疫情期間，一位德國公民以個人名義向中國尋求疫苗，在我國藥物緊缺的情況下，竟優先選擇提供給他，其中包括三萬支口罩、幾百套藥物和防護服，并派專機運往德國，親自交在他手上。這一切都隻因他的爺爺是約翰拉貝，這個名字你可能沒聽過，但就是這個人曾在一九三七年的南京大屠殺中，冒着生命危險拯救了二十五萬中國人的性命。
一九三七年，約翰拉貝任命為德國西門分子公司在南京地區的總負責人。在毫無征兆的情況下，多架飛機在南京的上空盤旋并瘋狂投放炸彈，整個城市瞬間變成一片火海。拉貝正在開會，突然發生的爆炸讓人們驚慌失措，他和妻子要回工廠避難，卻發現工廠的大門擠滿了逃難的中國人，他指令保安打開門，然而他剛進去，保安就又把門關上了。拉貝看着可憐的中國人，指令保安必須打開門，人們紛紛進來避難，眼看場面越來越危險。機智的拿出德國國旗，撐開四個角，然後用探照燈打亮，讓中國人躲到旗下避難，人們紛紛跑進去。果然轟炸機見到巨大的萬字旗就掠過其面飛走，不再進行轟炸，人們暫時安全了。
但很快，日軍就全全面占領了南京城，城内一片狼籍，百姓民不聊生。拉貝很想救這裡的百姓，突然他們想到可以以德國人的名義建立國際安全區，而安全區是日本人絕對不可以侵犯的，這樣就可以将受難的百姓收納進來。
不巧的是，明天就是拉貝在西門子公司卸任的時間，他打算乘坐碼頭最後一艘郵輪回德國。第二天他和妻子來到碼頭，這裡已經人山人海，人人都想離開南京城。可意想不到的是，讓妻子上船以後，他卻遲遲沒有上去。沒錯，他決定留下，他還不知道正是這樣的一個決定将拯救幾十萬中國人的性命。他還沒離開碼頭，日軍的飛機就對碼頭的群衆進行瘋狂的轟炸，甚至将已經開走的油輪炸毀。看着這一幕，拉貝痛苦至極，因為自己的妻子還在船上，他還是強忍喪妻之痛，和同伴們建起安全區。
眼看着南京城城中百姓流離失所，但安全區隻能容納十萬人，他們最後決定強行收留二十萬。但國際法中有條規定，就是交戰雙方的士兵不得進入安全區，他們破不得已隻能被迫交出這裡的戰俘。本以為這樣能保證戰俘們的安全，但接下來的一幕讓他們徹底震驚了，他們剛交出戰俘，隻聽一陣槍聲傳來，日軍竟用機槍将戰俘全部屠殺。他們根本不把國際公約放在眼裡，喪失了基本的道德和人性。
看着一個個被殘害屠殺的中國人，拉貝決定救助更多的中國人。但二十萬難民每天的食物需求量相當之大，拉貝幾人想盡辦法搞到的糧食卻被日軍攔下，竟跟他們索要巨額的關稅，一袋大米一萬元，這和搶錢有什麼差別？他們根本拿不出這麼多錢，唯一的辦法就是和日本軍官進行談判。談判桌上，日本軍官對他們絲毫不屑，對殺害戰俘的事也輕描淡寫。在拉貝的努力下，終于争取到了免除關稅。
談完以後，拉貝出門卻發現自己的一位中國司機不見了，原來就在剛剛，日本士兵要求這位司機必須呆在車上，而司機就因為聽不懂他的話就被拉去了刑場。當拉貝找到他，卻看到日本軍官正一個個砍下中國人的頭顱，這就是日本軍官臭名昭著的砍頭比賽。這是南京大屠殺中臭名昭著的砍頭比賽，兩名日本軍官不斷砍下中國人的頭顱，在規定時間内砍下較多的一方獲勝。他們還印發在報紙上，當成榮譽進行大肆宣傳，簡直是毫無人性。
拉貝看到這一幕震驚了他的司機就因為聽不懂日本士兵的話，就被拉去砍了頭。他決定讨個說法，但日本軍官卻沒有絲毫的悔意。還好他允許拉貝在戰俘營中挑選一個會說德語的人給他當司機。當拉貝見到這些戰俘，明白他們不可能會說德語，他便提出如果找不到會德語的人，就要帶走二十個戰俘作為補償，他是想救走更多的人。日本軍官答應了。當問到大家有沒有會說德語的人，沒想到一位青年卻舉起了的手。日本軍官讓他出列，要求他講幾句德語，已是真假，但這位青年卻吞吞吐吐，看來他根本不會。貝拉想把他帶走，便引導他，哪怕是胡亂說幾句聽不懂的話，可即便是這樣，他也沒有開口，沒人知道這位青年其實是在救人，因為他意識到如果自己不開口說話，就會有更多的人被救走。在危難時刻，這種心系同胞的精神讓人為之敬佩。于是拉貝開始挑人，這是他最糾結、也是最心痛的時候，因為他不想放棄任何一個中國人。他看到一個年齡比較大的青年問他是不是有孩子，青年點了點頭，于是便選了他。他挑選着一個個青年，就好像把他們從死神手裡拽了出來。但當選完以後，拉貝看到他們後眼鏡擺了一排被砍下來的頭顱，他知道這些沒被選中的人将遭受同樣的命運。他躺在床上痛苦，恨自己無能為力。