生信學習筆記：用conda安裝bwa、samtools和tophat2以及問題解決

用conda安裝bwa、samtools和tophat2

• bwa

  $ conda install bwa

• samtools

  $ conda install samtools

• tophat2
  • 安裝

    wget http://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat-2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz

  • 解壓

    tar -zxvf tophat-2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz

  • 加入環境變量path

    export PATH=/home/ZQK/tophat-2.1.0.Linux_x86_64/:$PATH

  • 測試

這裡發現會報錯，是因為目前解釋器的環境不是python2，那麼如何解決這個問題呢，因為我自己用的是Ubuntu 20.04版本，内置是的python3，是以這裡我選擇用conda（我這裡用的是miniconda3）配置一個python2的環境來安裝tophat2

解決tophat2安裝出現報錯問題的步驟：

• 首先cd到目錄下啟動conda

  cd miniconda3/bin . ./activate

• 我本身預設的conda環境是python2，這裡建立一個python2（以python2.7為例）的環境變量

  conda create --name python27 python=2.7 -y

• 檢視目前環境

  conda info -e

  

這裡就列出了除本來我預設的python3環境（base）之外，剛剛添加上的python2環境（python27），複制記下python2環境的路徑便于等下操作，且此時我依然還是在python3環境中

• 切換到建立的python2環境，使用指令：

  source activate python27

  回車可以看見已經由原本的python3環境轉到了剛剛建立的python2環境，前面的辨別也由（base）變成了剛剛的環境命名（python27）

  

• 在此時python2的環境下，到tophat2安裝目錄下

  cd tophat-2.1.0.Linux_x86_64

  檢視目錄下檔案

  

  找到tophat檔案，并使用

  vi tophat

  指令進入編輯器，按i進入編輯模式，使用鍵盤上下左右鍵定位到第一行，将第一行的

  #!/usr/bin/env python

  替換成剛剛建立的python2環境的路徑，比如我的是

  /home/twocanis/miniconda3/envs/python27

  ，按Esc後

  :wq

  儲存退出
• 此時運作tophat2

  

  成功~

另外一些小問題：

如果按照上述裝完在最後一步出現

可以先配置完環境後再在python2環境中重裝tophat2就行，如果直接在python2環境中裝就不會遇到報錯，直接成功運作。

如果想在conda中切換回python3環境

activate base(原本python3的環境變量名)

參考資料：

安裝tophat2時遇到的問題

tophat2安裝和問題解決

用 Anaconda 完美解決 Python2 和 python3 共存問題