無需寫代碼的高顔值富集分析神器

富集分析是了解一個基因集功能傾向性的一個方式，在組學研究領域應用廣泛。常見的有基于差異基因的

Over-representation

分析，也就是常說的GO、KEGG富集分析和

Functional class scoring

分析，如GSEA。這兩種富集分析算法不同，但可以都支援同樣的注釋集，如GO、KEGG或其他類型的注釋。基本原則隻有一個：基因集的基因名字與注釋集的基因名字能比對。剩下的就是了解下原理去操作了。

下面三篇文章建議仔細多讀幾遍，尤其是原了解釋部分。對以後的分析事半功倍。做了一年的教育訓練的體驗是：學不會是因為沒時間。時間用到了，自然就會了，教育訓練現場的進度就是最好的支援證據。我們的教育訓練希望在3天時間告訴大家需要3個月到半年可以掌握的知識，多讀幾遍也就都會了 (跑題了)。

• GO、GSEA富集分析一網打進
• GSEA富集分析 - 界面操作
• 去東方，最好用的線上GO富集分析工具

今天給大家介紹的是Cytoscape的插件??ClueGO。ClueGO能以網絡圖的形式來展示GO富集結果。

除了線上工具和R代碼，今天帶來的是網絡繪制工具Cytoscape的一個插件

ClueGO

，支援200多個物種，支援資料庫實時更新，支援多個注釋資料集，支援多集合富集結果比較和網絡圖展示。配合Cytoscape的網絡操作，可以做更多探索。下面看看怎麼安裝和使用吧。

ClueGO安裝

官網下載下傳

（http://apps.cytoscape.org/apps/cluego）

2.Cytoscape的APP Manager中下載下傳

ClueGO激活

ClueGO第一次使用需要按照提示申請

license

，申請網址為：http://www.ici.upmc.fr/cluego/cluegoLicense.shtml。 點選

Request a license key

，填寫基本資訊之後送出稽核，稽核時間可能需要幾天。拿到license之後點選

App-ClueGO

，在彈出的提示框中輸入

license

即可激活ClueGO。

簡單使用ClueGO

1. 上傳資料

可以粘貼基因的

id

、

symbol

等或從本地上傳檔案 (富集分析的基因集隻需要基因名字)，我們以ClueGO的示例檔案“CluePediaExampleFile_Th1RelatedGenes.txt”為例，并選擇其對應物種和自動識别

Gene id

類型選項。

2. 選擇富集資料集和富集标準

預設是BP，我們增加選擇了CC和MF。同時可以在右側選擇不同支援度的注釋，實驗支援的、人工校對的還是計算預測的等。GO中的

IEA

資料為電子注釋結果。如果物種注釋的好，如模式生物，可以比較下有無

IEA

對富集結果的影響。

然後勾選以下選項，目的是隻顯示p值<=0.05的富集結果。具體選擇的富集顯著性

Pvalue

，可自行調整。

3. 富集分析和結果展示

點選

start

開始進行富集分析

運作結束後，會跳出一個簡述富集結果資訊的提示框，包括

物種

,

基因名字

，

比對的注釋資訊

，

重疊度

和

備援度

等資訊。

Cytoscape的網絡視圖中展示的是富集結果的網絡圖。每個節點為代表性富集通路，節點的連線代表通路之間的共有的基因數，顔色代表該節點的富集情況分類(隸屬于哪個功能組，顔色和表格形式的的ClueGO結果對應)。

4. 結果導出矢量圖和表格

結果導出為矢量圖

結果儲存為表格或Excel格式

ClueGO優勢

1. 物種豐富，并支援手動下載下傳

本地有人類和小鼠可選，也可根據需要下載下傳，支援近200個物種。

2. 物種注釋手動更新

(前面推薦的GOEAST是每周更新，這個可以認為是實時更新。R中的注釋包相比來說更新的慢了些，需要社群釋出新版本或自己整理。)

3. 多種網絡布局和自由網絡設計

網絡布局類型選擇

style

選項可對網絡的顔色，節點，網絡等進行修改。還可以映射其它如表達量資訊等。

4. 多個資料集比較

同時導入2組或多組基因清單，可以進行比較分析。

富集結果

資訊概括

網絡圖和詳細資訊

5. 連結外源資料庫

看到感興趣的基因、通路，可以直接選擇需要的外源資料庫查詢獲得更多資訊。

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易生信生物資訊教育訓練

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