台灣自古以來就是我國的領土，但是由于其地理位置的重要性，日本從近代以來，一直都觊觎着寶島台灣。同治13年，也就是公元1874年，日本以征讨殺害琉球船民的台灣“番民”為借口，悍然派兵在台灣南部登陸，并企圖在台灣長期據守。
當時清政府的硬實力在日本之上，是以在經過一番交涉後，日本畏懼清政府的實力，撤離了台灣。但是雙方簽訂的《日清兩國互換條款》提供了清朝承認琉球為日本屬國的口實，1879年，日本利用這一口實正式吞并了琉球，改為沖繩縣，從此琉球不複為中國藩屬，這也為後來日本進一步侵略台灣打下了基礎。
此後，日本不斷地派遣人員僞裝成畫家，醫生，傳教士遊曆台灣，調查台灣的地形，地貌以及當地的社會背景。日本還派出專業的測繪人員到台灣進行測繪，為後來日本的全面侵台做準備。
1894年，清政府在甲午戰争中戰敗，腐敗無能的清政府決定将台灣割讓給日本。消息傳出去後，舉國嘩然。台灣本島士紳一邊争取各國援助，一邊繼續呼籲清廷挽回台灣。台灣的軍民還組織了很多地方武裝，準備反抗日本侵略者的統治，駐紮在台灣的清軍拒絕撤離台灣，并高呼；“甯願人人戰死而失台，不願拱手而讓台。”
1895年3月15日，日本海軍聯合艦隊松島、橋立、嚴島、吉野、浪速、高千穗、秋津洲等7艘主力艦，第四水雷艦隊水雷母艦近江丸1艘和水雷艇6艘，運輸船隻鹿兒島丸、金洲丸、小倉丸、新發田丸、西京丸等10艘，以及比志島義輝率領的陸軍混成支隊等，總兵力約6000多人，在艦隊司令長官伊東祐亨中将和參謀長出羽重遠率領下，從佐世保出發，經台灣南方，于20日抵達澎湖南端的将軍澳。
當時駐守在澎湖的清軍有6000餘人，裝備有步槍，野炮，機關炮，速射炮等武器。雖然澎湖最後還失守了，但是清軍在此戰中擊斃日軍1000餘人，日軍在此後的十幾天裡又因為瘟疫死傷上千人，給日軍造成了沉重的打擊。
澎湖失守後，台灣和福建，廣東，浙江，江蘇等省的航道被斷絕，台灣的情況更加惡劣。在北京的台灣舉人，台灣籍官員也聯名上書督察院，力主抗日保台，不過并沒有得到清政府的支援，清政府依然簽訂了喪權辱國的《馬關條約》。
1895年5月10日，日本政府任命海軍大将桦山資紀為首任台灣總督兼陸、海軍務司令官，并擔任辦理接收台灣的全權大臣，指揮近衛師團、常備艦隊、比志島混成支隊，準備接收台灣。
這幾支部隊都是日軍的精銳部隊，日軍的這支近衛師團是明治維新後組建的一支精銳師團，近衛師團下轄近衛步兵第一旅團和近衛步兵第二旅團，以及騎兵大隊，炮兵聯隊，工兵大隊等，有15000名官兵，3500餘匹騾馬，裝備最先進的村田22式連發步槍，近衛師團的師團長是明治天皇的叔叔北白川能久親王。
台灣的清軍其實也不少，自1885年台灣建省以來，駐守台灣的清軍有36營，甲午戰争爆發後，清軍又增兵台灣，其中包括劉永福的8營黑旗軍。到1894年甲午戰争的時候，連同各地的義軍，在台灣的清軍一共有33000人，台灣全島還有12座炮台，300多門大大小小的火炮，以及數萬支來複槍和毛瑟槍，以及數千支溫徹斯特連發槍，可以說裝備并不差，但是在訓練水準上卻不如日軍。
1895年5月28日，日軍軍艦抵達台灣近海，并派出台灣和島内的台灣守軍談判。但是遭到了台灣清軍的射擊，台灣軍民拒絕談判，要求日本軍隊退出台灣近海。29日，日軍開始強行登陸基隆，守衛基隆的清軍憑借地形優勢英勇抵抗，給日軍造成了很大的傷亡。基隆，台北相繼淪陷後，台灣軍民并沒有喪失信心，各地反抗日軍的義軍紛紛揭竿而起，繼續英勇抵抗日軍的侵略，其中以劉永福指揮的黑旗軍作為英勇。
劉永福率領的黑旗軍是一支頗具傳奇色彩的部隊，這支部隊曾參加太平天國運動，之後又進入越南，多次打敗法國殖民者，有力地牽制了想經過紅河入侵中國的法國軍隊。中法戰争結束後，劉永福接受清政府上司，率領黑旗軍駐守在廣東，李永福擔任廣東南澳鎮總兵。
1894年甲午戰争爆發後，劉永福奉命趕赴台灣，擔任台灣軍務幫辦。在台灣期間，劉永福積極備戰，加緊練兵。《馬關條約後》，清政府指令台灣的駐軍和大小官員一律撤回，但是劉永福被台灣人民的抗日熱情所感動，拒絕北渡，決定率領黑旗軍和日寇血戰到底。在此期間，很多的台灣青年，各地的義軍也都加入了劉永福的黑旗軍。
李永福的黑旗軍給侵台日寇造成了很大的傷亡，日本政府為了盡快實作占領全台的目的，從遼東半島抽調了第二師團以及國内的第四師團後備部隊，要塞部隊以及憲兵部隊共兩萬多人，增援近衛師團。腐朽無奈的清政府擔心引起日本的敵視，下令封鎖沿海口岸，嚴禁沿海各省接濟台灣群眾抗日，就連劉永福派到大陸募捐的人，都被清政府扣留下來，最後黑旗軍在苦苦支撐了數月後，損兵折将，幾乎全軍覆沒。
但是在日軍入侵台灣的最初五個月時間裡，台灣抗日軍民也給日軍造成了很大傷亡，5萬多名侵台日軍中，在戰場上傷亡，因病中途被遣送回國的有高達三萬多人，日軍近衛師團師團長北白川能久中将和第二旅團長根信成少将也在此次侵略台灣的戰争中被擊斃。在此後半個世紀的時間裡，先後有60多萬台灣群眾因為反抗日本帝國主義的侵略而慘遭殺害。
1945年8月15日，日本宣布無條件投降。1945年9月3日，國民革命軍第70軍第75師在台灣基隆。10月25日，中國國民政府駐台灣行政長官陳儀在台北市公會堂舉行的台灣地區日軍投降儀式中宣布：從即日起，台灣和澎湖列島正式重新歸入中國版圖，所有一切土地，國民，政事皆置于中國主權之下。