轉錄組分析資料準備
在這之前，我們要明白，進行轉錄組分析，我們需要那些檔案
- 測序資料
- 樣本資訊表
- 基因組序列(genome.fasta)
- 基因注釋檔案(genes.gtf)
-
蛋白序列（proteins.fasta）
其中，測序資料可以自己去公司測序，或在公開的資源網站進行下載下傳。
樣本資訊表，是自己根據測序資料進行編輯。至于基因組序列，基因注釋檔案和蛋白序列檔案，則需要自己在網上下載下傳，今天我們就介紹怎麼樣從ensembl上面下載下傳這三組資料，選擇ensembl的是因為它更新快，而且資料可靠。
資料的下載下傳
首先，我們打開浏覽器輸入ensembl，進入它的官網
可以在search欄裡面查找自己感興趣的物種，或者直接點選用的比較多的人，小鼠或者斑馬魚的資料，我們就以人為例，來進行下載下傳
基因組序列檔案
我們先點選Genome assembly: GRCh38.p13下面的dowload sequence（這個時候，千萬千萬不要處于翻牆狀态，不然會打不開ftp網址）
可以看到，這裡面有許多基因組序列檔案，而我們做轉錄組需要的是primary_assembly.fa.gz這個序列檔案，直接右鍵複制連結位址，在linux下使用wget下載下傳就行了
基因注釋檔案
傳回剛剛的界面，點選Gene annotation裡面的Download GTF
我們使用的是Homo_sapiens/GRCH38.99.gtf.gz
同樣的我們複制下載下傳連結，在linux裡面用wget下載下傳就行了
在這裡我們需要注意的是，在有gtf和gff檔案的時候，我們優先使用gtf檔案，隻有gff檔案時，我們要把gff檔案改成gtf檔案
蛋白序列檔案
還是傳回剛才的界面，點選Download FASTA
進入之後，我們點選pep/檔案夾，這個檔案是存放蛋白序列的檔案夾
然後我們用同樣的方法下載下傳Homo_sapiens/GRCH38.99.pep.all.fa.gz就行了
這樣，我們做轉錄組分析所需要的資料就全部準備好啦。