miRNA與轉錄組聯合分析

簡介

MicroRNA（miRNA）是内源性的、單鍊的非編碼調控小分子，在生物體内通過抑制基因的表達發揮作用。每個miRNA可以有多個靶标基因，同時，一個基因也可能受多個miRNA的調節。是以，這種複雜的調節網絡既可以通過一個miRNA來調控多個基因的表達，也可以通過幾個miRNA的組合來精細調控某個基因的表達。

通過miRNA與mRNA聯合分析，可以更加準确的分析其中的互相作用或者調控機制。首先通過miRNA測序可以鑒定MiRNA，并獲得 miRNA 和靶基因的關系對資訊。再對miRNA與mRNA進行差異表達的分析，鑒定出關鍵miRNA與基因，再通過miRNA-靶基因網絡調控圖可以直接展示 miRNA調控多個靶基因以及同一個靶基因被多個 miRNA 調控的情況。通過将這兩者資料進行整合分析，可以挖掘基因表達過程中參與的調控機制。

一般分析思路

相關文章舉例

1. Moraes, L.N, et al. Integration of miRNA and mRNA expression profiles reveals microRNA-regulated networks during muscle wasting in cardiac cachexia[J]. Sci Rep, 7, 6998 (2017). https://doi.org/10.1038/s41598-017-07236-2.
2. Guo, L. et al. miRNA and mRNA expression analysis reveals potential sex-biased miRNA expression[J]. Sci Rep 7, 39812 (2017).
3. Zhao X , Yang G , Liu X , et al. Integrated Analysis of Seed microRNA and mRNA Transcriptome Reveals Important Functional Genes and microRNA-Targets in the Process of Walnut (Juglans regia) Seed Oil Accumulation[J]. International Journal of Molecular Sciences, 2020, 21(23):9093.