makeblastdb注意事項

本地blast，需要自行建構資料庫。那麼就要用到makeblastdb。這個指令很簡單。

USAGE
  makeblastdb [-h] [-help] [-in input_file] [-input_type type]
    -dbtype molecule_type [-title database_title] [-parse_seqids]
    [-hash_index] [-mask_data mask_data_files] [-mask_id mask_algo_ids]
    [-mask_desc mask_algo_descriptions] [-gi_mask]
    [-gi_mask_name gi_based_mask_names] [-out database_name]
    [-max_file_sz number_of_bytes] [-logfile File_Name] [-taxid TaxID]
    [-taxid_map TaxIDMapFile] [-version]

DESCRIPTION
   Application to create BLAST databases, version 2.4.0+

Use '-help' to print detailed descriptions of command line arguments

           

建庫指令如下：

makeblastdb -in IWGSC_v1_blastdb.fasta -dbtype nucl -title CS_v1_full -parse_seqids -out CS_v1_full
           

makeblastdb時一定要加上 -parse_seqids ，否則調取序列會有問題。調取序列的指令是：

blastdbcmd -db CS_v1._full -entry chr1A -range -  #因未寫輸出檔案，預設輸出到螢幕
>chr1A 
TAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCCTAACCCTAAACCCTAACCAAAACCCTAAACCCTAAACCCCTAAA
CCCTAAACCCTAACCTAAA
           

如果不加 -parse_seqids，會出現 OID not found的錯誤。

當要調取的序列較大時可以将序列輸出☞檔案，見如下指令。然後

blastdbcmd -db /data2/Fshare/IWGSC_v1.Formatdb/CS_v1.merge -entry chr1A_part1 -range - -out result.fasta
scp mollab@192..:/home/mollab/result.fasta ~/Desktop/ #此條指令需要在本機執行，不是在伺服器端執行，并且需要輸入密碼，檔案儲存在你自己電腦的桌面上