台湾自古以来就是我国的领土，但是由于其地理位置的重要性，日本从近代以来，一直都觊觎着宝岛台湾。同治13年，也就是公元1874年，日本以征讨杀害琉球船民的台湾“番民”为借口，悍然派兵在台湾南部登陆，并企图在台湾长期据守。
当时清政府的硬实力在日本之上，所以在经过一番交涉后，日本畏惧清政府的实力，撤离了台湾。但是双方签订的《日清两国互换条款》提供了清朝承认琉球为日本属国的口实，1879年，日本利用这一口实正式吞并了琉球，改为冲绳县，从此琉球不复为中国藩属，这也为后来日本进一步侵略台湾打下了基础。
此后，日本不断地派遣人员伪装成画家，医生，传教士游历台湾，调查台湾的地形，地貌以及当地的社会背景。日本还派出专业的测绘人员到台湾进行测绘，为后来日本的全面侵台做准备。
1894年，清政府在甲午战争中战败，腐败无能的清政府决定将台湾割让给日本。消息传出去后，举国哗然。台湾本岛士绅一边争取各国援助，一边继续呼吁清廷挽回台湾。台湾的军民还组织了很多地方武装，准备反抗日本侵略者的统治，驻扎在台湾的清军拒绝撤离台湾，并高呼；“宁愿人人战死而失台，不愿拱手而让台。”
1895年3月15日，日本海军联合舰队松岛、桥立、严岛、吉野、浪速、高千穗、秋津洲等7艘主力舰，第四水雷舰队水雷母舰近江丸1艘和水雷艇6艘，运输船只鹿儿岛丸、金洲丸、小仓丸、新发田丸、西京丸等10艘，以及比志岛义辉率领的陆军混成支队等，总兵力约6000多人，在舰队司令长官伊东祐亨中将和参谋长出羽重远率领下，从佐世保出发，经台湾南方，于20日抵达澎湖南端的将军澳。
当时驻守在澎湖的清军有6000余人，装备有步枪，野炮，机关炮，速射炮等武器。虽然澎湖最后还失守了，但是清军在此战中击毙日军1000余人，日军在此后的十几天里又因为瘟疫死伤上千人，给日军造成了沉重的打击。
澎湖失守后，台湾和福建，广东，浙江，江苏等省的航道被断绝，台湾的情况更加恶劣。在北京的台湾举人，台湾籍官员也联名上书督察院，力主抗日保台，不过并没有得到清政府的支持，清政府依然签订了丧权辱国的《马关条约》。
1895年5月10日，日本政府任命海军大将桦山资纪为首任台湾总督兼陆、海军务司令官，并担任办理接收台湾的全权大臣，指挥近卫师团、常备舰队、比志岛混成支队，准备接收台湾。
这几支部队都是日军的精锐部队，日军的这支近卫师团是明治维新后组建的一支精锐师团，近卫师团下辖近卫步兵第一旅团和近卫步兵第二旅团，以及骑兵大队，炮兵联队，工兵大队等，有15000名官兵，3500余匹骡马，装备最先进的村田22式连发步枪，近卫师团的师团长是明治天皇的叔叔北白川能久亲王。
台湾的清军其实也不少，自1885年台湾建省以来，驻守台湾的清军有36营，甲午战争爆发后，清军又增兵台湾，其中包括刘永福的8营黑旗军。到1894年甲午战争的时候，连同各地的义军，在台湾的清军一共有33000人，台湾全岛还有12座炮台，300多门大大小小的火炮，以及数万支来复枪和毛瑟枪，以及数千支温彻斯特连发枪，可以说装备并不差，但是在训练水平上却不如日军。
1895年5月28日，日军军舰抵达台湾近海，并派出台湾和岛内的台湾守军谈判。但是遭到了台湾清军的射击，台湾军民拒绝谈判，要求日本军队退出台湾近海。29日，日军开始强行登陆基隆，守卫基隆的清军凭借地形优势英勇抵抗，给日军造成了很大的伤亡。基隆，台北相继沦陷后，台湾军民并没有丧失信心，各地反抗日军的义军纷纷揭竿而起，继续英勇抵抗日军的侵略，其中以刘永福指挥的黑旗军作为英勇。
刘永福率领的黑旗军是一支颇具传奇色彩的部队，这支部队曾参加太平天国运动，之后又进入越南，多次打败法国殖民者，有力地牵制了想经过红河入侵中国的法国军队。中法战争结束后，刘永福接受清政府领导，率领黑旗军驻守在广东，李永福担任广东南澳镇总兵。
1894年甲午战争爆发后，刘永福奉命赶赴台湾，担任台湾军务帮办。在台湾期间，刘永福积极备战，加紧练兵。《马关条约后》，清政府命令台湾的驻军和大小官员一律撤回，但是刘永福被台湾人民的抗日热情所感动，拒绝北渡，决定率领黑旗军和日寇血战到底。在此期间，很多的台湾青年，各地的义军也都加入了刘永福的黑旗军。
李永福的黑旗军给侵台日寇造成了很大的伤亡，日本政府为了尽快实现占领全台的目的，从辽东半岛抽调了第二师团以及国内的第四师团后备部队，要塞部队以及宪兵部队共两万多人，增援近卫师团。腐朽无奈的清政府担心引起日本的敌视，下令封锁沿海口岸，严禁沿海各省接济台湾民众抗日，就连刘永福派到大陆募捐的人，都被清政府扣留下来，最后黑旗军在苦苦支撑了数月后，损兵折将，几乎全军覆没。
但是在日军入侵台湾的最初五个月时间里，台湾抗日军民也给日军造成了很大伤亡，5万多名侵台日军中，在战场上伤亡，因病中途被遣送回国的有高达三万多人，日军近卫师团师团长北白川能久中将和第二旅团长根信成少将也在此次侵略台湾的战争中被击毙。在此后半个世纪的时间里，先后有60多万台湾民众因为反抗日本帝国主义的侵略而惨遭杀害。
1945年8月15日，日本宣布无条件投降。1945年9月3日，国民革命军第70军第75师在台湾基隆。10月25日，中国国民政府驻台湾行政长官陈仪在台北市公会堂举行的台湾地区日军投降仪式中宣布：从即日起，台湾和澎湖列岛正式重新归入中国版图，所有一切土地，国民，政事皆置于中国主权之下。