衆所周知，清廷的滅亡很大程度上在于新軍的臨陣倒戈，而新軍也是晚清引以為傲的皇家衛隊，從甲午戰争後清廷就開始重點建設，不僅配備了先進的西洋火器，還以西法練兵，那麼這支軍隊為何後來會出現指揮失靈呢？
北洋新軍組織結構比較複雜，應當細分來看。宏觀來講分為兩大類：一是京畿腹地的北洋新軍，也就是咱們常說的北洋六鎮，主要負責保衛京城和皇家安危，也是新軍中的精銳部隊；二是地方上的新軍，像發動武昌起義的湖北新軍，上萬人駐紮在地方上，統一由朝廷排程。
新軍的失靈主要可以歸咎于兩點
第一，慈禧死後，晚清政府缺乏有威望、有腕力的強勢當政者，内部分裂嚴重。
晚清内憂外患風雨飄搖，打輸了很多外戰，簽訂了太多不平等條約，農民運動也是此起彼伏，而始終沒有出現政權崩塌，很重要的一點在于以慈禧為主統治層的堅固，慈禧把握權術緊馳有度，馭人之道有方，把曾國藩、張之洞、李鴻章等權臣控于掌下，并對各方權力有效平衡，是以她的任期内，始終沒有發生統治階級内部的崩潰，反而平太平天國、辦洋務、搞外交，讓陰霾籠罩下的晚清看到了一絲未來的希望。
而慈禧死後，統治階級内部就出現了大的崩潰，資曆尚淺的攝政王載沣打破滿漢官僚平衡，接着宣統繼位主少國疑，上到中央權臣，下到在野軍閥紛紛對清皇室離心離德，就給野心家袁世凱創造了政治機會。
第二，建立新軍是中國曆史上第一次軍制創新，無經驗可循，用舊式制度自然指揮起新式軍隊會有難度，易淪為權臣的私兵。
從新軍的訓練方式來看，與傳統中國練兵之法截然不同，除了編制與中國傳統營制已完全不同外，在灌輸政治思想上也和傳統清軍練法大不相同，以往都是全軍效忠于某一個皇帝，全軍認同皇帝，是以皇帝對各級軍官和兵卒的控制力明顯不足，全靠将士主觀上的自覺效忠，而西法練兵強調的是低級服從進階，一級服從一級，袁世凱對此深得精髓，并把新軍的中、高層上司班子全部調換成為心腹将領，是以一舉拿下了新軍的絕對控制權，以至于軍中隻知有袁世凱，不知有皇帝。
地方上将領對新軍的說服指導更是形同虛設，是以就被革命黨人便趁虛而入，大肆宣揚煽動言論，清末地方官吏吏治腐敗，對此問題不加以重視，是以裝備精良的新軍就成為了革命黨人的嫁衣，說到底就是清廷對新軍思想指導工作做的不夠到位。