇”，使那些妇女身体与心灵上都受到严重的伤害。但是，作为最集中、最大量处理日本战争罪行的东京审判却根本没有涉及“慰安妇”问题。只是在亚洲其他受害国的个别审判中有少数案例。如印度尼西亚曾经审判了日军强抓荷兰少女和35名女性到慰安所的“斯马兰慰安所”事件。当时作为被告的12名日本军人，除两人无罪外，其他人分别被判7至20年不等的徒刑或死刑。 在美国的关岛，中国的太原、南京以及徐州，也各有一例关于慰安妇问题的审判。 东京审判中的“亚洲不在”即日本侵略战争最大的受害者，亚洲民众的“被害”没有得到应有的关注。
此外，由于东京审判基本由美国等西方国家主导，他们更关心本国公民在日军暴行下的受害，相对忽视了亚洲各国民众的受害。如检察局特别关心日本军队在菲律宾虐待美国俘虏的问题，但实际上日军对菲律宾一般市民的残暴行为的证据远远多于前者。
第二，在东京审判中，由于美国的作用，有目的地掩盖了重大的战争犯罪，即日本军队违背国际公约在中国进行生物战（细菌战） 和化学战（毒气战），包括用活人进行的生物和化学实验的事实。
事实上，检察局在调查阶段已经触及日本的细菌部队（731部队） 的问题。当麦克阿瑟和盟总第二情报部部长威罗比得知日本细菌部队使用活人进行实验获得了十分重要的研究成果后，决定为使美国秘密地独占这一成果而免除有关人员的战争责任，所以阻止了检察局对这一问题的追究，这一决定也得到了美国政府的支持。所以有关日本实施生物战的战争罪行根本没有写入起诉书。
检察局也收集到了包括中国政府的调查报告在内的日本军队在战争中进行大规模毒气战的充分证据。但是，这一调查遭到了美国陆军部的强烈反对，因为对日本使用化学武器的责任进行追究会影响美国今后使用毒气武器。1946年6月1日，陆军参谋长艾森豪威尔通过麦克阿瑟发给首席检察官基南一封机密电报，电报大致的内容是：希望阁下了解：如果根据起诉书附录 d 对日本在中国的化学战责任进行追究的话，将与美军《野战基础教范fm27-10》的原则相矛盾。 于是，有关证据被放弃，起诉书中的相应部分也没有被宣读，检察团最终放弃了对这一罪行的指控。
第三，天皇的战争责任被免除。
当时国际舆论要求追究天皇战争责任的呼声音强烈。 1946年1月22日澳大利亚的代表向同盟国战争犯罪委员会提出的日本战犯名单中就包括了天皇。
但是，为了使美国在日本的占领更加顺利，麦克阿瑟已经明确了最大限度地利用天皇的方针，所以根本不打算起诉天皇，也不准备搜集有关的证据。1月25日，他在给陆军参谋长艾森豪威尔的电报中称没有发现指称天皇为战争罪犯的确凿证据，并且声称如果起诉天皇，将面临日本国内的抵抗，美国将不得不增派100万军队和数十万行政官员。随后，麦克阿瑟使出各种手段阻挠对天皇的调查，并在4月3日得到了远东委员会的认可。
基南根据麦克阿瑟的意见，表示了对天皇的责任将不予追究的意见。由于受到国际舆论的压力，他暂时回国。1946年6月18日，基南在华盛顿会见记者时明确表示不会将天皇作为战争罪犯起诉。天皇的战争责任就这样被免除了。
值得注意的是，审判中仍然有许多问题涉及天皇，有的国家提出至少应让天皇作为证人提供证词。1946年10月8日，苏联检察官指出天皇承认指挥了在中国东北的“关特演”，因此是有战争责任的。但是，两天后，基南召集各国检察官，再次申明了麦克阿瑟有关不起诉天皇的意见。
天皇本人当时对这些情况并不知情，在有皇族被捕的情况后，他曾经担心被追究战争责任。所以在1945年9月27日拜访麦克阿瑟时，天皇曾经说过“一切的战争责任在自己”这样的话。当时担任翻译的奥村胜藏事后称：“由于事关大局，所以从自己的记录中删下去了。”但是后来担任天皇与麦克阿瑟翻译的外交官松井明却将这句话记录了下来。
日本政府最关心的也是天皇的战争责任问题。1945年9月18日，首相东久迩在同外国记者团会谈后，很担心有人会指名提出天皇的战争责任问题，认为政府应当做出天皇没有战争责任的说明。11月5日，比原内阁做出了“关于战争责任的决议”，对天皇、总理大臣、陆军参谋总长、海军军令部总长、陆军大臣、海军大臣和外务大臣的责任分别加以说明，目的是为了在国际审判时统一见解，回避天皇的战争责任。1945年10月23日，日本政府召开“终战处理会议”，决定为使国际审判不追究天皇的战争责任而进行“国家辩护”，随后要求各省为辩护搜集必要的资料。不久，日本政府的这一活动为国际检察局发现，基南通过外务省向日本指出：政府辩护是违背波茨坦宣言的。此后，尽管以政府为主导的搜集资料活动不得不终止，但是有关部门仍然在搜集资料向辩护团提供。
1947年12月31日东条英机作证时发生了对天皇十分不利的情况。辩护人就内大臣所说的有违背天皇意志的行为进行询问时，东条明确地回答说：日本国民是没有违背天皇意志的行为的，“连高官也没有”。东条以为这样的回答表明了对天皇的忠诚，其实，这一回答恰恰证明发动战争这样重大的决策出自天皇，而不是像那些试图为天皇掩盖责任的人说的那样，是天皇被迫认可了陆军的行动。
威伯法官敏锐地发现了东条这一回答的重要意义，同时苏联方面的检察官也提请基南注意这一回答。
基南立即通过田中隆吉、松平康昌、木户幸一等人找到东条做工作。于是，1948年1月6日，东条收回了原来的证词，称太平洋战争开始后的天皇诏敕中，确实有违背天皇意志的情况，具体地说就是，关于同美国开战的意见，天皇是在东条的一再进言和制造的既成事实面前，“勉勉强强同意的”。威伯法官不想接受这样明显的翻供。他针对基南的发言反诘说：“检察方既然说结束战争是由于天皇的决断，可见直到战争结束，天皇的权限是毋庸置疑的。由此也能够想象战争开始的时候天皇的权限。” 1990年公开的“昭和天皇独白录”完全证实了上述情况。
1992年，日本nhk电视台为制作有关纪念“终战”的节目，其中涉及了为什么没有审判天皇的问题。在采访当时检察局两名成员的时候，他们称，当时内部已经知道不对天皇追究责任，但是没有文件，ips资料中关于天皇责任问题的内容很少。基南为统一检察局的意见，不正面讨论天皇的问题，采取了确定没有天皇的战犯嫌疑人名单这种策略性的方法。但是，来自美国的检察官都认为应当追究天皇的战争责任。基南本人在1945年12月26日给友人的信中说：“有人认为天皇对结束敌对关系起了很大的作用，是救了美国人的命，其实是错误的。我的意见是今后天皇制的存在是极其危险的，应当除去。”
东京审判之所以有上述缺陷，很重要的原因是审判的主导权掌握在美国手中。法庭的设置和审判规则，战争犯罪概念的规定等都由盟军最高司令官(scap) 麦克阿瑟决定。虽然有澳大利亚和苏联的极力反对，但是美国在逮捕战犯嫌疑人等审判准备的过程中一再地制造既成事实，因此其意图基本上得到了贯彻。
1946年1月19日，麦克阿瑟公布了远东国际军事法庭的审判条例，决定了东京审判的基本原则。同纽伦堡审判的条例相比较可以看出，从任命检察官和法官开始，权力就掌握在scap，即美国的手中，与纽伦堡审判由美、英、法、苏四国共同协调行动的情况很不相同。
纽伦堡审判于1946年10月宣布结束。但是在那之后，依然是在纽伦堡，由美军提出了12件相当于a级审判的案件进行审判，一直持续到1949年4月。另外，有关各国也对纳粹进行了审判。更重要的是，在美、英、法、苏各自的占领区内，以及在1949年德国分裂后的两个区域内，都把处罚纳粹战犯写进了刑法，由德国人进行了非纳粹化的国内审判。特别是在联邦德国，对纳粹战犯的追究一直在进行，时效一再延长，进而到1979年撤销了时效的限制。
而在日本，随着冷战的爆发，美国急于将日本纳入自己的全球战略，因此进一步放弃了对日本战争责任的追究。1946年3月，盟总全面禁止了对日本战争罪行的调查，1948年11月，东京审判结束后，原计划进行的甲级战犯审判和有关国家的乙、丙级战犯审判也宣告结束。