2021.01.25丨conda環境配置

• 最近新換了伺服器，需要重新搭建工作環境，在此整理記錄一下環境搭建步驟
• 安裝miniconda
  • 下載下傳位址：https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html

  • 

  • 以Miniconda3 Linux 64-bit為例

  • sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
               

  • 一路空格、yes。注意，安裝接近完成後會問你是否開機預設進入conda/base環境，這個根據個人喜好，我是習慣了base環境，是以我選擇的yes
• 設定Anaconda 鏡像源
  • 設定鏡像源可以友善我們更快下載下傳工具，一般配置清華鏡像源或者中科大鏡像源
    • 清華鏡像源：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/
    • 中科大鏡像源：https://mirrors.ustc.edu.cn/help/anaconda.html
  • 以清華鏡像源安裝為例：
    • conda config --set show_channel_urls yes #主目錄生成.condarc檔案

    • vi ~/.condarc
                 

    • 粘貼以下代碼，增加鏡像源：

    • channels:
      - defaults
      show_channel_urls: true
      channel_alias: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda
      default_channels:
      - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
      - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch
      - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
      - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
      - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud//pytorch
      - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
      - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
      - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
      - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
                 

    • 

• 測試

  • conda install fastqc fastp hisat2
               

  • 如果能夠搜尋到安裝包即鏡像源設定成功