伊斯蘭中間主義思潮興起。
穆兄會通過選舉控制了職業協會，進而從政壇邊緣逐漸走向中心，擴大了伊斯蘭的影響力和話語權。作為公民社會的主體，職業協會與國家的統治中心有着緊密的聯系。政策的制定需要吸納公民的參與，另一方面國家也鼓勵進行政策倡導和監督政府行為。
“從某種意義上講，埃及的同業公會比政黨更為關鍵，因為正如許多第三世界的國家一樣，埃及的政黨處于‘欠發展狀态’”。穆兄會通過對行業公會的滲透，“融合成為社會力量”，“兄弟會不再被視為由異化的、處于社會邊緣的激進分子所組成的極端組織，而是成為埃及社會主流伊斯蘭教的一部分。”上世紀90年代，穆兄會與穆巴拉克政府的關系逐漸惡化。
穆巴拉克政府發起了一系列針對穆兄會的壓制政策。穆兄會适當地調整了政治政策，淡化其宗教色彩，制定溫和而務實的政治政策。
“現代伊斯蘭主義與世俗自由主義的立場日漸趨同”。世紀之交，伊斯蘭中間主義思潮興起，穆兄會的世俗化發展成為埃及群眾政治運動的新動向。穆兄會對埃及專業協會的控制很快引起了穆巴拉克政府的警覺。
再加上1993年，伊斯蘭極端分子武裝暴力事件不斷更新。世俗政府開始譴責穆兄會是一個“非法組織”，與極端分子有着密切的聯系。
“1992年，阿爾及利亞的伊斯蘭主義組織——伊斯蘭拯救陣線在選舉中獲得勝利”。這引起了穆巴拉克政府的恐慌，1995年埃及議會大選之前，國家安全部門拘留了百餘名穆兄會的主要活動人士，其中絕大多數是負責選舉的從業人員和候選人。
國家在這個時候大力打擊伊斯蘭主義者，将穆兄會視為最大的政治威脅，擔心阿爾及利亞的選舉結果在埃及重演，穆巴拉克的威權統治走向極緻。
穆兄會和穆巴拉克政權之間的危機引發了組織内的自我檢討浪潮。在政府的高壓之下，穆兄會組織的活動受到越來越多的行政限制。事實上直到90年代末，穆兄會一直保持着嚴謹而低調的緊縮狀态，生怕激進的言論引發政府新一輪的鎮壓。
此時穆兄會内部出現了分裂，那些一直把持着指導局管理權的高層領袖大都是七八十歲的高齡了，他們中有些人經曆過納賽爾的牢獄之苦、薩達特1980年的鎮壓，他們在與穆巴拉克政權之間的争奪始終持保守态度。
而70年代末新加入的新生代，他們在求學生涯中習得的積極進取思想顯然與保守思想格格不入。正是在他們的帶領下，穆兄會取得了議會和職業協會中的選舉的勝利。
“穆巴拉克時期，來自校園的學生領袖阿蔔杜勒·穆尼姆·阿布·富圖、阿布·阿拉·馬迪和伊薩姆·伊利延成為新生代的核心成員”。他們批判老一輩上司人思想僵化，沉迷于内部的權力鬥争，不擅長聯合潛在的政治同盟。
“自90年代中期起，新生代在穆斯林兄弟會的影響力逐漸擴大，穆斯林兄弟會的政治理念和政治綱領也發生了改變”。新生代雖然得到了第三代總訓師泰勒邁薩尼的支援，但卻長期以來被排斥在指導局之外。80年代到90年代初，穆兄會的核心仍然是保守派。1992年穆兄會在律師協會的選舉成功，在此之前律師協會一直被左翼勢力牢牢掌控。
對律師協會的控制标志着穆兄會世俗化的趨勢，穆兄會内部新生代日漸崛起。1996年，穆兄會内部保守派與新生派之間的緊張關系達到頂峰。這一年的一月份，83歲高齡的第四任總訓師哈米德·阿布·納斯爾（HamidAbuNasr)去世，随之圍繞繼承人問題引發了兩派的争執。
按照常理繼任者應該公平選舉産生，而穆兄會發言人馬蒙·候戴比（Ma’munHudeibi)在納斯爾的葬禮上匆忙宣布七十六歲的穆斯塔法·馬什胡爾（MustafaMashhuer)繼任為新的總訓師。新生代對保守派藐視選舉程式，把持訓導局的高層指揮權十分憤慨。
同月，馬迪上司新生派組建瓦薩特黨（WasatParty，取“中間”之意),宣稱他們代表着更廣泛的公民權益，旨在伊斯蘭信仰的基礎上成立政黨，是伊斯蘭主義多元化的産物。
