88-89賽季，拜仁慕尼黑在海因克斯的帶領下獲得了德甲冠軍，但是馬特烏斯、布雷默等球員轉會意甲後，拜仁在歐冠賽場的競争力就有所下降，是以在1989年夏天，拜仁斥資160萬馬克，将當時德國最好的後衛尤爾根科勒爾招緻麾下。這一轉會是非常關鍵的，科勒爾的到來，幫助拜仁再次殺入歐冠四強。
但是在進入半決賽後，拜仁又遇到了強大的米蘭，科勒再次面對老對手巴斯滕。在首回合比賽中，米蘭主場獲得一粒點球，巴斯滕一蹴而就取得先機，拜仁并沒有獲得客場進球。在第二回合比賽中，拜仁表現出色，科勒也沒有再給巴斯滕任何機會。斯特倫次獲得進球，将總比賽追成1比1。最終兩隊進入加時賽， 米蘭前鋒博格諾沃在101分鐘挑射得分，取得客場進球，雖然麥金納利随後為拜仁打入一球，但最終拜仁以客場進球劣勢被淘汰。雖然很遺憾，但幾天後，拜仁就衛冕了德甲冠軍，這也是24歲的科勒爾第一次獲得冠軍獎杯，他和隊友瘋狂慶祝。
1990年世界杯，科勒爾作為西德隊主力中後衛，主要還是盯防對手的得分手，小組賽階段，西德隊取得兩勝一平頭名出線，沒想到荷蘭隊在f組取得小組第三勉強進入八強，直接面對西德隊，科勒爾再次面對的他老熟人巴斯滕，這次他沒有給荷蘭人任何機會，一通死纏爛打将巴斯滕徹底當機，而裡傑卡爾德和沃勒爾的同歸于盡，讓西德隊占據先機，最終西德隊2比1擊敗荷蘭晉級9強，賽後曾一直吐槽科勒爾動作粗野的巴斯滕承認，德國大漢是令他最難受的後衛，他的表現是世界級的。
在當時的規則下，科勒的防守确實很粗野，側後方鏟球是家常便飯，但是也不能否認，科勒防守的預判極好，補位及時，鏟球精确，身體強壯，速度也不慢。在巴斯滕之後，他又讓在小組賽打入五球的捷克斯洛伐克高中鋒斯庫赫拉維啞火，西德隊1比0進入四強。半決賽科勒又面對英格蘭神鋒萊因克爾，布雷默率先為西德隊任意球得分，科勒再次對萊因克爾進行貼身防守，但這次小個子的英格蘭人還是夾縫求生，用一次擋拆甩開科勒爾得分，但是在之後的點球大戰，西德隊還是依靠鋼鐵版的意志獲得了勝利。
1990年世界杯決賽，西德面對阿根廷，這場比賽科勒的壓力卻小了不少，一方面阿根廷隊狀态火熱的卡尼吉亞停賽，對方進攻核心馬拉多納又由馬特烏斯和布赫瓦爾德照顧。科勒爾面對的是阿根廷隊的9号德佐蒂，實力并不突出。開場不久，阿根廷隊的蒙松又被紅牌罰下，西德隊在場面上一直占據優勢，在西德隊依靠布雷默的點球獲得領先後，被科勒爾盯防得非常郁悶的德佐蒂氣急敗壞，将科勒爾拉倒，也吃到了紅牌，最終少兩人的阿根廷隊無力回天，西德隊第三次獲得世界杯冠軍。
經過1990年世界杯的洗禮，科勒成為了世界足壇最炙手可熱的後衛，雖然拜仁慕尼黑有6名球員是世界杯冠軍西德隊的成員，但是在90-91賽季中，他們卻隻獲得了德甲亞軍，冠軍獎杯被凱澤斯勞滕奪走。91-92賽季，兩德合并後德甲聯賽面臨重組，尤文圖斯向拜仁後防線上兩位大将發出了邀請，1991年夏天，科勒和魯伊特一同轉會尤文圖斯，科勒的身價是400萬馬克，而魯伊特是300萬馬克。
當時全世界最優秀的球員都彙聚到了意大利，但想要在意大利立足并不容易，魯伊特就在一個賽季後回到了德國，而擅長防守的科勒卻成了特拉帕托尼手下的愛将，和科勒搭檔的是巴西後衛塞薩爾，那些世界級前鋒的噩夢也開始了。91-92賽季賽季，當時的米蘭是意甲最強的球隊，但尤文圖斯在和米蘭的兩回合較量中，平分秋色，兩場1比1，科勒的表現極其出色，在首回合比賽結束後，巴斯滕和他交換了球衣，歡迎他來到意甲。日後，科勒在談起巴斯滕是，他直言不諱，巴斯滕是真正的全能中鋒，在我看來他比萊萬更強。首個賽季，尤文圖斯落後米蘭8分獲得聯賽亞軍，對于科勒而言，這是個不錯的結果。
1992年歐錦賽，德國隊也基本完成了新老交替，雖然馬特烏斯因傷缺陣，但在兩德合并後，薩默爾的加入讓德國實力有增無減，但陣容還有待磨合，他們在小組賽首輪和前蘇聯1比1戰平，卻付出了沃勒爾受傷的代價，第二輪小組賽2比0擊敗蘇格蘭，在最後一輪，他們的再次遇上了荷蘭隊，這次的荷蘭隊明顯有備而來，老帥米歇爾斯挂帥，荷蘭三劍客全部到位，而荷蘭新一代的進攻天才博格坎普的加入，讓科勒爾有點顧此失彼，他還在比賽中吃到了一張黃牌，這是科勒參加三界大賽以來的第一張黃牌，可見其防守技術之精湛。最終荷蘭3比1輕取德國，但是德國隊還是以小組第二出線。
在小組出線後，德國隊遇上了東道主瑞典隊，福格茨隊陣容進行了一番調整，此時的北歐海盜也是兵強馬壯，鋒線上的黑人壯漢達赫林，娃娃臉布洛林和高中鋒安德森，不過德國隊由哈斯勒任意球破門取得先機，此後裡德爾梅開二度，德國3比2殺入決賽。本以為德國隊将再次面對實力強大的荷蘭，沒想到荷蘭在點球大戰被黑馬丹麥擊敗。始料未及的德國隊在決賽中用科勒負責盯防小勞德魯普，誰也沒料到最可靠的隊長布雷默在左路連續出錯，德國隊被丹麥0比2完爆，雖然科勒入選了本屆歐洲杯最佳陣容，但他歐洲杯冠軍泡湯。要想圓滿，26歲的科勒，必須再等四年。