miRNA与转录组联合分析

简介

MicroRNA（miRNA）是内源性的、单链的非编码调控小分子，在生物体内通过抑制基因的表达发挥作用。每个miRNA可以有多个靶标基因，同时，一个基因也可能受多个miRNA的调节。因此，这种复杂的调节网络既可以通过一个miRNA来调控多个基因的表达，也可以通过几个miRNA的组合来精细调控某个基因的表达。

通过miRNA与mRNA联合分析，可以更加准确的分析其中的相互作用或者调控机制。首先通过miRNA测序可以鉴定MiRNA，并获得 miRNA 和靶基因的关系对信息。再对miRNA与mRNA进行差异表达的分析，鉴定出关键miRNA与基因，再通过miRNA-靶基因网络调控图可以直接展示 miRNA调控多个靶基因以及同一个靶基因被多个 miRNA 调控的情况。通过将这两者数据进行整合分析，可以挖掘基因表达过程中参与的调控机制。

一般分析思路

相关文章举例

1. Moraes, L.N, et al. Integration of miRNA and mRNA expression profiles reveals microRNA-regulated networks during muscle wasting in cardiac cachexia[J]. Sci Rep, 7, 6998 (2017). https://doi.org/10.1038/s41598-017-07236-2.
2. Guo, L. et al. miRNA and mRNA expression analysis reveals potential sex-biased miRNA expression[J]. Sci Rep 7, 39812 (2017).
3. Zhao X , Yang G , Liu X , et al. Integrated Analysis of Seed microRNA and mRNA Transcriptome Reveals Important Functional Genes and microRNA-Targets in the Process of Walnut (Juglans regia) Seed Oil Accumulation[J]. International Journal of Molecular Sciences, 2020, 21(23):9093.