這是被機器種植出來而非生養出來的人類。他們每天被浸泡在營養艙中。在出生前，他們會被放置在類似子宮的器皿中進行培育。他們發育成型後，在這裡首先會經過機器篩選，一旦合格就會被立即采摘帶走。
他們被培育出來的唯一目睹，就是使用身體産生的生物電能和體熱為這座發電廠供，把活生生的人類當成了電池。不幸的是總有部分人類會死亡或被淘汰。他們往往會被機器拆掉後腦的腦機接口，然後身上的營養液導管也會有序的崩住。最終被無情的抛棄。
他們會被丢進下水道直達回收中心，然後等待着下一步的處理加工，最終經過處理變成黑色液體，為其他正常的人類提供營養物質并實作循環利用。
為了更加便捷的控制人類，機器人在人類的腦後設定了一個連接配接程式的腦機接口，以此來控制人類的意識，讓其生活在感覺真真實的虛拟世界中。這就是影片中提到的無形無智的矩陣，也就是母體。男主尼奧也是虛拟世界中的一員。
他白天在一家軟體公司正常工作，晚上則以黑客身份在家尋找有價值的資訊。一天他在網上遇到了同為黑客的女人崔尼迪，但他的舉動很快就被警察追蹤到。準備逮捕崔尼蒂時，崔尼蒂在較短時間内就用一套連續的動作成功組織，并成功做出了影片中的經典子彈時間動作。接着對方被大力一腳踢黑，另一名警察反應過來後，連開幾槍也未傷崔尼蒂分毫，他們根本不是崔尼蒂的對手。
這時，特工也就是矩陣中的殺毒程式，帶着警察們突然出現在現場。崔尼蒂自知不是特工的對手隻好拼命逃跑，隻見他一個大力跳躍月至對面樓上，并随後做了一個翻白沖沖，特工也不甘示弱，在警察們震驚感歎的表情下重重爬向地面，不料他放棄了追擊崔尼蒂卻頭也不回的繼續奔跑。
更是借助助跑後，奮力一躍絲滑地跳進對面大門内。确定完對方沒有追來後，崔尼蒂急忙起身離開，向着指定的地方跑去。片刻後他終于來到了電話亭。
然而這時特工駕駛着卡車出現在面前，電話鈴聲此刻如約響起，崔尼蒂已經顧不了那麼多，因為這是他唯一離開的機會。索性在卡車到來前的關鍵時刻他接到了電話，當卡車猛然間大力的撞向電話亭。
特工史密斯充滿希望的下車檢視知識。崔尼蒂已經通過電話離開了這個虛拟世界，留下的隻剩三名特工的無奈和不甘心。
但他們收到了現人的申報，将下的目标鎖定在了男主尼奧身上。
次日尼奧上班時接到一個陌生人打來的電話，并且告訴他有三名特工正氣勢洶洶的而來。電話裡的男人隻是引導尼奧抓緊離開，但最終還是晚了一步，尼奧被他們帶進了一間審訊室。
吉娜人員帶來了尼奧近年來做黑客的犯罪記錄。然而他們的目的并不是這些，而是要尼奧給出與之電話聯系之人。但尼奧并不知情，他請求打電話找律師維護自身權利，并且伸出了一個友好的手勢令尼奧意想不到的是，對方卻封住了他的嘴。
史密斯見狀非常得意，尼奧滿懷着恐懼和不安被兩名特工無情地按在桌子上。緊接着史密斯面無表情地從盒内拿出一個奇怪的東西，在很短的時間内，就變換成一條定位機器蟲。史密斯毫不猶豫的将其放在了尼奧的腹部。機械蟲的足迹很快就鎖定了尼奧的肚臍并向裡面鑽了進去。無論尼奧如何痛苦掙紮，最終仍然無濟于事。突然尼奧從睡突然醒了過來。這時電話鈴聲突然響起，盡管尼奧心中充滿了疑惑和恐懼，但他還是拿起了電話，對方聲稱尼奧就是救世主，一直在尋找他。而尼奧也對這個世界充滿了疑惑。最終雙方約定了見面地點，然而出現的并不是電話裡的男人而是崔尼迪。
尼奧并沒有遲疑就上了車，怎料剛上車就被另一個女人用槍線制住，崔尼奧并沒有解釋太多，而是立即拿起了真空吸蟲裝置。接着放置在尼奧腹部後猛然間啟動了裝置，崔尼奧開啟圖像掃描後迅速地鎖定了機械蟲。在裝置作用夏尼奧忍不住思考崔尼蒂瞅準時機果斷地按下開關定位蟲被立刻吸了出來。尼奧沒想到這竟然是真的。
尼奧拿開機器後，趕緊将機械定位重心扔出車外，由于雨水的影響這枚機械蟲失去了作用。不久之後崔尼迪帶着尼奧進入了一個房間，這時房間内出現一個男人，他是反抗軍的上司者孟非斯。
前與尼奧通電話的那個人正是此人，尼奧顯然有些不是被對方的氣場震懾住。孟菲思猜中了尼奧這次前來，是因為覺察到這個世界有異樣，且他特意來尋找答案告訴尼奧，這個世界被矩陣所支配，人類生在一座意識被囚禁的監獄内。
為了更加直覺清晰的讓尼奧了解真相，崔尼奧拿出兩顆藥丸告訴尼奧選擇藍色繼續生活在原先的虛拟世界，而選擇紅色則可以了解這個世界的真相，矩陣的真正含義以及尼奧長期以來的困惑。尼奧毫不猶豫的選擇了那顆紅色藥丸。
原來紅色藥丸是一個追蹤程式，在經過其他組織成員一系列娴熟的操作程式後，一種銀色液體開始蔓延尼奧的全身，直至進入他的體内，并開始追蹤他的真實群體。原來他的真實群體被放置在營養艙内。尼奧經過一番痛苦的掙紮過後，艱難的站起身，他拔出了口中的營養管，但驚恐還未退去，他稍微反應了一下，觀察周圍情況時發現了一幕不可思議的景象。
